清军重设浙省水师之时，水师提督下辖直属标兵五营，每营千人，另辖左、右路总兵各一员，每路总兵标下辖中、左、右、前四营，每营亦千人，全师总计一万四千余人。不过所谓的右路水师总兵其实统领的是陆师，并无实际的海上作战能力。
明军攻克东宁，受此刺激，清廷正式将院右路水师总兵建制移交浙江陆师提督，改陆师为水师以防备明军的重新登陆浙省。水师设左、右两营，所部总计官兵四千一百二十七员，各式战船五十五只。
原浙江水师提督所属左路水师总兵改称定海镇总兵，下辖中、左、右三营，设有游击、守备、千总、把总等官四十四员，兵二千八百四十一人，各式战船四十二只。此外该镇还辖有镇海水师营、昌石水师营，其中镇海水师营驻定海，有兵一千四百员，船二十余只，昌石水师营驻昌国、石浦，有官兵五百七十人，船六只。
除了上述二镇一协之外，浙江水师提督还直辖钱塘水师营、太湖水师营、乍浦水师营等部，不过钱塘等三水师营或扼守浙江或驻防太湖，事实上并没有南下参加攻台一役，因此在扣除了留守后方的营兵之后，随着梁文跨海征战的浙省水师实际约九千五百余人，战船一百二十只，其余均为封界令后扣留的民船、商船，所用水夫也多为失业的前商船水手。
不过浙江水师虽然建制完整，水手经验丰富，但就三省水师进攻路线来看，比起以澎湖为中继目标的闽粤水师来，直接攻打台湾的浙省水师的进攻距离最长，所需横渡海峡的时间自然也是最久的。
距离远一点，路上耗时多一点倒也算了，但让梁文等浙省水师将官不能忍受的是，自海坛出击之后，曾经传入海坛海峡的敌军快船便再次以附骨之蛆的形式出没在清军船团周围，或以单船或以三、两艘小队的模式反复袭扰清军行程，尽管飞剪船上的长炮威力微乎其微，但有如牛虻反复叮咬下，清军还是出现了一些失血的症状。
梁文也曾命令外围的各营反击敌船的袭扰，但海军滑不溜手，一见到反击的清军船只立刻利用其纵帆船操纵灵活的特点溜之大吉，清军的反击行动不但没有获得应有的成效，反而因为再次整队耽误了不少时间。
如次一来，梁文也弄清楚了敌军的目的，于是下令无视敌军的袭扰仅直开向台湾。但得势不饶人的海军甚至采取伴随航行的大胆举措，利用清军战船没有侧舷炮火的缺陷在长炮的有效打击范围内冲着清军发射火弹、链弹和开花弹。只能挨打不能反击的清军战船不是遭到了开花弹弹的血洗就是被链弹打断了桅杆而
停滞下来，更有甚至被火弹生生的引燃了船体。
见势不好的梁文只好命令各部反击，这么一来就又重蹈了最初的覆辙，需要掩护内陆运输船的清军被迫走走停停，原本就不快的速度便愈发的显得缓慢了。到了午末，正当闽省水师在澎湖以西、金门以东的海峡中线附近与敌军主力交火之时，第一个出航的浙省水师才刚刚驶离兴化水道不过十余水里而已，距离其设定的目的地淡水港还有相当遥远的距离。
未时初刻刚过，仿佛接到了神秘的讯息，敌军的袭扰一下子消失无踪了。
对于这种现象，几名幕僚揣测道：“军门，估摸着是闽粤水师已经跟伪逆的大队交手了，伪逆或许力战不敌，才把所有的快船调了回去。”
“这？”梁文有些狐疑，但是除此之外他无法得到合理的解释，再加上他所接到的命令是攻入澎湖，因此他只能无视还有敌船在清军船团外围游弋的事实，下达他唯一能下达的命令。“也罢，命令各船加速驶往东宁，只要大军上岸了，伪逆便无计可施了”
一个时辰过去了，一个半时辰过去了，尽管时不时看见飞剪船那形制古怪的三角纵帆在远处闪过，但始终没有发生什么，原本清军将士们忐忑的心情开始放缓了，甚至有些胆气大增的还站在船沿向敌船撒尿示威着。
“该死，本官还道伪逆怎么不打了，原来是弹药用完了。”可好景不长，等到了申时末，已经驶过海峡中线的浙省清军再一次遭到了快船的袭扰，这么一来，梁文更是得出了错误的判断，但此刻他也只有一鼓作气冲到澎湖了。“传令各舰保护陆师，逐走伪逆，再坚持两个时辰，就到了！”
但梁文没有两个时辰的时间了，酉时中，敌船再一次消失了，可这一次不远处的洋面上旋即出现了如林的桅杆。清军还来不及惊恐，六队一组的海军炮船便如旋转的砂轮一样开始打磨切削起清军船团紧密的队形来。
浙江水师很快就感觉到对手的不同，船大了不说，快速舰队的炮船单舷则有六至七门的火炮，密集的炮火很快就让浙江水师明白之前所见的不过是开胃菜罢了。
“该死，伪逆竟有如此数量的大船。”趴在船舷上眺望见这一切的梁文心中一阵发寒，他突然意识到闽粤水师中肯定有一支完蛋了，否则敌军该不会现在才把主力转向浙江水师。“马光误我，施琅误了大清。”
边上的几名亲信还有一丝清明，急忙打断梁文的怨艾：“军门，如今该如何是好。”
“让各营放弃陆师兵船，集中船队拼了。”梁文毫不犹豫的命令着，都这个时候了，水师要是完蛋了，陆师也保不住。“再向陆师船队发令，让他们直航东宁。”
梁文的命令引起了清军的极大