第二个赛季，新教练贝尔塞里尼给了巴乔足够信任，但他的身体一直没有康复，尽管赛季初他也曾在意大利杯对恩波利的比赛梅开二度，依然没有多少人看好他。
1986年9月21日，巴乔首次在意甲亮相，对手是桑普多利亚，接下来的一周，巴乔右膝再次受伤，他不得不又一次前往圣埃蒂安，让布斯凯医生为其进行第二次手术。
这一次的恢复更加漫长和痛苦，巴乔面对的不仅是伤病，还有来自舆论的压力，不少人都说，巴乔很难重返赛场了。
一个涉世未深的少年，职业生涯不过刚刚起步，却已承受起职业球员可能面临的最大痛苦，巴乔在思索着该如何让内心忘却ròu_tǐ的痛苦，也就是在那一年，巴乔和佛教走到一起。
同样是在那个赛季，当联赛还剩下四轮的时候，巴乔复出了，当时佛罗伦萨正在为保级而战，1987年5月10日，在那不勒斯，佛罗伦萨挑战马拉多纳的那不勒斯，巴乔以一记精彩任意球打入他在甲级赛场的第一球，佛罗伦萨正式保级成功。
1987/1988赛季，巴乔27场贡献6球，主教练埃里克森给了他很多信任，1987年9月20日，巴乔踢进了职业生涯中最精彩的进球之一，当时佛罗伦萨的对手是萨基执教的ac米兰。
巴乔在中场截到皮球，带球突破了米兰中后卫的防守，长途奔袭50米，最后又晃过门将破门得分，圣西罗看台上的米兰球迷，在那一刻都为他起立鼓掌。
保级、怀疑，这些词语都在这一刻远离了佛罗伦萨和巴乔，尽管不是巨星云集，但人们看到，阿根廷人拉蒙.迪亚斯、瑞典人希森、贝尔蒂和迪奇亚拉这些名字已组成了一支以巴乔为核心的球队，这支球队可以让所有人惧怕。
接下来的赛季佛罗伦萨更强大，佛罗伦萨引进邓加和博格诺沃，后者和巴乔可谓黄金组合，巴乔技术出色，博格诺沃则是典型的机会主义前锋，这个被称为“bb组合”的进攻线完成了29个联赛入球，其中巴乔贡献15个，佛罗伦萨进入了欧洲联盟杯赛。
在那个赛季，巴乔还打进了，他在职业生涯的第一个国家队进球，巴乔不会忘记那场比赛，在距离自己家乡很近的维罗纳，几乎所有的卡尔多尼奥人都来为巴乔助威，他则用自己擅长的方式攻入一粒任意球，一些佛罗伦萨球迷也赶来为他助威，巴乔进球后，看台上出现了一条横幅，“加油，罗比，佛罗伦萨热爱你。”
第五个赛季，也是巴乔在佛罗伦萨的最后一个赛季，他又度过一年的幸福时光，32次出场，17粒入球。
然而，佛罗伦萨和他的关系却出现恶化，俱乐部老板彭特罗爵士说：“巴乔和贝尔蒂是佛罗伦萨的破坏分子。”
彭特罗想向外界暗示巴乔和贝尔蒂吵着要走人，事实上，巴乔从未想过要提前终止他和佛罗伦萨的合同，反而是彭特罗和尤文图斯老板老阿涅利私下达成了协议，把巴乔转让给尤文图斯。
这一年的联盟杯决赛，正是尤文图斯击败佛罗伦萨捧得奖杯，1990年5月18日，联盟杯失利后两天，彭特罗就宣布巴乔转会尤文图斯，转会费是160亿里拉。
佛罗伦萨被震惊了，激进球迷组织包围了俱乐部总部，人们都在恳求巴乔留下，出于对佛罗伦萨的爱，巴乔也做出了让步，他希望和佛罗伦萨重新谈判，以降薪为条件，让俱乐部接受自己留下。
但彭特罗早就在忙着另一件事情了，把俱乐部卖给切奇.高里，只有卖掉巴乔才能够保证俱乐部财政平衡，事情已经变得没有任何转机。
在整个职业生涯中，无论身上的球衣颜色如何改变，巴乔一直在强调，自己当初离开佛罗伦萨是一个痛苦的决定，尤其是当他发现了彭特罗在幕后的操作时。
世界杯过后，带着一枚铜牌，巴乔来到都灵，尤文图斯为他准备了10号球衣，巴乔的新搭档则是斯基拉奇，这是一个令球迷兴奋不已的组合。
世界杯后的一个赛季，巴乔在33场比赛贡献14球，但仍难以被球迷接受，因为在那个赛季，当尤文图斯和佛罗伦萨相遇时，尤文图斯获得一个点球，但巴乔拒绝主罚，他本是球队固定的点球射手。队友德阿戈斯蒂尼前去主罚，但失误了。
事后，巴乔解释说，自己的选择纯粹是技术性质的，因为佛罗伦萨门将马雷吉尼几个月前还在和他一起练习点球，他是太熟悉巴乔了。
在对待巴乔的态度上，佛罗伦萨球迷也是分裂的。这场比赛巴乔表现平平，被提前换下，他同时听到了掌声和嘘声。
接近更衣室入口的地方，一名球迷把佛罗伦萨的紫色围巾扔下看台，巴乔没有任何思索就捡起了围巾。
也就是从那一刻起，巴乔就注定了永远不会被尤文图斯球迷原谅，无论是此后的训练还是比赛中，巴乔都会遭到尤文球迷攻击。这个赛季也是尤文史上最黑暗的一页，最终排名第6，28年来第一次无缘欧洲三大杯。
1991/1992赛季，老阿涅利请来特拉帕托尼,巴乔很快就和他建立了良好关系，尽管特拉帕托尼将他的位置稍稍移后了，但巴乔仍在32场比赛贡献18球。
接下来的一个赛季，尤文图斯引进维亚利，目的很明显，要向ac米兰发起冲击,巴乔在整个赛季中贡献了21球，但冠军仍属于ac米兰。
但那个赛季，尤文图斯赢得了联盟杯，在对巴黎圣日