但由于朝廷率先布局、取证，且因为海军来恒严审俘虏，为朝廷提供了大量的情报，所以这场风暴来势汹汹，退得也快。仅只一个月，隋军士兵就杀进了崔、卢、郑、李、王裴、高、萧等等士族设在洛阳的据点，将各族主要成员一并缉拿归案。
某种程度上说，这才是朝廷真真正正和士族开战，之前所做一切，只是以从贼之名剪除各大士族表面上的一些势力，虽能使各大士族名声受损，但各大士族也不是没有挽救，他们纷纷把那些被朝廷诛杀的贼从逐出家族，将之定为家门败类，说白了，就是放弃了那些棋子，并没有动摇他们高高在上的口碑，毕竟谁家没有几个败类不是吗？
可这一次却不一样了，朝廷直接就把散在各地的七大士族尽皆抓捕入京。
如朝廷所料，此事甫一发生，便在文坛上掀起了一阵风暴，作为天下读书人榜样的大士族，同时被抓入狱。天下文士迷茫之际，又带着丝丝不解。
很快朝廷便公布了七大士族卖粮食、卖武器装备、通敌叛国的公文，并决定公审此案。
如果没有这一份公文，天下读书人必然会为之动荡。虽然他们没有翻江倒海之力，但却握着一杆铁笔，可以写出对朝廷不满、写出朝廷无证无据灭士族的用心，造成一股文化风暴。
但这公文一出，情况立刻不同了。
忠孝节义、忠君爱国乃是这是儒家最核心的思想。除了那些大士族将本家利益看的比国家更重要之外，寻常读书人还是更为重视国家和本族的。
更何况盗走朝廷数百万石粮食，卖给敌国，这跟资敌谋反没多大区别，这可是株连九族的死罪，这时候谁帮士族说话，岂不是表示自己也掺在其中？
还没人那么愚蠢，无端端的将这种大罪自扛于身。
一时间天下读书人同时哑火，静静的等候公开审判那一日。
公审设在紫微城端门广场，杨侗也亲临了现场，看着等候开审，自发聚来的读书人，他心中也颇为惊讶，想不到到了这步田地，七大士族依然能牵动读书人之心，这足以见得，高高在上的千年士族在读书人心目中的地位了。
公审开始，大理寺官员不断取证审讯，在各种如山铁证、各种帐目、各种往来信函，以及从渤海押来的人证之下，卢豫、崔岭、郑元琮等各族家主根本就没有反驳的余地。
刑部、御部、大理寺根据事实情况，下达了判决书。
卢豫、崔岭、郑元琮等各家族，卢仁朂、卢茂之、郑仲宇、郑凡等等直接被处死，籍没崔、王两家，几家被抓到的直系家属尽数发配渤海群岛。
对于盗取国家财富、通敌判国罪，这种判决看似很轻，但其实不然。
杨侗与其他的皇帝在杀伐上有着明显的分歧，并非说他杀伐不够果断，而是若非真正威胁到他的王朝，他不会无度痛下杀手。
这些人固然罪该万死，但杨侗没有动刀狠杀的意思，处置了元凶，抄了他们的财产，将他们直系发配海岛上劳役，再加上朝廷会在大隋国家图书馆陈列出他们世世代代的积攒下来的吭害他人的信函、账册、口供，迟早会成为人人喊打的过街老鼠。而没有了高高在上、地位超然的美名，这些人和普通人根本没什么区别
经此一案，最著名的清河崔氏、博陵崔氏、范阳卢氏、荥阳郑氏、太原王氏、陇西李氏、赵郡李氏理所当然的臭大街，其他各个参与或是不参与的士族，也因为同时受审，跟着遭了殃，至此也纷纷走向没落。
待到事后，人们蓦然回首，才发现朝廷好像本末倒置了，因为在之前，朝廷气势汹汹的查粮仓，可结果却调转矛头，灭了士族，所谓调查粮仓，反倒排到了后面。
当然，调查粮仓还在继续。但少去大士族暗中调度，各个粮商自然不敢在这时候与朝廷作对，而且没有了大士族的掌控，他们可以堂堂正正的做人、做生意，哪会、哪敢冒犯朝廷？
为了集中精力解决伪唐这路最后反王，杨侗将这起案件尽快了结，使朝廷百官把精力集中统一之战上来。杨侗处理得很快，仅只三天便判处八十多名贪官死刑，流配六十二人，革职、贬官三百余人，一场肃贪风暴过后，整个官场风气为之一正。顺藤摸瓜、清理蛀虫的事让三法司继续跟进，不过这一次大规模的判结也是一个讯号：反贪反腐告一段落了。
一些有识之士，也从这起事件的‘仓促’结束，看出了朝廷重心所在。
那就是兵进益州，讨伐伪唐。