其次就是各种学科在军事当中的运用，炮兵的弹道学、海军的水文测绘学、后勤的统计学、侦察兵的观测学、行军的气象学等等学科都在太平军中开始广泛运用。不得不说战争的确是推动科技发展的第一加速器。
再次便是参谋制度和后勤与军队剥离，古代军队的统军大将什么都要管，而太平军自从苏福新政新军编练之后，参谋制度建立起来，军队后勤也单独剥离开来，这也是近现代军队区别于古代封建军队的一个重要标志。
萧云贵很满意参谋司的这些年轻军官们，虽然他们某一个人可能想不到那么周全，但他们集中在一起的集体智慧就完全能够胜过任何一个名将。萧云贵接到消息之后，思考的应对之法虽然有了个大致的雏形，但参谋司经过十多个人的集体智慧，已经编写出了大致的作战计划。
这份作战计划只是初稿，当中还有些细节需要完善，但这些工作是配属到军、师、团级参谋应该做的事情，随军参谋更加了解战场的实际情况，他们有权力修改参谋司的作战计划，但必须完成参谋司下达的战役目标，同时参谋修改的计划必须得到师长、军长的同意。
太平军参谋司很重视计划的可修改性，他们知道自己只是提出理想化的作战方案，具体执行还需要靠前线的军队，所以参谋司的计划并非不能改变。参谋司就流传这这样一句话，不能修改的计划 就不是好计划。
参谋司和萧云贵的作战思路大致相同，萧云贵当即命参谋司以兵部名义开始调配部队，太平军现在已经很像一支近代军队了，他们的效率远远超过了满清的封建军队。
就在萧云贵发出调集第二梯队进入广东的时候，美国新任公使列卫廉来到了天京，他带来了一个好消息和坏消息。
萧云贵是在晚饭时分接见了列卫廉，萧云贵准备了一桌丰盛的中国大餐招待列卫廉。列卫廉是乘坐美国最新式的风帆蒸汽混合动力战列舰明尼苏达号来到上海的，颇有些炫耀武力的意思。但列卫廉在登岸后看到吴淞口以及两岸密密麻麻的海军炮台后，列卫廉确定自己带来的舰队数量太少了。
列卫廉选择了乘坐火车先到苏州游览了一番，他主要是去参观苏州的几个美国商人投资的工厂，然后才赶到天京的。萧云贵招待列卫廉吃饭的目的很简单，这厮打算趁美国佬经济危机的时候好好的赚一笔。
饭后两人开始了愉快的交谈，英国佬的传统英语太过蹩脚，萧云贵更习惯美国式的口语，所以列卫廉惊异于这位太平天国西王的口音，居然有明显的牛仔腔调。
还没等萧云贵开口询问美国国内经济危机的情况，列卫廉首先却感谢了太平天国对美国经济危机出现后的帮助。这话让萧云贵丈二金刚摸不着头脑，这厮只得笑着慢慢套话，最后才弄明白，原来这一切都是胡雪岩的杰作。
胡雪岩带去了贵云商号一半以上的资产，这差不多是萧云贵一半的私人财产。重新回到美国之后，胡雪岩并没有按萧云贵的意思，把所有的资金都投入到美国西部铁路的建设上去，他通过美国情人得到的一些消息，加上他敏锐的商人判断能力，发觉美国各大钢铁公司存在生产产品销售不足的问题，同时在查看铁路工地的时候，他发现用来建设的铁轨居然七成以上是进口英国的铁轨，这让胡雪岩大吃一惊，他马上意识到这将会带来一场很严重的商业危机。