他和杨妙真迅速组织人力在广播站附近平整出一块方圆数里的空地，搭建一排排的帐篷，竖起益都战旗，成立了老营总指挥部。救灾和组建武装军队的事情同时展开，
不到2天时间，巴根台以从登州退伍的老退伤兵为基层军官，以5千安定军士兵为骨干，以抢救出来的武器甲胄武装青壮年，拼凑了一支8万人的益都军。分别由史泼力、徐德兴、张林和舒穆鲁迪烈统领，统一由杨妙真指挥。
激进党官员因为领袖被羁押，气势为之一妥，杨妙真安排他们主要负责抢险救灾，为军队提供后勤支援。强敌压境，这些孙派官员也都尽心尽力，几天时间就恢复了益都地区30的工业能力，将通讯线路敷设到各个防区。他们加固了河堤围堰，从废墟中挖掘出大批物资用于民生和军事。老营不停的通过广播站发布命令，通报敌情，做出各项部署。
在军事上，鉴于益都地区防线过长，兵力不足，如果从外围南王镇-花果山-马鞍山-明祖山一线布防，则必然兵力更加分散，很容易被敌突破。所以，巴根台收缩兵力，建立了一个大纵深，猬集一团的防御体系。
沿运河以北，马山-大寨-青龙山-仙西顶-香炉山-鹰山峪-平顶山-中山头-金斗山-凉网山-蛤蟆山-黑山一直到益都东部的城防濠，巴根台依托各个制高点建立了3道防线。第一道防线由数层铁丝网为屏障，网后面埋伏着少量部队。
第二道防线由纵横交错的壕沟为屏障，军队部署在交通壕内，他们的后面就是由大车组成的车城。
第三道防线在半山腰，立木为栅，高达4米，攀援不上。木栅后面是由沙袋堆成斜坡，防守的益都军士兵可以上下。沙袋里装填的就是倒塌的碎砖烂瓦。
贾偊对这种龟缩防御的战法提出异议，认为这样的布阵无法反击进攻的敌人，太被动。巴根台耐心的向贾偊和众将解释，益都红袄军大部分未经战阵，其实是乌合之众。依托坚城远距离狙杀敌人还能团结一心，近距离的格斗杀伤会立刻使他们胆寒崩溃。
最后大家还是赞同了巴根台的计划。整个益都山区，受过训练的弓箭手很少很少，勉强能凑足3、4百人。巴根台命人制作了大量的投枪，分轻型投枪和重型投枪。轻型投枪是木制的手柄很轻便，由单兵投掷，力气大的能投80-90米。重型投枪用钢管做手柄，由壮汉用重锤锤击尾部，可直飞向前杀伤敌军。