六月二十四，太傅刘和、尚书令田畴回到长安，他们带来了天子和行台的一些具体处置意见。
六月二十五，大司马徐荣召集在京大臣，在京致仕的老大臣，在京大儒名士于未央宫集议。经过两天的讨论，最终确定了解决危机的办法。
六月二十六，大司马徐荣、丞相李玮上奏天子。
黄猗、荀正等一批涉案官吏，一批大囤积商、大子钱商，一批颇具实力的富豪流放边疆，抄没家财。
荀攸、崔琰、袁耀、陈群、袁涣、韩铭、卫固、张承、王凯等一批大臣罢免官职，出钱赎罪，其个人终身禁锢不得为官。
冀州清河崔家，颖川荀家、袁家、陈家、韩家，河东卫家、河内张家，兖州王家等一帮涉案门阀世家的宗族、弟子门生、故吏一律禁锢，十年内不得为官。其中涉案者，禁锢二十年。张范、崔林、荀谌、袁霸、陈湛、韩暨、韩斌、卫臻、卫彻等一批大臣因此受到牵连，全部被罢职，禁锢二十年。
丞相李玮对此次长安危机负有不可推卸的责任，降爵，罚俸一年。
陈好、余鹏、郗虑、徐陵、麴忠等一批涉案大臣免职，闭门思过，禁锢五年。
由于大批官员离开朝堂，大司马徐荣随即举荐了一批大臣出任公卿和到地方州郡出任大吏。
许靖出任御史大夫，崔均出任太常卿，皇甫郦出任太仆卿。阎柔出任宗正卿，张辽出任少府卿，孙亲出任执金吾，徐晃出任司隶校尉。华雄出任凉州刺史，纪灵出任豫州刺史。同期到京中为官和出任地方郡国大吏的将军、中郎将、校尉多达三十多人。
与此同时，北疆的王家、郭家、令狐家，关中的马家、杜家、士孙家，河东的贾家，弘农的杨家，河内的司马家，兖州的蔡家和董家，汝南的许家，琅琊的伏家等诸多门阀世家由于在此次危机中积极响应朝廷“改良儒学”的政策，其宗族子弟纷纷得到朝廷重用。
七月初，奏章送到行台，大臣们劝说天子即刻诏准，命令长安即刻执行。
“朕觉得，应该先问问姑姑和大将军的意思。”小天子犹豫不决，“这么多大臣被禁锢，姑姑和大将军知道后，会不会很生气？”
“目前必须这么做。”太尉张燕解释道，“这两年，陛下要集中大汉所有的力量平定天下，朝堂的稳定是大军取得胜利的重中之重，所以这些和朝廷对抗的人必须全部清除，以免中途再出意外，导致平叛大战功亏一篑。”
贾诩奏道：“陛下要尽快摆脱对长公主和大将军的依赖。如今国事由四位辅弼大臣共理，陛下应该相信他们，凡事多征询他们的意见，自己多拿主意，多做决策，这样才能给大臣们以信心，给自己建立无上威信。”
小天子抓了抓脑袋，不好意思地笑道：“朕一直听姑姑和大将军的，现在突然自己做主了，觉得很害怕。如果朕做错了怎么办？”
众臣相视而笑。张燕指指大帐内的文武大臣，笑着安慰道：“陛下不要担心。朝中有大司马和丞相，这里有我们，陛下只要多听多想，只要多多纳谏，绝不会出错。”
站在小天子背后的李秀突然凑到他耳边说道：“陛下要是做错了，也要受罚，要受杖刑。”
小天子下意识地缩了缩脑袋，“有这么严重？”
“你要是怕痛，我来打好了。”李秀捂嘴笑道，“我保证轻轻地打……”
小天子嘿嘿怪笑，冲着她做了个鬼脸，然后低声问道：“朕觉得把这么多人赶出朝堂，姑姑肯定不高兴……”
“你是大汉天子，你说禁锢就禁锢，你说解禁就解禁。”李秀笑道，“这么简单的事，你想得那么复杂干什么？将来你回到长安，下旨解禁，这些人对你感恩戴德，你想用谁就用谁，谁敢说个不字？”
小天子霍然而悟，激动地用力一拍案几，“准奏。”
七月上，太尉张燕拟定了一份提拔军中将领的名单，天子诏准执行。
七月中，天子书告晋阳，征询大将军攻打徐州的意见。大将军认为稳定长安和各地州郡尚需时间，请天子不要着急，他建议天子在九月发动对徐州的攻击，那时攻打徐州的准备工作基本上差不多了。
七月中，外族诸部特使陆续到达晋阳，李弘详细解释了大汉目前的朝局，希望外族各部为大汉的稳定贡献自己的力量，“陛下将在九月攻打南方叛逆，需要铁骑南下作战，为此我请你们以最大的力量给南下铁骑大军提供牲畜和草料。待陛下平定天下后，你们将得到丰厚的回报。”
外族各部特使们纷纷做出承诺，他们急速返回部落禀报大首领，为大汉铁骑提供三到四个月的食物。
长安接到天子圣旨后，立即忙碌起来，到七月下的时候，诸事基本处理完毕，朝廷诸府逐渐运转正常。
这时丞相李玮奏请天子，并书告太尉张燕、骠骑大将军赵云，提议修改官学，推动儒学迅速走向复兴之路。太尉张燕、骠骑大将军赵云都不同意，认为时机未到，等到徐州大战结束之后再说。
大将军闻讯，书告李玮，郑重警告他，不要再挑起事端，在天子未能掌控北疆铁骑之前，朝廷不要再颁布新的改制之策。如今我还能影响朝适，假如你执意威逼，我