当俄国公使参赞出面相邀请孙志仁留步时，孙志仁看着那公使参赞沙巴罗夫说道：“参赞先生，这时我给你面子，要是依着你们公使先生，我从此不再与贵国进行任何谈判了，如今是贵国有求与我大清，不是我们在你们圣彼得堡跪求你们，你看看他既然公开攻击我个人的人身安危，我倒想想看看他能够将我怎样？”
公使参赞沙巴罗夫只好满脸赔笑认认真真的听完孙志仁发出不满的话语，一遍笑着说道：“孙大人，用你们大清朝的一句古语，宰相肚里能撑船，您就不要计较他了，现在我请你坐下来继续谈判，只要本着两国友好的关系，什么问题都快一进行谈判。”
孙志仁看着沙巴罗夫说道：“这谈判的最后结果你能决定吗？”
那公使参赞笑着说道：“虽然我不能做决定，但是我可以请示沙皇陛下，请他做决定还不行吗？”
孙志仁见他他如此说道，便请沙巴罗夫做到另一处桌子上在进行谈判，最后双方达成一致，就大清与俄国对双方边界线进行重新勘验，重新划分，基本上按照当初康熙皇帝与俄国彼得大帝当初确定的边界走向而定，同时俄国将近几十年来侵占大清的领地全部归还大清朝，最后并且保证不支持当时已经有闹独立苗头的外蒙古独立。
最后公使参赞代表俄国在双方达成的协议上草签了自己的姓名，然后对孙志仁说道：“孙大人此份协议我还需报送沙皇签批之后，我再将原本协议送与孙大人好不好？”
孙志仁对于最后与俄罗斯达成的协议相对是满意的，对于俄国人能够做如此大的让步，他是感觉到非常欣慰的，这时他近年连续签订两条最让国人满意的协议，当然协议中的内容只有大清朝与俄国最高层知道，协议的内容不对外公示。
在协议谈妥之后，孙志仁将俄罗斯公使与公使参赞送出礼部衙门之后，孙志仁在才送了一口气，他自己站在礼部衙门的院子里转了几圈，在心中说道：“皇上、皇太后臣孙志仁尽力了，不辱使命，随后孙志仁将与日本以及俄罗斯达成的秘密协议的蓝本送到宫里给皇上上与太后圈阅去了。
慈安最后在孙志仁的秘密协议上用朱笔签写了这样一句话：“孙志仁口舌之争当比我大清数十万兵马，已经将我大清朝的近几十年所遭受的耻辱给清洗干净了，礼部侍郎孙志仁理当受奖，请皇上阅办。
皇上在看到李莲英报送给他的大清与俄罗斯、大清与日本就朝鲜问题进行秘密谈判所达成的协议之后，更是心情舒畅，在慈安的朱批下面写着，孙志仁进军机处，在上书房行走，兼任礼部侍郎，是因为目前大清朝还找不一个向孙志仁这样能够主持礼部的事务的人物来。
两天之后孙志仁分别收到日本与俄罗斯两国政府对于大清朝与俄罗斯、大清朝与日本签署的秘密协议生效的秘密批复之后，孙志仁又在随后举办的急记者吹风会上表示，鉴于朝鲜目前的情况，大清朝宣布保持中立，但是大清朝依然保持对朝鲜市局高度关注，防止在朝鲜发生有关争对平民的屠杀行为的发生。同时大清朝在延吉扶持并建立了朝鲜流亡政府，大院君担任首届流亡政府的的负责人，大清朝将向朝鲜流亡政府提供一切基本保障。