南北直隶本身没有官署、没有机构、没有行政长官，顺天府、应天府虽然是京府，但也还是府级，府尹是不能管其他府州的，没官署、没机构、没长官自然就不能称之为政区了。
实际上，直隶用于后世的话说，就是直接管辖的区域，北直隶的意思就是北边（中央）直辖的区域。
其实这一制度还源自元朝，元朝中书省直辖区域就用中书省表示，元朝的中书省相当于后世的国务院，元朝对这一区域则用腹里一词表示，本朝改用直隶表示。
北直隶有府十四，直隶州四，属州十七，县九十七，大致与今天的江苏省、上海市、安徽省辖区一致。
十四个府分别是：应天、凤阳、淮安、扬州、苏州、松江、常州、镇江、庐州安庆、太平、池州、宁国、徽州。
四个直隶州分别是：徐州、滁州、和州、广德。
在大明二百七十年间，南京的地位非常特殊。说特殊，因为南京是本朝的定鼎之地，朱元璋坐镇南京四十年（含称帝前），统一天下，但因为北元威胁太大，成祖朱棣把国都迁到北京。
因为朱棣的根基在北平，在南京，他不怎么得人心。所以永乐元年，朱棣下诏升北平为北京，为迁都做准备。此时的北京还不是正式国都，只称行在，毕竟北京还要大规模修建皇宫。
至永乐十九年初，一切准备就绪后，朱棣这才正式定北京为国都（京师），原国都南京降为留都。
留都的级别要比陪都高，打个不那么形象的比喻，陪都是妾，留都是前妻。朱棣不喜欢住南京，但南京是他父亲朱元璋打天下的地方，孝陵还在。这一点，决定了南京不再是国都，地位也不会低。原国都南京的所有机构，原封不动的保留下来。比如北京有六部，南京也有六部，尚书、侍郎一个不少
然而南京六部尚书是没什么权力的，要么是从北京六部退下来养老的，要么是权斗失败下放的。当时有个说法，说南京六部衙门，户部收不到钱，兵部调不动兵，礼部管不了考生。很多官员上班，不是昏昏欲睡，就是泡茶吹牛，无所事事。不过南京应天府的地位和北京顺天府是平级的，合称为二京府。
朱棣死后，仁宗朱高炽不太喜欢北京，而且从南京到北京的粮食供应成本太高。
朱高炽决定把国都迁回南京，下诏北京各衙门全部复称行在，南京再次成为国都。朱高炽在位十个月就稀里糊涂驾崩了，宣宗朱瞻基即位后，因要对付北元，所以留在北京，只是在名义上，宣宗时的北京其实只是行在，正式国都还在南京。
到英宗正统六年十一月，朝廷才正式废除南京有名无实的国都地位，复升北京为京师。
此后，南京的留都再没变过，南京的地位是降低了，但要说经济地位，南京要高过北京，首先，北京的粮食供应要通过南直隶运粮北上，江南是明朝的钱袋子、米袋子，没有江南钱粮，京师就要断炊。
南京作为留都以及祖宗灵寝所在，是江南的中心，大明通过在南京的军政存在，控制着江南钱粮，在迁都后，还在南京留下十万兵马。
只是到了万历年间，由于各种原因，南京的兵力只剩下四万了，士兵少了，但百姓多了，万历末年的南京人口，已突破百万，号称神宗万历年间，天下大治，留都城内户口百万家。
武宗正德时，有人评价南京的地位，说太宗皇帝（朱棣之前的庙号）迁都北京，但北京所倚仗的钱粮器物，无不取自于南京（为中心的江南）。
南京，可以说是西部、南部物资进入北京的中转站，南京占长江地利，比如四川、湖广、江西的物资会先顺江东下到南京，然后再走运河进北京。
南京在经济上也有一段失落时期，就是朱棣初迁北京时，带走了南京城大量民户工匠。
但南京特殊的地位，决定了它很快就能恢复南方中心城市的地位，朱棣带走的是官方手工业者，而民间手工业者则填补了留下的空白，包括纺织业、印刷业、铜铁木器，瓦肆勾栏等娱乐场所更不用说了，尤其是在嘉靖、万历时期，随着江南经济的飞跃式的发展，南京成了全国重要的娱乐中心。