兵部更是不得了，尤其是出兵讨伐后的军费报销，若不与兵吏打点讲好“斤头”，则种种挑剔，层层驳回，穷年累月，不得竣事，而且这种打点是公开直言不讳毫无顾忌的。诸将想拿到粮饷，不掏点羊蛋钱，当然是不可能的了。辽饷贪墨案中以兵部这些吏员伸手最多。
刑部的书吏也是利薮。但他们却有着生杀大权，人命关天的大案、要案，都要经刑部这一道坎。谁不要起生还生或死里逃生，刑吏能够把已定刑要正法的犯人救活过来，这不是深谙律例的刑部司员办不到的。传说刑吏都有舞文弄法瞒天过海的办法。说是江南有一富家子弟犯了死罪，部文已经核准，钉发文书递到便要行刑。刑吏得了巨贿，把发往江南的文书和发往云贵的文书互换一下，到达后双方发现犯人之名有误，只得退回刑部更正，如此往一来，耽搁年月不少。而刑吏又早已算好，在这期间必逢着皇帝、太后万寿之类的庆典，一定颁施覃恩，赦免或减刑天下罪犯。这样，一个死囚便不致斩决了。而刑吏这种错封文书之失，则并非什么重罪，只是革去吏职而已。
工部虽居六部之末，其利更厚。皇帝死后葬的坟墓，叫作“山陵”，其建造工程便叫“陵工”，当皇帝的毫不忌讳，一登了基，便要兴建陵工，而且皇帝一天在位，陵工一天不能修竣，拆拆修修。有的命长皇帝在位六十年，陵工便要兴建一甲子，这笔费用每年报销，其实都入中饱。此外如皇帝的大婚。官殿的缮修，尤其是特大的工程项目，；以及黄河惟恐不决口，决了口便得发放大量治河经费，叫做“河工”，种种工程费用，能够实际到工的，据说能有四成，便可算是廉洁奉公的了。当然，工吏凭着他们的本领和商人勾结去搞那些银钱。自然不便独吞。工部司员乐得沾些光。开一眼闭一眼。
六部书吏之富。可以敌国，有了钱便可使鬼推磨，若有人敢得罪或惩治他。报复起来，可使一二品大员丢官。书吏的气焰之嚣张比起闲散的京官要强的太多了。
所以京吏比那小京官更加的牛气轰轰，京官只能守着这个官是官，吏是吏这块遮羞布了。
朱由校对此情况也通过情报部门了解到了一些，但管又能管得了谁，风气尽然，他一个皇帝工作者整天把心思放在吏员的反腐倡廉上，还干不干点正事，最好的方式就是把这些吏员全部的撤换掉。
对于官员的大材小用，朱由校也是相当的看不惯。在他看来，一个市长，不去为百姓办点实事，把经济发展上去，整天的泡在公安局、法院、教育局，税务局里办着各局、院一把手的事，这是多么可笑又可悲的事。这种情况必须得改过来！
“皇上请慎重，这官与吏之间，绝非可以并提之事。官为与国同休之人，而吏只是被官员役使之人，岂可同日而语。”
朱由校，将官与吏这层壁垒要给捅破，这一下如果让官员们知道，还不一下子捅个马蜂窝？从九品官到一品官，这十八级官员，估计一下子都能跳起来反对，十年寒窗、铁砚磨穿，考取的功名，却与下等人看齐了。这让他们情何以堪？
孙承宗相当的激动，他也是官员，当然无法接受这等等于践踏蹂躏官员权威的评论。半天不说话，憋出来了这话。那样子就差跳起来大骂昏君了，这是官员不能忍受的极大污辱，就象是有一天，县太爷与一叫花子一齐坐堂审案一样。
“孙老师无须着急，现在官不如吏的情况比比皆是，说是官员贪墨，其实比起酷吏的吃喝拿卡来，对百姓所扰更重。朕免除天下税收，最大的原因恰恰针对的就是酷吏。而在京官之中，吏的待遇比起京官更是强上数倍不止。有的官员的确在办事能力方面不如一位能吏，这些都是一种畸形的现象。”
“皇上此言倒是符合时政，吏的素质参差不齐，的确害人菲浅。”朱由校的话的确如此，读书人的出路很窄，最地一用是书生，直到考出了秀才来才可以有免税、免遥役之类的好处。再到中了举人之后，路子才宽了起来，要么直接的考中进士为官，要么当个西席教个书，当个幕僚之类的。孙承宗就是选择了教书。
“朕想着改革吏制，朕所要做的是天下无吏，并非将如今天下的吏一一的变为官，而是让越来越多的有官身之人却闲置在家的举人，取代吏。首先是人员问题，想我大明，每三年才有一次会试，名落孙山者何其之多，这些人空有一个举人的名号，却没有实际的职责，空闲在家等着实缺。可以将这些人组织起来培训专门的业务，然后再经考核，充抵到各地去担任。”朱由校想的不是将原有的吏提到官的位置上来，而是将‘官员预备役’提了进来。
对于大明的酷吏，朱由校没有半分的好印象可言，他们仗着身份，在大明狐假虎威，四处的渔肉百姓，甚至敲诈低级官员。这种‘大明窗口’的腐败，直接导致了百姓对于大明政权的一种极大的不满，再加上一些诱因。使得遍地峰火，一发而不可收拾。大明的灭亡有人说亡自自身，而这个自身之中，酷吏占的比重相当之大。
所以挖掉这块大明的腐肉，是重中之重。朱由校废除税收制度，利害攸关最大的就是这些酷吏。所以他们的反对也是最大，各地冒天下之大不韪违反这种硬性规定的，也就是这些酷吏，没有了税收这块收入，他们的损失相当之大。朱由校对此实施