暗的也分为东西两线。目标则是那些在此次元江举义中态度暖昧，明军大胜后又前来示忠，或是在朱永兴授意下暂且隐忍、待命而动的土司。比如宁州禄昌贤，新兴王耀祖，习峨禄益、王扬祖，王弄(文山地)王朔，倘旬叶向阳、叶正昌。路南秦祖根，陆良资洪，弥勒昂复祖，维摩沈应麟、沈兆麟、王承祖、王义、王先任、王先伦等。
朱永兴除猓又秘密地支援了些武器盔甲。并给各土司派出了明军教官，以训练各土司手下的土兵。这些土司在历史上亦曾参加过以沐神保为号召的抗清起义，只是形势的改变，使他们更早地汇聚在朱永兴旗下，有可能提前发动一场声势更壮阔的反清运动。
这些暗中准备，伺机而动的土司。在朱永兴看来，突然暴发的话会让清军措手不及，疲于应付。如果得到明军的相助。并且统一指挥的话，杀伤力会更大。只是现在，似乎还不是最好的时机。所以，朱永兴才把他们作为暗势。一切的联络和准备，都是秘密进行。
作为能够就近指挥的元江小参部，则更名为滇南战区指挥部，又增添了叙国公马惟兴作为吴子圣的副手，以及总兵陈盛、许名臣、高应凤等将领，共辖兵两万五千。防区则向上游扩至腰街，下游延伸至元阳。
设立战区。是朱永兴根据当时的通讯条件，所对之敌，以及战情，所作出的军事调整。目前只有滇西战区和滇南战区两个，主要是为了就近指挥，快速应变，而不必事事请示，以致殆误战机。
遥控指挥是很容易出问题的，只有身处战场，才能得出直观、正确的判断。朱永兴不想犯这样的错误，所以他只是利用自己的一些先知先觉，在战略上进行筹划，给将领们指出大致的行动方向。在滇西，他是这么做的；在滇南，他还是要遵循这个原则。
朱永兴与滇南战区指挥部的将领们进行了连日的研讨，基本上把各种可能面对的情况都进行了分析，并且与滇西友军进行了联络沟通，制定出了相应的方案。这时，已经是十二月份了，朱永兴这才率领最后一批军队，返回安南。
现在滇南的明军中，汉族士兵约占一半，摆夷族（傣族）超过三分之一，其他的则是彝、苗、僮、瑶等少数民族。在西南，特别是云南，组成这样比例的军队，并不奇怪。晋王李定国东征时，其所率部队，便“半为倮、瑶、佬…”。但当时各土司是出兵认饷，而现在则是具有真正军籍的士兵。
不管是什么民族，明军中都实行同样的待遇，军属也都有一样的优惠政策。这样做，士兵的积极性和精神面貌自是不同。
至于充当军饷的土地，朱永兴并不发愁。虽然安南郑氏谨小慎微，并没有轻举妄动，但要真的攻打，既然有当强盗的觉悟，那借口便是不缺的。只不过，朱永兴要实施久已谋划的广西攻略，便暂时放过了郑氏。而作为广西战事的前奏，并且牵制滇南清军，明军已经开始动手，进攻目标便是广南府（现文山壮族苗族自治州）。
广南府隶属滇省，又与广西接壤，东西横距五百多里，南北纵距约四百里，地域极广，却有百分之九十之上的山区、半山区。如果全部占领的话，则北可攻曲靖，威胁昆明；东可入广西，与将由七溪、谅山进兵广西的明军，合攻南宁。
镇守广南、罗平的清军总兵是抒城侯狄三品，是他擒了南明庆阳王冯双礼向清军投降，又获封侯爵。与其他各地的清军总兵差不多，狄三品兵不过四千，守卫的地区却过于广阔。
要知道，当时整个滇省只有六个分镇地方的总兵官。除了永昌地处前沿，兵力雄厚外，其他的总兵官兵力都不多。多则五千，少则三千，这样的兵力，维持地方尚可，要机动作战，便只能依靠剿抚四镇，以及昆明的大军。
庆阳王刘震，鲁国公祁三升，宜川伯高启隆，各率三千人马，分三路杀入广南府，趁守军分散，攻势猛烈，十天内连取马关、西畴、文山、麻栗坡、砚山五县，与西面的阿迷州联成了一片，使明军在滇南的战略纵深大大拓展。
在得到了曲靖府（曲靖）的剿抚右镇增援后。狄三品终于保住了所辖地区的北半部，但手下人马损失过半，暂时无力反攻。
朱永兴也没有一下子解决广南的想法，拓展战略纵深，支援滇南战区，并且牵制清军的机动兵力，这三个目的基本达到后。明军也停止了进攻。占的地盘越大，得到的人力、物力资源越多。但从短期看，也使能够机动作战的人马不断减少，这对广西攻略是不利的。
……………
滇西陷落，元江战败。滇省的形势急转直下，令清军感到惊慌失措。等到滇西明军破路而退，楚雄危机解除，清军将领们审视战局，发现在战略态势上已处不利。究竟是反攻，还是防守。反攻又该选择哪个方向，这些问题争论不休，具体行动也就难以进行。
满洲将领更倾向于反攻滇西。重新收复大理、永昌等重要城池，尽量挽回失败的影响；而吴三桂则坚持先攻滇南，一来是他的复仇心理，二来则是伪宗室在滇南。不能再任由伪宗室蛊惑人心，令其坐大。
而吴三桂的攻击计划更令满洲将领感到不满，一致加以反对。在吴三桂的计划中，楚雄至少应留两万兵马，以抵御滇西明军的进攻。而在满洲将领看来，依靠坚城，有一