更为可怕的是，由于在新帝上的一系列不良的举动，现在的南明小朝廷也处在分崩瓦解之中。
当北京城被攻陷，崇祯皇帝身死的消息传到南京以后，作为南京兵部尚书的史可法，当仁不让地成为了文官之首。而此时的当务之急当然是立新君。
可接下来，清军和关宁铁骑奉鲁王“清君侧”；李自成的大顺军玉田惨败；汝宁军北上勤王，收复京城并救出太子；吴世恭黄袍加身。这一连窜眼花缭乱的消息使得南京的大臣们是晕头转向，等到一切都尘埃落定，时间也已经过去了一个多月了。
然而在这一个多月的时光中，围绕着立新君，那些大臣也恢复了大明朝文臣们的“优良传统”，开始赤膊上阵，进行了一场激烈的党争。
按照与崇祯皇帝的血缘疏近，福王朱由崧是新君的当然人选。可是以钱谦益等热衷于东林门户之见的官绅却群起拥潞王。当然，这些东林党人的真正用意，就是排除福王，以确保崇祯时期东林—复社党人在政治上的操纵权，特别是如果潞王以较远的宗支而被迎立，钱谦益等人有“定策”之功肯定可以飞黄腾达。
而作为实权人物的史可法则处于进退两难的境地，他是东林党人左光斗的得意门生，自然对拥戴福藩继统心存疑虑，但又担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。
最后，史可法亲自写信给南京高级官员说明定策意见：“迎桂者何？以福、惠之有遗议也，乃舍而立桂也。其潞藩则仿古兵马元帅之制暂借统兵马。”而南京的官绅对于这个折中方案比较满意，由南京礼部准备乘舆法物前往广西迎接桂王。
可就在此时，形势却急转直下。南京镇守太监卢九德暗中勾结总兵高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王朱由崧。
因为卢九德在万历末年曾在宫中为老福王朱常洵服役，所以在朱由崧的幕后策划之后，卢九德就当仁不让地展开了合纵连横的游说。
而高杰、黄得功、刘良佐等人的积极参与拥立显然是为了攘取“定策之功”，以此来增强自己在政治上的地位。
至于那些原先不赞同立福王的东林党大臣，他们大多都立刻见风使舵。为了自己的权利，加紧时间向福王朱由崧表示效忠。而史可法却还蒙在鼓里，继续写信说朱由崧“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”七不可立之理由。
可是当南京各大臣被卢九德邀请到家中，传阅高杰、黄得功、刘良佐等人的效忠书信时。虽然不少人感到震惊，但是他们既无兵权，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，失去了凭借，只好违心地表示同意。
在此次立新君中，史可法完全是当断不断，反受其乱。作为一名亲东林党的文官，他这样的做法是有些门户之见的原因。但更主要的原因，是史可法性格上有着致命弱点。他是缺乏雄才大略，总想处处应付。八方妥贴，没想到最后却落得个事与愿违。
但是真正一度拥有决策大权的是史可法，他却在这样的重大问题上态度游移，没有断然决定拥立福王，致使朱由崧求助于镇将。从此南明小朝廷的大权旁落，史可法是应当负主要责任的。
福王朱由崧先是就任监国，他立刻主持了廷臣会推，要先选出众位内阁大学士。会推结果，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士办事。不久又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎。二人兼东阁大学士入阁办事。以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员也先后作了安排。
并且福王朱由崧按照史可法、高弘图、张慎言等人的意向是尽量让“正人”占据要津，使朝廷建立之始有一番新气象。开初在安排朝廷重臣上，他们得以如愿以偿。然而，这种局面很快就改变了。
争夺朝廷权力的较量先从首辅开始。按明代制度。南京兵部尚书位居留都百官之首，弘光朝廷初立，史可法就成为当然的首席大学士。可是在定策问题上，史可法那首鼠两端的表现，却得不到朱由崧的信任。因此，包括勋贵在内的一些人立即就随风转舵。如：魏国公徐弘基等原先顶奉史可法不啻天人，“权寄稍移，下石随起”；现在竟然倡言可法“勤王无功”“可杀”
于是，最后承受不了压力的史可法，就以江北不能没有重臣督师的理由，自请督师淮扬。而朱由崧也批准了史可法出任督师。
诚然，史可法为官是比较清廉正直，但如果认为他留在朝廷秉政，就可以保障江左，进而恢复中原，那就未免对史可法的政治眼光和魄力估计太高了，也不了解南明酝酿立国之时，史可法受东林党骨干分子的牵制业已铸下大错。
史可法本人不可能得到新天子的信任倒还在其次，真正的关键在于按伦序应继承帝位的朱由崧，他眼看将被东林诸公排斥，为了登上大宝不得不求助于武将，这样才造成了本来无功可录的武将一个个以定策元勋自居。
而一度掌握着拥立大权的史可法，他却未能抓住这个稍纵即逝决定社稷安危大计的机会，定策之功落入军阀之手，弘光既立，无论他在朝辅政，还是在外督师，都改变不了武将胁制朝廷、无意进取的局面。
史可法自食苦果，被迫让出首辅之位过江督师，只是证明他决策错误，事机已失，无可挽回。一批倾向东林党的士大夫大喊大嚷“秦桧在内，李纲在外”，国