康熙认为征讨葛尔丹的时机已到，于是决定起兵征讨葛尔丹，扼住他的势头，以根绝后患。
理藩院尚书阿喇尼出班奏道：“皇上，上次臣没能完成使命，致使朝廷威名扫地，臣愿带兵前往，攻打葛尔丹！”
康熙一看，阿喇尼是个文官，从未上过战场，但一见他的决心很大，就说：“好，朕给你六千骑兵，赶到乌珠穆沁部，去抵挡葛尔丹的南侵！”
“是！”
康熙不放心阿喇尼，告诫说：“记住，跟葛尔丹打仗要小心，葛尔丹诡计多端，不要上当！”
“是！”
清康熙二十九年（1689年），阿喇尼率领六千骑兵日夜兼程，到了乌珠穆沁，漠南蒙古各部派兵相助，阿喇尼军将士一时达到两万人，与葛尔丹军差不多。
阿喇尼带领朝廷将士与葛尔丹军在乌珠穆沁的乌拉盖河大战，双方人数相当，都是骑兵，战斗打响，只见刀光闪闪，马嘶阵阵，尘土飞扬，杀声震天，别有一番景象。起初，阿喇尼的军队获胜。但是，喀尔喀部军急于夺还其被俘的人和牲畜，因互相争夺而阵脚大乱，阿喇尼的军队反被葛尔丹军所击败，五百辆战车和全部武器都被抢走，葛尔丹取得全面胜利。
望着溃败的朝廷军队，望着众多的战利品，葛尔丹哈哈大笑，“康熙的军队也不过如此，看来，谁也挡不住我的铁骑。”他认为，大清的势力很弱，很容易打败。于是葛尔丹下令继续往南进军。
葛尔丹军半道上没有遇到有效的抵抗，他带领所部渡过辽河，长驱直入接近北京，进至北京以北350公里的乌兰布通。北京震动，为之戒严。
康熙得到这个消息，吃了一惊，这个葛尔丹是要威胁我大清啊。康熙是有魄力的，葛尔丹非要消灭不可，他决定御驾亲征。
他看出葛尔丹的战斗力很强，非要集结很大的兵力，把他消灭在草原旷野上。他决定集结10万军队集结在长城一线驻守，防止葛尔丹军攻击北京。
康熙皇帝决定集聚清军主力，动用英勇善战的皇亲国戚等国之栋梁。康熙要动用全国的力量来对付葛尔丹。
1690年9月2日，康熙皇帝命令皇兄裕亲王福全为“抚远大将军”，皇长子胤惿为副将军，率领集结在长城古北口内外的清军为左翼军，并由古北口往北进击。命皇弟恭亲王常宁为“安北大将军”，简亲王雅布、信郡王鄂札为副将军，率领集结在长城喜峰口内外的军队为右翼军，由喜峰口北上进击。
内大臣佟国刚、佟国维、索额图、明珠、阿密达等均总从征参赞军务。康熙皇帝为了整个战役的万无一失，又命盛京将军和吉林将军各率所部和科尔沁等蒙古八旗军，进入西辽河、桃儿河流域，从侧翼协助主力军作战。
康熙皇帝随后随主力跟进。整个军队行列的布置，可说是万无一失，葛尔丹必败无疑。
可惜，康熙皇帝突然身体不适，无法再指挥作战，整个作战计划就搁浅了。
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