在元、明两代，白莲教曾多次组织农民起义。
流传到清初，又发展成为反清秘密组织，虽遭到清政府的多次血腥镇压，但到了嘉庆元年，白莲教大起义已发展成嘉庆年间规模最大的一次起义。
明初严禁白莲教，洪武、永乐年间，川鄂赣鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，均被镇压。
明中叶以后，民间宗教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。
它们各不相属，教义颇多歧异，组织、仪轨和活动方式也不尽相同，但或多或少地带有白莲教的印记。
统治者认为它们实际上仍是白莲教，民间也笼统地称为白莲教。
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