1954年，米国在一次核武器实验中，意外唤醒了一只具有超强破坏力的巨兽——哥斯拉！
面对如此庞然大物，常规武器根本没有效果，为了将其消灭，米国动用了核弹。
然而最后仅能使哥斯拉沉睡于太平洋深处。
此后各国便联合展开所谓了“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。
1973年，苏墨青召唤出哥斯拉后，更是坚定了某些人执行“帝王计划”的决心。
不过史前巨兽数量稀少，要找到活物研究，并不是一件容易的事情。
直到1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查。
在陷坑中发现了虫形怪兽“穆托”的石化卵囊，然后军方秘密将其带回研究。
转眼数年，一群科学家围绕着穆托的蛹进行研究。
原本蛹内的穆托，一直以来都没有生命迹象，但不知为何，最近穆托却产生了生命拨波动，并且频率越来越频繁。
主管芹泽担心出现穆托复活，于是启动电网，意图杀死穆托，然而他失败了！
原来穆托一直在吸收废弃核电站的放射性能量，待到蓄积到足够的能量后，便发动【电磁脉冲】瘫痪了研究所内的电子设备，破茧而出。
一头怪兽，谁能料到对方有如此的智慧。
于是乎，米国军方又一次成功给自己制造出了巨大的危机。
“昂~”
夜空中，恐怖的嘶鸣声响彻天地，只见穆托扇动双翼，行走之间，许多设备发生爆炸，掀起十数米高的火焰，许多工作人员直接被火焰焚烧致死。
火光中，穆托的身形展现在那些幸存下来的研究所工作人员眼中。
穆托与哥斯拉属于同一时代的怪物，以放射性能量为食。
同时也将卵寄生在哥斯拉身上，让卵吸食哥斯拉体内的能量，借以快速孵化，然后诞生更多穆托，所以哥斯拉与穆托从远古时期开始，一见面就不死不休。
穆托分为雄性和雌性。
相较而言，雌性穆托的体型较大，而雄性穆托体积较小，但却拥有飞行能力。
眼前的便是一头雄性穆托，它长着三角形的头和颚、散发红色的眼睛，有两对好似翼龙羽翼的巨大前肢，胸部上也长着一堆相对较为短小的副腕，外形风格接近昆虫，高约50米，展翼约260多米。
这只雄性穆托刚刚从沉睡中醒来，有些起床气，敲打着周围的一切。
人类的体积对穆托而言太过渺小，晒牙缝都不够，所以穆托也没有吃人的打算。
肆无忌惮的破坏一阵后，穆托吸收了废弃核电站残余的放射性能量，便双翅一振，向着太平洋彼端而去。
当穆托飞跃过太平洋的一片海域时，深达万米的海沟中，一双金色的巨大兽瞳猛然睁开。
多年前被米国核弹击沉的哥斯拉，感应到穆托身上厌恶的气息，从沉思中醒来。
与苏墨青的哥斯拉有所不同，这头哥斯拉为栖息于二叠纪的巨大生物，是当时处于生态系顶点的种族的末裔。
体内拥有原子炉一样的器官，可以自行生成巨大的热能。
在二叠纪生物大灭绝之际，哥斯拉藏到地底下，得以逃过一劫。
原本哥斯拉一直沉睡在太平洋的海底，可是由于现代的核试验过于频繁，导致地表放射能浓度上升，于是再次来到地上活动。
结果刚冒头，就被米国一颗核弹又炸晕了过去！
这头哥斯拉，高约108米，首尾长度大概317米，重量约9万吨。
本来哥斯拉也不想搞事情，只想安安静静在太平洋底当个快乐肥宅兽。
可哥斯拉与穆托之间仇深似海，不搞死对方，心里就不舒服，所以它尾随着雄性穆托的气息，开始游动。
哥斯拉在海中游动，不容易被察觉，可是穆托大摇大摆的横冲直撞，自然逃不过卫星雷达的扫描。
神盾局总部。
希尔特工快步走到尼克弗瑞的办公室：“长官，一只巨型怪兽正向米国飞来，速度很，快预计半个小时后，就会抵达夏威夷海岸。”
“巨型怪兽，还会飞，从哪冒出来的？”
尼克弗瑞负手而立，眉头深锁，最近糟心事比较多，雷神事件才过去没多久，国务会那些高层吵得不可开交，现在有冒出一头飞行巨兽。
可是职责所在，事情该办还是得办。
“根据军方提供的资料显示，这头飞行巨兽名叫穆托，是二叠纪时期的生物，本来被安置在岛国一间废弃核电站中，由帝王组织的人员负责研究，却不料今天穆托突然醒来……该怪兽有电磁脉冲的能力，可以破坏大部分电路仪器，上限未知.....”希尔将知道的重要信息一一道来。
尼克弗瑞作为神盾局局长，自然知道帝王计划，但并不是很了解，因为他们的分工不同。
从希尔述说的情报来看，这种怪兽很早以前就存在地球上，甚至比恐龙更早，以放射性能量为食，普通武器根本对付不了！
尼克弗瑞问道：“能确认它的目标在哪吗？”
希尔说道：“根据穆托的飞行轨迹和生物特性，它的目标应该是夏威夷的核燃料工厂，目前军方的人已经展开了行动，很有可能会动用战术核弹！”
夏威夷海域。
夜色之中，暗波涌动，二十六艘钢铁战舰在海面形成一道防线。
主舰的作战指挥室中，看着雷达上显示的红点越来越近，负责此次战斗的汤姆将军表情