当山东军初抵城下时，总兵刘肇基建议乘敌主力未到，立脚未稳，出城一战。
史可法却说：“锐气不可轻试，且养全锋以待其毙。”
而在城守方面，史可法又安排道：“旧城西门地形卑下，城外高阜俯瞰城下，势若建瓴，且为兴化李宦祖塋，树木阴蔽，由外达内，绝无阻隔，枝干回互，势少得出。诸将屡以为言。公以李氏荫木，不忍伐也。且言，诸将以此地为险，吾自守之”。
闰六月初二日夜，扬州城内官绅，集合了城中民壮几百，发动了叛乱，并打开城门邀山东军入城。激战至凌晨，扬州城于初三日落入大平军手中。刘肇基战死，扬州知府任民育、何刚等阵亡，史可法等人被俘后不愿归降，被迟明下令斩首。
史可法的誓死不降，确实称得上是对南明的忠贞。可是史可法此人，在整个崇祯年间就无什么值得称道的建树；他的地位和名望迅速上升也是在弘光时期。
可是作为政治家，史可法在策立新君上犯了致命的错误，导致武将窃取“定策”之功，大权旁落；作为军事家，他以堂堂督师阁部的身分经营江北将近一年，耗费了大量的人力、物力、财力，却一筹莫展，毫无作为。
直到大平军的一支非主力部队——山东军的南下，他所节制的将领却绝大多数都倒戈投降，变成大平朝征服南明的劲旅，史可法驭将无能就可见一斑。
就是以扬州战役而言，史可法也没有组织有效的抵抗。在山东军攻城以前，史可法即已悲观失望，把军务全部交由幕僚处理，导致不到一天功夫，扬州即告失守。
史可法作为南明江淮重兵的统帅，其见识和才具实在平凡得很。但其一生，也有两点值得肯定：一是他居官廉洁勤慎。二是在最后关头宁死不屈。至于他的整个政治生涯并不值得过分肯定。完全可以这么说，史可法在军国重务上决策几乎全部错误，对于弘光朝廷的土崩瓦解负有不可推卸的责任。
当然，史可法的死。也有着吴世恭不知其在原先历史上“英名”的原因。现在归顺大平朝的前明高官人数众多，地位比史可法高者也有十数人。吴世恭也只是把史可法看作成其中的一员，所以并不可能来个特殊对待。
说实话，吴世恭对于天下文人领袖——刘宗周还是要重视些呢。要不然，吴世恭起码会向迟明交待一声，让其不得随意处置史可法的。
而此时的迟明，能放心掌握的新军才只有一个镇，其中也只有一千多原汝宁军的军官和士官。就是加上较为信任的原明鲁军，总兵马也只不过是三万人。可是现在的他，面对着蜂拥而至归降的南明军。迟明就有种掌控不住部队的焦虑感。
再加上那些降将的歪嘴，说：史可法是南明首辅督臣，地位最为崇高。如果留有他一命，可能造成降军的军心不稳云云。于是迟明也就“从善如流”了。
山东军攻克扬州前后，江北南明军几乎是毫无斗志。一矢未发即仓皇投降。高杰部在其子兴平侯世子高元照、提督李本深、总兵李成栋等带领下先后降平；广昌伯刘良佐也率部投降。
从六月至九月初这短短的四个月不到的时间内（这年是闰六月），整个淮扬地区来降的南明总兵多达二十三员、副将四十七员，马步兵共计达到惊人的二十三万八千三百名。
尤其值得一提的是，像总兵李成栋、李本深、金声桓、李国英、田雄、马得功、徐勇等人等人的部队，装备精良、战技出色。完全可以这么说，他们只要在两、三支部队的联合之下，完全可以与迟明的山东军斗个势均力敌。可就是这样的部队。也都是军心涣散，不发一矢全军归降的大平朝。真是兵败如山倒。
弘光朝的各大藩镇这样望风而降，并不是兵将不堪一战，而是他们凭借“定策”等原因形成尾大不掉的势力集团，有挟制朝廷之心，无忠贞报国之志。既然他们所关心的只是保住自己的荣华富贵。一旦强敌压境，自然是以归顺“叙功”为上策了。
一句话可言：弘光朝廷是依赖笼络藩镇而立，也正是藩镇叛降而亡。
六月十七日，周巡、薛强率军十三万顺江而下，首遇左良玉之子左梦庚部。而左梦庚部下有总兵十员、兵卒七万余。他们既不敢迎击西来的周巡、薛强部，又不敢东下与迟明部交锋，甚至不愿南下江西暂时避开大平军主力，竟于六月二十九日在九江至东流的长江中率领部下兵马向大平军投降。
同左梦庚一道归降的有湖广巡按御史黄澍。而南明江督袁继咸在左梦庚武力裹胁下变成大平军俘虏。袁继咸被胁迫往见周巡以后，对劝降是断然拒绝，后被押解至北京软禁，后在穹源五年大赦中，放其归乡荣养。
因为原先左良玉与吴世恭有着私怨，所以这次归降谈判就谈得时间比较长。直到侯恂居中游说担保之后，左梦庚部才放心归降。又因为左部军纪实在是太过败坏，整编降军也花费了十数天的时间。因此，等到周巡、张彪部再次行动时，时间已到了闰六月的二十日。
顺便说一下左部这支臭名昭著的部队的下场。在以后，这支部队几乎全被遣散，所有的部将也都在赐厚金后归返家乡。只有左梦庚被封为伯爵，不过左梦庚和左部部将，大多数都得到了善终。真让人感叹——窃国者侯啊！
而整编完的大平军部队，就想要向东北方向迂回，切断在凤阳、庐州