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上次说道崔浩鼓动拓跋焘大肆杀戮和尚，造成“太武灭佛”的惨案，而太子拓跋晃却是个不折不扣的佛教徒，崔浩跟太子结下大梁子。
不止于此，崔浩在皇帝拓跋焘的北魏政府中也越来越成为一个危险因素。有一次崔浩一下子推荐冀、定、相、并五州的汉人世家子弟几十人直接做郡守，崔浩本身就是汉人中的世家大族，深受魏晋时期“九品中正制”的影响，崇尚“上品无寒门，下品无世族”的官员任命原则，这种推荐在崔浩看来天经地义。
但太子对这一做法十分反感，并反对说，“早先征聘的人才，也是被作为州郡官员入选的，他们担任候补官员这一职位已经很久，辛勤劳苦却一直没有得到过朝廷的报答，应该首先补充他们做郡守县令，让新征聘的人代替他们做郎吏。而且太守、县令管理百姓，理应由经历过世面有经验的人来担当。”但是，崔浩坚持力争，依仗皇帝拓跋焘的宠爱信任，强行派这些人就任。
像崔浩这样不顾太子的反对，强行安排自己人担任官员的做法，确实会招人反感。就算崔浩推荐的人选确实是国家栋梁，但在皇上拓跋焘看来，也有结党营私之嫌。另外，还有一个更重要的因素，崔浩推荐的都是汉人世家大族的子弟。这在崔浩看来非常正常，因为魏晋以来根据“九品中正制”都是这么干的，可是在鲜卑人看来可就变了味：难道你想在鲜卑人建立的国度里把整个官僚机构都把持在汉人手里？难道想翻天不成？
加之崔浩智商太高，但情商不足，通过以前章节对崔浩的描写，可以看出崔浩是一个不积嘴德的人，经常在辩论中不就事论事，而是参杂人身攻击，搞的别人下不来台。
于是，太子恨他，鲜卑贵族恨他，大臣们也不喜欢他。就连崔浩的铁哥们寇谦之也觉得崔浩太过偏激，其政治立场和崔浩也不尽相同。崔浩在北魏朝中已经是众叛亲离。唯一支持他屹立不倒的就是拓跋焘的喜爱。但拓跋焘是个政治生物，他只会简单比较“杀”与“不杀”，“罚”与“不罚”的政治得失。以前皇帝支持崔浩，因为四海未靖，崔浩大有用武之地；如今天下太平，皇帝的耐心也是有限的。
史书并未明确记载，但估计弹劾崔浩的奏章早就堆满了拓跋焘的书案。一开始拓跋焘可能并不在意，可俗话说的好，“众口铄金，积毁销骨”，说的多了，不由得拓跋焘不起疑心：崔浩希望在北魏朝中提高汉人族群，尤其是汉人世家大族的政治地位的努力，有可能被拓跋焘解读为妄图颠覆鲜卑人对北魏朝廷的把控。如果拓跋焘做此想法，崔浩的悲剧就不可避免了。
当北魏彻底统一北方后，崔浩这个大智囊的利用价值就大大下降，此时拓跋焘再对崔浩进行制裁也就没什么可顾忌的了。拓跋焘最终以《国书》事件作为由头，把以崔浩为代表的北方汉人世家大族连根拔起，可见当时拓跋焘对汉人在北魏的政治势力的扩张是多么的戒备和警惕。
有人还有这样一种猜测，认为崔浩本身就是南朝刘宋帝国的间谍，以他为首的汉人精英，虽然身陷北国但心系南方，希望汉人政权可以光复中原，于是形成一派暗战势力。崔浩被杀时正值拓跋焘和刘义隆南北大战正酣之时，黄河南北，响应刘宋北伐之人大有人在，于是拓跋焘借此机会镇压崔浩，把“汉人光复”势力一网打尽。这种猜测有一定道理，当时北魏朝中的汉人“无间道”应该不在少数，但“崔浩之死”说拓跋焘借题发挥应该没问题，说崔浩本人就是“间谍”实在缺乏史料支持。
同样是《国书》的编辑著作郎高允却在太子拓跋晃的力保下保住了性命，从这一点也可以看出拓跋焘杀人的原因并不是编辑们秉笔直书。拓跋焘在杀崔浩之前，还把崔浩招到堂前，亲自审问，史载崔浩恐慌迷惑，连话都说不上来。堂堂铁齿铜牙崔伯渊怎么会变成这样，估计在牢狱里已经被狱卒们在嘴里或喉中下了毒手，否则以崔浩的智商和巧舌如簧，怎能不抓住最后机会进行申辩？
后来，拓跋焘让高允负责写诏书：诛杀崔浩和他的幕僚，以及他们的部属、仆僮共128人，全部夷灭五族。高允此人还是非常有正义感，他一直犹豫不敢下笔，恳请再觐见拓跋焘一次，然后再写诏书。见到拓跋焘，高允说，“崔浩被捕入狱，如果还有别的原因，我不敢多说，但仅仅因为他冒犯皇族，罪过还不至于到被处死的程度。”
拓跋焘大怒，让武士逮捕高允。太子拓跋晃极力求情，拓跋焘怒气才稍稍平息，说道，“没有这个人，就会有几千人被处死。”
但最终，崔浩所属的清河崔氏家族，以及和崔氏有姻亲关系的范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏，还是全部被诛灭全族。在刑场上，回顾自己的一生，不知崔浩会作何感想。是哀叹上天对自己的不公？还是反思自己的行为失当？还是回忆起当年尽心尽力辅佐拓跋焘祖孙三代，运筹帷幄、挥斥方遒、意气风发！
拓跋嗣曾特别赐给崔浩精盐和青色醅酒，说，“听先生议论时政，真是一种美妙享受，就像品味这精盐和美酒，现在我把这些东西赏给先生，就是想和您一起享受这种美妙的感受！”
拓跋焘则经常亲临崔浩府上，和崔浩讨论国家大事，有时突然到访，