制改革也非同小可，虽然他的复杂性远不如政治，但是非常广的，军队是国家的柱石，没有军队，就没有安全，安全都没了，就只能任人宰割，亡国也只是时间早晚的事情。\\
所以军制改革一定要计划周详，而且更加要严格保密，不能对外泄露半点风声，只能在几个能绝对贴心的臣子之间秘密商议，一切都在秘密中进行。
首先第一步，削弱军中勋贵权戚裙带关系的势力，军队之中最容易形成派系，只不过比较散乱，而且明朝又是文官统帅武将，甚至宦官掌军队实权，加上军备废弛，装备羸弱，又没有像徐达、常遇春以及蓝玉这样的开国大将，故而明朝的军队是从强到弱再到极其弱的，不然袁崇焕坐拥二十几万大军对只有数万人马的皇太极也只能采取坚守的策略，还有军队里面的蛀虫，吃空饷，倒卖甲库等等，还有士兵常年不在军营，也不操练，跑出去给人看家护院的也有，上街叫卖做生意，耍把式屡见不鲜，故而军制改革首先的是裁冗留精，清除害群之马。
于是朱影龙命军机阁发下“全国武备整顿整傷”的诏令，命令全国凡属军官、士兵身份的在诏令到达之后三天之内必须归所在营地，逾期不回营者，是官的剥夺一切职务和爵位，并且示情节不等，处以一定的刑法，士兵者逾期不归者一律仗择三十，直接变为平民，自谋出处。
这一道“武备整顿整傷”诏令一下，军中顿时哗然，再傻的人都看出，皇帝已经转移了目标。准备拿军队开刀了，由于先前朱影龙已经不断的强化军政分开的基本国策，故而杨鹤、周廷儒等人就是有心插手军队上的事情，也没有一个适当的理由，因为他们都是文官，如果他们贸然插手军队地事情，不就等于告诉皇帝，告诉世人他们想做权臣吗？
自朱影龙上台以来，首先是在建立军机阁的基础上，组建的实现了军政分开。军队已经相对的成为一个独立的系统，而文官先天性的与武将不合，在那些高傲的文人眼里，武将不过是些粗鄙武夫，会舞刀弄枪罢了，哪有至圣先师的“以德服人”来的浩然正气，而有明的皇帝都认为武将桀骜不顺，故而任用一些忠君爱国地文人来统帅军队对他们的地位来说是最安全的，而朱影龙通过自己的努力，一是争取。而是通过裙带关系，掌控了全国起码七层的武装力量，完成了这些力量的掌控，才是朱影龙敢下这一道“武备整顿整傷”诏令最基本的原因。
还有借这道“武备整顿整傷”的诏令将军队中一些害群之马清除出军队。重新整顿编制军队，编订新的花名册，并且恢复营操。
诏令一出，很多武将、武官都不以为然。抱着侥幸的心理地有，有靠山在朝的心理也有，结果抱着这些心理的无条件的被清理出军队。取而代之地是长期被他们压制。立功被这些人代受的低一级武官纷纷上台。军队的第一轮清洗就这样开始了，影响波及武官达数百人。因为清洗进行的相当温和，只是将这些人清除出军队，有罪地才被收押，有胆量孤注一掷的人再第一时间就被控制住了，这其中暗影和鹰卫的功劳不可小觑。
第一轮清洗是泥沙俱下，也不排除一些郁郁不得志，对朝廷已经麻木不信任地低级武官就这样被埋没下去了，伴随着“武备整顿整傷”地诏令，朱影龙再下一道旨意，下令从全**中挑选出五百底层军官进入通州军校，同时通州军校地扩建以及第一批从
九边进入军校学习的武官顺利地进入毕业实习阶段，这些从全国各地进入军校学习的底层武官的位置，这道旨意传到各军中，霎时间引起了军中剧烈的震动，多少矢志报国的热血硬汉流下了激动的泪水，一直以来，文官都是死死的压制着武官，有的时候那些没鸟没蛋的阉货也都能骑在他们头上吆五喝六的，正当他们**和精神日趋麻木，整天只能为生存干那些违心的事情的时候，新皇帝继位，新皇帝成立通州军事学院，这是什么，这是一个信号，这是皇上要提高武官地位的一个信号，两年过去了，他们不少人是羡慕的看着自己的同僚被挑选进入军事学院学习，由于名额的限度，也加上教师的不足，因此第一批进入军事学院学习的人只有不足两百人，现在不但放宽了挑选反问，而且还是五百个名额，这下子连袁崇焕和熊廷弼这对结拜兄弟都扛上了，为各自属下争夺进入军事学院的名额，借恭贺万寿节的名义回京，差点没打起来，成为后世新军事变革史上的一时趣谈，当然其他人也不弱，连远在四川征剿蜀王和贵州奢崇明、安邦彦的总督秦良玉也着急了，上书要求非给她们川军五十个名额，她这把老骨头就卖给皇上了，福建的洪承畴、广州的常炎林，甚至还在土司叛乱搞得焦头烂额的国公沐天波也要二十个名额。
这是在军中，在民间，同样为了储备军队中低层军官人才，下诏通州军事学院对民间招收学生，虽然名额只有一百名，但这样足以打破有明一朝武官的选拔制度，也建立一种新的武官选拔制度，也让不少有志投军的年轻人有了一个更加好的选择，同时也无形之中提高和给予帝**人的一种尊重。
杨鹤等人一心想把皇帝拉回“正途”，奈何皇帝似乎并没有领会到他们这一番苦心，反而在“邪路”上越走越远，他们不断的在朱影龙耳边聒噪，就差说袁崇焕、熊廷弼之流堪比汉高祖之韩信，太