实践是检验真理的唯一标准，孙祖本以为魂魄炼丹定然可行，想不到开鼎后却是大失所望，丹鼎内并没能像他想象的那样结出大丹，只是在丹鼎的顶部生成了一种云雾状的气体，底部则是极薄的一层黑墨状的粉末。他以后再经多次试验。始终一无所得，最后只得宣告炼丹失败。
云雾状气体无法采集。孙祖只好采集了一些黑墨结成丹药，他回到当涂家中，秘藏丹药，始终不敢服用。后来家道败落，他投奔秣陵舅父家中，以行医为生，一直默默无闻，直到他无意中以丹药救治一名癫痛病人，居然一治而愈，从此声名大噪，一时求医者无数，他自居孙恩邈后人，把所炼的丹药伪托作祖传的“太一神精丹”晚年生活倒也过得舒心平安。
不过他虽然炼丹失败。但对自己创造的魂魄炼丹理论始终不舍放弃，“金石丹砂，犹有可变之道，幽魂冥魄，岂无可造之理？丹术不成，乃人力之瑕疵，非丹理之悖天耳意思是说，他炼丹之所以不成，只是因为在具体的操作执行上出现了偏差，并不是以魂魄炼丹的理论有什么谬误，只要纠正了操作上的偏差，一样能够丹药可炼，仙道
成。
孙祖寄居在舅父家中。终生不曾婚娶，他临终并把自己的求丹经历及丹学心得撰写在一封书简中，寄望于有缘后人能够对魂魄炼丹理论继续求索，“所炼丹药，虽穿上乘，犹能治癫痈祜百病，润肌肤出颜色，若得上乘之药，自可安魂魄而通神仙也
只可惜孙祖死后，茅山丹宗昙花一现后更加没落，作为养尸地的地洞早已封闭，他的魂魄炼丹理论更被巫师们转作邪术，这些人不懂魂，魄合练之道，知其行不知其神。竟把魂魄炼丹误解为以尸身炼丹，清中期冶炼尸丹曾风行一时，其荼毒之处难以尽述，以后随着官府的尽力剿杀，这种阴森恐怖邪术才渐渐绝迹。
直到清末，另一位姓陶的丹宗祖师才现了他的书简和栖霞山谷中的地洞，这时距离孙祖离世的时间已过了二百多年，机缘凑巧的是，陶姓祖师也正是孙祖耸父的嫡系子孙，他本就痴迷于丹经，现在得到先辈的秘术绝学，自然如获至宝，夙夜精研不懈。
这个陶姓祖师学究天人。他饱览丹经，终于在孙祖等前辈著作的基础上更进一步，提出了更加完善的制丹理论。
“魂魄合练，为内丹修道之法门，魂魄炼丹，为外丹修仙之途径二者本源相同，妙用亦可相通。道家修炼，乃修纯阳之身，最忌修出阴神；我丹宗制丹，也应知魂阳魄阴之理，炼丹当以炼魂为主，忌炼阴魄，二者不分，丹术难成
原来以魂魄炼丹的第一要务。是要把魂魄先行分离，魂魄炼丹，实为炼魂，并不需要炼魄，当年孙祖获得的黑墨状物质就是练出的魄丹，魄控制**，所以能驱除百病，但要做到修道长生却是不能。
不过分离魂魄并非一般人想象的那样简单，所谓魂升于天，魄降于地，那是指人体未曾丧亡，只是魂魄离体的时候；一旦人体死亡，魂魄却要结合在一起游离，直至百日后方才魂消魄散？要如抽丝录茧般分离这些结合在一起的游魂荡魄。茅卜书楼下千竿竹，深火炉前一盏灯，此处与谁相伴宿，炼丹道士坐禅僧这是形容炼丹道士的诗句，这些修炼外丹的道士，行为举止与常人无异，他们修的是道家丹理，精的是炉火功夫，在法术方面并无多大的建树，所以茅山丹宗无法分离魂魄，只有茅山符篆一脉修到元神离体的人物，才具备分魂离魄的术法修为。
卫道士讲到这里，突然间拍了拍头，恍然大悟说：“怪不得少主人非要选你炼制丹药，原来就你竟是茅山符策一脉的人物！奇哉怪也，难道你修成了元神离体？。
我听说这些尸体是经过胜清的清兵尸身，心中一阵惊怖，又想起刚才被我抿进嘴里的那滴咸滋滋的水珠，不觉又是一阵恶心，强忍着等卫道士讲究他们的丹宗往事，这时候再也忍耐不住，“哇啦。一声呕吐起来。卫道士摇头道：“奇哉怪也，修行之人怎能如此娇生惯养？看来没修成元神离体
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