多铎部清军占领潼关后，休兵二日，正月十六日，由潼关进发，正月十八日，多铎部占领西安，几天后，阿济格部也到达西安，清摄政王多尔衮命多铎部按原定计划往攻南京，阿济格部负责追剿大顺军，多铎在西安休整兵马一个月，二月十四日，率领清军出潼关，随即招降了驻守河南府的大顺军平南伯刘忠，三月初五日，清军取道归德府，向南进攻南明弘光政权。
大顺军和清军在潼关激战了十三天，这是决定大顺政权能不能保住西北地区的关键一战，大顺军最后以失败告终，十三日，大顺军到达西安，李自成当天就带领部分文职官员、家属和财物，经蓝田、商洛向河南撤退。
随李自成撤退的有汝侯刘宗敏、泽侯田见秀、磁侯刘芳亮、绵侯袁宗第、义侯张鼐、丞相牛金星、军师宋献策等，还有包括皇后高氏在内的眷属，兵员约为十三万，由陕西商洛经河南到达湖北襄阳，会合驻守当地的白旺部，兵力增强到二十多万，大顺军继续东下武昌等地；防守陕北的李过、高一功部，在清军占领西安以后，无法直接南撤河南、湖广，而向西转移会合其他驻守西北的大顺军，取道陕西汉中南入四川，然后顺江到达湖北荆州地区，大顺军由于南撤的路线不同形成了东、西两大集团。
田承嗣在崇明岛上长住，一方面是陪水笙和儿子，给儿子取名田世雄，有水笙、桂香、顾秦、云秀莲（云秀莲一切从简跟田承嗣圆了房）侍候，田承嗣的日子美滋滋的；另一方面是监督火枪营和水军的训练，到十一月底，锦衣卫火枪营有枪官兵达到了五千人，这使得锦衣卫火枪兵达到了规模作战，而水军每艘战舰也配备了一定的火炮，并具有了相当水平的海上航行和战斗能力。
这天田承嗣接到塘报：十一月十六日，张献忠在成都建国称帝，国号大西，建元大顺，改成都为西京。他还采用了明初官制，任命左右丞相；设内阁六部，任命六尚书；封养子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四人为王；立军都督府以统率全军。
原来张献忠率部在万县留屯三月后，接着连克梁山、忠州、涪州、泸州，击败大明总兵曹英，攻破重庆府的佛图关，明朝四川总兵秦良玉率兵来战，亦被张献忠部击败，六月二十日占领川北重镇重庆；张献忠处死了从汉中逃来的瑞王朱常浩、巡抚陈士奇、兵备副使陈纁、知府王行俭等一批明朝宗室和官僚。
七月初四日，张献忠命刘廷举守重庆，他亲自率三十万大军，分三路向四川首府成都挺进，沿路州县望风投降，四川巡抚龙文光由顺庆驰援成都，又调总兵刘镇藩和附近土兵守城，张献忠使其众伪为援兵混入城中，龙文光不能辨，八月初七日，张献忠部从四面同时攻城，混入的贼兵里应外合，八月初九日，张献忠部攻克成都，明藩成都王朱至澍、太平王朱至渌自杀，四川巡抚龙文光、巡按御史刘之渤、按察副使张继孟等明朝派驻四川的主要官员因拒不投降，均被农民军处死。
九月，张献忠派艾能奇往攻，李自成部将马科据守绵州，艾能奇一时之间不能取胜，张献忠亲自率军攻打绵州，马科不支败走汉中，十月，李定国攻克保宁；孙可望下龙安，使王运行守之，又率兵攻茂州克之。接着艾能奇攻克雅州，除遵义府、石砫、黎明土司外，四川省境已尽属张献忠所有，张献忠在成都称帝建国是顺理成章的事情。
田承嗣心说张献忠入川，四川人可就倒大霉了，可是自己对张献忠是鞭长莫及，根本阻止不了这个杀人恶魔的暴行，叹了一会气之后，由拿起了其他的塘报看起来：顺治建立起八旗常备兵制，仍严格实行按民族分别编制的原则，则满州、蒙古、汉军各为八旗，兵额总数约为二十二万余人；八旗兵以满州八旗为基干，采取世袭兵制，在年十六岁以上的八旗子弟中挑补旗兵。满、蒙、汉八旗，每旗各设都统（固山额真）一人，副都统（梅勒章京）二人；所属骁骑参领（甲喇章京），满洲、汉军每旗各五人，蒙古每旗二人。镶黄、正黄、正白为上三旗，其兵丁负责保卫宫廷；镶白、正红、镶红、正蓝、镶黄为下五旗。行军巡狩以上三旗和正蓝共四旗居左为左翼，其余四旗居右为右翼。
田承嗣暗道：顺治这一招使得满清增加了十万人马，清军八旗兵员不足大大得到缓解，真是山雨欲来风满楼啊，再接着看塘报：顺治在十月初一日，以孔子六十五代孙孔允植仍袭封衍圣公，兼太子太傅，孔允钰等仍袭五经博士，满清国策实行尊孔；十一月二十五日，顺治任汤若望钦天监掌印官，西洋新法所修之历法；顺治实行里甲制与保甲制在地方混杂并行，
（里甲制是以一百一十户为一里，选丁多者十人为里长，其余百户分为十甲；它以户为主，目的是弄清一户负担的田粮丁银，以便征收赋役。保甲制是以十户一牌，十牌为一甲，十甲为一保，牌设牌头，甲设甲长，保设保正；它以人为主，目的在于维持地方治安秩序，防止人民反抗。）顺治把里甲制与保甲制并行，就是要保甲制才取代了里甲制，更好的控制统治区里的百姓。
田承嗣心说多尔衮不过是能打能拼勇猛刚强，顺治是绵里藏针以柔克刚，这顺治尊孔、保甲制是软刀子，可比多尔衮刀枪厉害多了，更让田承嗣郁闷的是，自己渴求的大才汤若望，还是被满清给笼络去