何如飞建议整合西域军区司令部，重新册立职能，以免部门联络不畅和部门重叠，确立了西域军区司令任元星，总参谋长祝永泉，总军务长何如飞的三人指挥体系。何如飞的确是一个有能力的人，如此一番整合之后西域的三个军团的调度井井有条起来。何如飞建议应该放弃阿斯塔纳这个易攻难守之地，并且第三师兵分三处，不如集中一处，防止遭到围攻。经过军区司令部认真考虑同意了这个建议，并且向国防部参谋总部请示，参谋总部也认为阿斯塔纳因与西域距离较远，且后勤补给不易，可以放弃。随后任元星当即下令王杰君的部队放弃哈萨克邦首府阿斯塔纳，坚守哈萨克之心克勒兹要塞即可。
王杰君知道这是何如飞的主意之后冷笑不已，他在军队中什么派系都不属于，但是却看得明白，两派之争随时上演。王杰君之所以作战凶猛屡建奇功，其中一个很重要的原因就是他没有所属派系，自然除了战功得以升迁之外没有任何其他的晋级方式。但是这一次，他认定何如飞犯了一个大错，将来肯定会载一个跟头的。在得到撤军命令之后，王杰君便下令军队在车里阿斯塔纳之前劫掠三天，所有工厂设备甚至技术工人，玻璃都必须拆除带走，一路上铁路铁轨也需要带走，即便暂时不修铁路，也不能留给苏俄人使用。
由于徐树铮的部队94旅一直驻扎在帕米尔高原防备着英属印度军队，而黄龙军团的第三十九师团和蛟龙军团的第四十九师团并未完全抵达西域，因此此时的西域驻军仅有第三师团、第十师团、第十六骑兵师团、第二十九师团、第三十二骑兵师团、第三十三师团（缺徐树铮一旅）、第三十八师团、第四十三师团，总兵力为十五万人，另有二十万汉族移民民军部队辅助，但是民军部队仅仅是轻步兵，用于正面作战损失一定颇为惨重，只能作为二线部队使用。
最后何如飞提出整合后的军区部队并不以军团形式作为防御，应以打乱军团框架，以军区统领师团制度布置以西域军区为唯一指挥单位进行调配布置，这样最大地解放了师团一级的战斗力，以此应对接下来沙俄近两百万人的东进。
尽管何如飞的军区统一办法在理论上加强了西域军区司令部的权力，但是从另一个角度弱化了军团一级的权力，这让蛟龙军团长陈炯明大为不满，他立即提出反对意见。但由于陈炯明是率领粤军投降国防军，其威信在军中地位并不高，只是王茂如对其器重而已，何如飞提出举手表决——何如飞，任元星，祝永泉，陈炯明和杜宝三五人举手决定。
杜宝三的军团只有两个师团，其中一个此时仍然天山以西，等待天气暖下来才能翻过天山进入西域，因此其实这条建议对于他来说暂时并未受到影响。尤其是杜宝三是属于陆大系的，算是何如飞的人，自然不会过多反对，只是陈炯明是个麻烦。