三三制在热兵器军队兴起之初得以广泛运用还有一个重要的问题就是战场通讯问题。冷兵器是听鼓声而进，看令旗为伍，闻号炮为令，简单的一些指令兵卒可以根据这些来服从命令。而热兵器军队就不同了，就像一个简单的排队枪毙就需要整个战线的士兵统一动作，统一发扬火力。因此在热兵器战争中，一个军官指挥几个士兵才不会忙中出错呢？汉密尔顿爵士已经找到了答案。
当然三三制在现代已经不适用了，因为现代战争的通讯手段改变，每个单兵的通讯装备都很好，一个军官可以指挥更多的士兵，因此现代军队的编制更趋于灵活。
第三消除帮派则是萧云贵的一个很重要的整编理由，明面上是消除军队里的帮派山头，实则萧云贵是要打破太平军中兵为将有的现状。就像李秀成部、林启荣部、林凤祥部等等，他们的手下部将越来越多的成为各部将领的亲信，萧云贵不希望看到今后自己指挥不动军队的情况发生。因此他必须打破这种局面，牢牢的把军队抓在自己的手中。
虽然说李秀成、林启荣、林凤祥这些人对自己都是忠心耿耿的，但历史上的忠王不也是经常不听天京方面的将领么？萧云贵需要通过整编部队来打散原来的格局，西殿太平军的将领今后将实行轮换。
同时军队里现在也的确是帮派林立，什么天地会、什么小刀会、什么厦门义军、什么青浦义军，士兵们喜欢按照原来的帮派拉帮结伙。萧云贵不能容忍这些旧有的帮派势力渗透自己的军队，整编就是最好的手段。
然后就是几个军队制度的改变，其一是典官制度的改变，今后随军典官将正式改名为教导官，他们除了教士兵识字之外，最重要的作用就是掌握士兵的思想，时常给士兵们洗脑。教导官将单独由讲武学堂的政治司培养，政治司的司长是王闿运，这也是萧云贵一个重要举措，他不希望军队指挥政府，而是政府指挥军队。
其次便是参谋制度和后勤制度的改革，从前的将领眉毛胡子一把抓，既要筹划打仗，又要管后勤，不但非常的累，而且一不小心就会犯错。参谋制度和后勤制度的引入就很好的解决了这个问题，作战参谋要负责制定行军、绘图、驻扎、战术等计划，提供给将领参考，大大减轻将领的负担，同时人多也会避免单人思考不周而犯错。后勤制度则是军队供需完全不由一军将领掌握，完全由后勤司来掌管，将领不必再为军械钱粮而苦恼，后勤司会安排好一切。
这样一来，就会进一步削弱一个将领在一支军队中的作用，也保证一军将领出什么意外的时候，整支军队也不会因此混乱，参谋部和副官们还是会继续运作，把部队带好。同时，这也让萧云贵紧紧抓住军队的想法更趋牢靠。
最后的学新战术也就是通过整编，让各级军官，基层士兵重新操训，从而熟悉和掌握全热兵器的作战方法。
这次整编萧云贵和西王府上下、军中各级将领都计划了好久，虽然各种可能出现的情况都有解决方案，但毕竟军队是萧云贵和洪韵儿保命的命根子，因此军队的改革不像新政改革那样，萧云贵必须亲自坐镇。