而天主教的洋人团体，一行近百人，也是在这种情况之下进入了京城。金尼阁去年刚刚的离开京城，如今一到，这的确是日新月异，道路、交通、空气等等都不一样了，不由的大叹，大明的发展的确神速。不过据汤若望称，这种比与一年前的京城相比，那真是一个地下一个天上了。
李国普主持了接待仪式，按着王国的来使的规格标准进行，倒是与去岁无异。
尼金阁，耶稣会的成员，实事上所有的神父都是耶稣会的成员。《精神锻炼》（又译《神操》）是耶稣会的行为准则。耶稣会也是罗马教廷反宗教改革的别动队，既从事宗教活动，也进行政治斗争，会士可以不穿僧衣，不过隐修生活，渗入社会各阶层，参与各种活动：开办学校、医院、投资工商业，参加殖民探险，进行科学研究，出入宫廷，担任忏悔师，不择手段反宗教改革（其口号为“目的证明手段之正确”）。积极推进海外传教，最早的有方济各?沙勿略，来华传教士有利玛窦、汤若望、南怀仁等。
耶稣会信仰世界的争夺和经济利益的争夺，是耶稣会布教活动始终追逐的目标。为此，布教与贸易互为表里，贸易支持布教，布教掩护贸易。耶稣会与诸多的国家有着相当大的联系。而在中国、日本这两处地方，也可以算是大明澳门（生丝）与日本长崎（白银）海上贸易的中介者及组织。
尼金阁对于大明之行，是相当有信心的，先将利玛窦于撰写的《基督教远征中国史》翻译。于1615年9 —10月首先在德国的奥格斯堡出版，金尼阁在封面上关于此书的介绍是恰如其分的：“书中初次精确地忠实地描述了中国的朝廷、风俗、法律制度以及新的教务问题。”可以他对大明的了解程度。这也让他享有了“第一个把中国人是谁以及他们怎样生活揭示给欧洲的历史学家”的美誉。
他曾在欧洲立下宏愿：“如果上帝保佑在那么多的流离滇沛后，我还能被允许返回我原来的岗位，并且如果假我以若干年的光阴，那么我将写一部有关中国人的风俗习惯的记述，以及一部中国编年史概要，它将从四千年前谈起。按时代顺序毫不间断地写下来。它也将包括一部拉丁文的中国lún_lǐ典范”。
他也回到了中国，开始了他的的中学西渐，但这一切一切的牺牲与付出，却被大明皇帝一份莫名其妙的圣旨——禁止天主教在大明传教，一下全部粉碎的干干净净。
这是他万万不能接受的。同样也是前来中国的所有传教士无法认同的，他们在中国付出的太多太多了。为中国带去了这么多的知识、医术、数学、天文、物理、技术等等等等，难道这就是大明的回报吗？
天主教在大明的传播并不一帆风顺的，其中的艰难曲折，金尼阁当然再清楚不过了。
唐朝，基督教的异端支流聂斯脱利派被称为大秦景教流入中国。但当时虽政府允许传教，也只是把它当作与其他少数民族和西域国家流传的信仰和文化一样的宗教流派而已，没有认真考虑过它的中国汉化问题。当时的很多天主教思想是很隐晦地附和于道教和佛教中。由于翻译的问题，很多名词也都是借用现成的佛教和道教词语，这也是限制了大秦景教在中国流传的原因。（见：《大秦景教流行中国碑》），因此安史之乱后很快基督教就在中国消失。
但景教在蒙古族古老部族克烈部、汪古部、乃蛮部已经拥有较多信徒。成吉思汗统一蒙古后。景教遂在整个蒙古流传开来，一时间十字寺林立，僧众成群，特别是汪古部，形成了好几个基督教世家。后来，随着蒙古人取得中原政权，景教再次进入我国内地。在中原地区。景教的势力不断扩展，传教机构遍及南北，形成了四大主教区。
蒙古军队西征，引起罗马教庭的恐慌，为了抵御蒙古的入侵，从教皇英诺森四世开始，便向蒙古派出了以方济各会修士为主的特使前往东方。后来方济各会修士卢布鲁克来到上都，受到元宪宗蒙哥的接见，并奉命为皇家祈天祝奉，但他要留在中国传教的请求遭到拒绝。
1294年传教士约翰?孟特戈维诺达到大都（今天的北京），正式开始了罗马天主教在中国的传教活动，同年，他说服了原本信奉景教的汪古部唐王阔里吉思改信天主教，政府对他的传教活动也表示承认。此后，孟特戈维诺在大都建立了3座教堂，并成功地为6000人施洗。1307年，他被教皇克莱蒙五世任命为天主教汗八里总主教区大主教，统理远东教务，直到1308年去世。在元朝政府的支持下，天主教的传教活动扩展到杭州、泉州等地，并在当地建立了教堂和修道院。
而在大明太祖朱元璋起义，最终推倒了暴元，随着元朝统治在中原的衰落，基督教也退出了历史舞台。1362年汉军攻入泉州，最后一任天主教主教、佛罗伦萨人詹姆斯被杀，1369年元顺帝北遁出逃漠北，基督教徒被逐出大都，基督教遂一度在中原销声匿迹。
朱元璋借助的本身就是明教，而明教又称为摩尼教，是波斯人摩尼所创立。摩尼教是一个很复杂的宗教，它杂糅了祆教、基督教、佛教。朱元璋上位之后，对明教都采取了清剿。
更是彻底禁止基督教在大明帝国境内传教,禁止三夷教在大明传教。之后的基督教在整个大明帝国初期中期完全没有了立足之地,传教士基本绝迹。
直到，1583