话说杨小山离开天京后，杨秀清心里是落下了一块石头，朝中再也没有能和自己抗衡之人了。消除了所有隐患，他把心思集中在把太平天国国家化的道路上。
自从太平天国诞生后，只能说是一支宗教化的军队，并不是一个真正意义上的国家。打破江南江北大营后，太平天国得到了一段非常难得的和平时间，杨秀清在这个时候推动国家化是很明知的，天国要想继续发展，必须正规化、世俗化。
所以他干了几件大事。
第一，他废除了男女分营的制度，让夫妻可以团圆同居。战争年代，男女分营是必要的，人类最大的矛盾是性资源分配的矛盾，古代十起人命案，九起是为了女人。男女分营一刀切，谁都得不到解决了这个矛盾，防止军队的内乱。
但现在和平了，人的基本性需求是从骨子里带来的，一味的阻止，带来了更大的祸患，让性压抑变成了性变态。一些高级官员养漂亮小男孩作侍卫掩人耳目，背后搞**，伤天害理。
杨秀清就是看到了男女分营的弊端，所以借天父下凡取消了禁欲令，让夫妻团聚。没有老婆的，按官职大小，先后给安排妻子。一开始是上头随机安排，有时候老头子安排到一个大姑娘，那是他赚了，有时候小伙子被安排到一个老女人，那也没办法。
后来这样分配的方法是在太粗糙了，引起了不少怨言，特别是被分了丑女和老女的人意见非常大。最后杨秀清拍板，一排女人脸挡起来，把手伸出来，没老婆的人进去选。只能看手，不能看脸，最后牵手的就是老婆，一切都是天意不能反悔。
当然也不是所有人都有这个待遇，必须在太平天国服役两年以上，军职在卒长以上的人才有这个待遇，达到标准的人组织上发一张龙凤合挥，俗称“女人票”，这才有资格进去牵手。
杨秀清的做法顺应天意，但去违背了拜上帝教的道德，因为在宗教上，这叫做淫，是最大的恶，所以笔者把这个做法叫做去宗教化，也就是国家化。
第二，杨秀清阻止了洪秀全全面**修书。洪秀全他作为宗教领袖，将儒家经典和其他经史子集称为妖书，全面禁止，有些禁止不了的他就根据自己理解的宗教修改。
比如说历史上的帝王他认为都不能称帝王，因为他们比上帝差远了，所以那些书里的唐宗宋祖被他一律降为侯，于是一些书被他改得非常可笑，像孟子见梁惠王就被他改成孟子见梁惠侯。为此，他还专门设立了删书衙，按照自己的要求删减修改书籍。
杨秀清的头脑还是清醒的，知道不能这么干，所以他明里暗里阻止洪秀全这样荒唐的行为，并通过天父下凡告诫他“千古流传之书不可毁弃。”使得洪秀全大规模改书毁书的计划胎死腹中，没能全面推广。
杨秀清是比较重视文化人的，他的麾下聚集了不少江南文人作为他的秘书。所以他毁和尚庙、尼姑庵等庙宇，但对文庙却从来不碰，因为他深知一个国家需要大量的文化人来建设。
第三、他把难以实行的《天朝田亩制度》搁置起来，还是按照原先收租子的办法往下面收赋税。如果按照洪秀全的办法，不但租子收不上来，还会闹出不少矛盾。
杨秀清作为实际的行政操作者，他对其中的困难太清楚了。但他这样的做法无疑也违背了洪秀全的宗教情怀。
可以说杨秀清的种种做法都在把太平天国世俗化，他要把天国打造成为一个世俗化的国家。
以杨秀清的才智，他不可能不考虑到天王洪秀全的反弹。
他身边的程学启也发现了杨秀清的担忧，所以他不失时机地对杨秀清说：“下官听说天王还在宫里研究如何修改史集，还对东王您取消禁欲令很不满。”
杨秀清脸色一变，没有说话。
“东王，要不要写个折子安慰安慰天王？”程学启试探道。
“不必了，这些做法顺应大家的意愿，都是为了天国好。”杨秀清并没有把天王放在眼里。
“可天王那边怨言颇多，下官怕天王万一对您产生怨恨，那。。。。。。”程学启开始挑拨东王和天王的关系。
“怕什么？还怕他对我怎样？”杨秀清不屑道。军政大权都在自己手里，就连宗教解释权也在自己手里，洪秀全在他眼里就是一个傀儡而已。
“毕竟天王在名义上还是天国的一把手，他真要对东王您不利的话。。。。。。”程学启暗示道。
如果说杨秀清对洪秀全没有一点防备，那也是不可能的。
所以他找了个时间上书洪秀全，让他封自己为“万岁”，来试探天王洪秀全。
洪秀全拿到杨秀清的要封万岁的请求，可以说是被杨逼到了死角，天国实际的权利几乎都被杨秀清拿去了，想不到他连自己名义上的称号也要拿走。
这个时候洪秀全可以说是对杨秀清动了杀机，认为杨秀清迟早要对自己下手，取而代之，但他没有立即发作，而是暂时忍耐，准了杨秀清万岁的称号。
另一方面，杨秀清以为洪秀全是真怕了自己，任自己欲所欲求，最后一点防备洪秀全的心思也打消了。杨秀清这个人虽然骄横，但他有一种朴素的价值观，念旧情对一起起事的兄弟欺负归欺负，还下不去毒手，这也是他的一个大弱点。
权利的斗争就是你死我活，杨秀清不杀洪秀全，原因很多，还有个重要的原因是杀了洪秀全，得到太少