当白星毁灭后。红星和黄星上的传送门瞬间的就关闭了，并且还造成了一场可怕的爆炸。爆炸将两个星球上监控传送门的舰队送到了海底，就在三个星球上的人正在惊奇的时候，更大的灾难来了！
神竟然降临到了这个世界！这些神的外表看上去就是传说中的天使，可是这些天使和精灵传说中的一样，都是极为残暴的，开始对着三个星球实行的大清洗，这些战天使最低级的也是八级，而且数量将整个星球都好铺满了。而且在星球轨道上有着可怕数量的舰队！
就在人类闭目等死，苏凡准备跑路的时候，另外一支奇怪的舰队到达了，这支舰队开始和天使火并了起来，战场是在外太空，正在对星球清洗的天使们返回了太空，开始加入到了战争中。
此时的苏凡手中的机娘已经更新换代。变成了太空时代的机娘了，可是因为数量太少，最多只能逃命，现在有了一丝喘息的时间，苏凡和百合花园众商量了一下，将附属机娘给撒了出去。只要有人能够拿来足够的材料，就能够换取一个机娘！当然是附属机娘，借助夜女皇的影响力，大量的人类和机娘签订了契约，成为了魔法少年...咳咳...反正就是那么一回事。
机娘的生产速度就是因为材料的开采速度而限制。对于几乎是全民采矿的速度，附属机娘的生产速度当然快了。有钱的买战舰，没钱的买飞机，当十年后，太空中的战争结束后，伤痕累累的天使们准备继续自己的大清洗的时候，从地面上飞出了无数的战机战舰，轻松的将已经残破不堪的天使们打成了废物，并且俘获多人。
因为机娘的缘故，虽然三个星球上的政权依旧，但是百合花园成为了三个星球的幕后皇帝，不过百合花园也不怎么管事罢了。
通过对天使的审问，以及从飞船残骸中的搜寻，知道了这四个星球的秘密！这四个星球竟然是一个实验室！就是那些天使设立的实验室，用来研究人类这个种族，因为人类是现在宇宙中最为强大的种族！这也是为什么地球灭亡之后，没有人去占领，因为那个造成地球灭亡的星球被宇宙中的人类发现了，这个星球被炸碎了。
为了研究人类的弱点加以利用，天使们费劲了心计，从人类之中抓来了很多人，塞进了实验室里面，又利用生物技术创造了很多乱七八糟的种族扔到了这四个星球－－这就是为什么兽人和暗影族等种族的种族年龄只有几千年！
那些神之碎片其实就是这些被抓来的人类的，这些人类的大脑里面本来就有一个生物电脑，后来这些人老死之后，这些生物电脑就破碎了，散落到了世界各地，只有脑波接近的人才能打开，这就是为什么神之碎片是专有的。
至于那个创世神其实是存在的，只不过阿姆斯特朗加速回旋喷气式阿姆斯特朗炮的来历倒是呵呵，这个创世神是一个间谍，打入了天使内部的间谍，他的任务就是吸引天使的主意，将天使在实验室周围巡航的舰队吸引过来后，人类的舰队趁机突袭这里，将天使的舰队一网打尽，红月上的飞船和学校天空城的核心都是当年创世神留下来的。
结果创世神在最后一刻被发现了，他将自己用土法制造的碎星武器扔到了实验室中，并且利用脑波影响了一批人，成立了塞伯鲁斯，寻找这件武器，毁掉星球，而天使们发现了这个事情之后，就建立了圣彼得来对抗，之所以他们不亲自出来，就是怕影响了这个世界的流程－－这也是为什么圣彼得为了保护星球，不惜和恶魔联手。
最后塞伯鲁斯获得了胜利，而气急败坏的天使们就来清洗了，同时人类的舰队也到来了，可是因为这个计划已经泄露，人类虽然是宇宙中的霸主，但是面对数量绝对优势的天使，人类大战了十年，最后不得不退走了。
就在苏凡准备想办法联系宇宙中的人类的时候，毛病再次的出现了，这会出毛病的是兑换系统！兑换系统开始利用渗透的方式，将所有的机娘连同苏凡一起控制住了，并且人类手中所有的机娘都被集中在了一起，形成了一支可怕的舰队，向着宇宙深处飞去。
飞船的目标就是宇宙人类的母星，这个兑换系统竟然也是一个阴谋，召唤机娘这个能力是苏凡通过天地法则得到的，机娘本身就是一种极为逆天的存在，一个特殊的种族发现了这个能力后准备加以利用，用来毁灭人类，所以就给苏凡安装了一个兑换系统。
作为主角，当然不能就这么便当了，关于兑换系统的不对劲，苏凡早在公众章节就注意到了，就在那个神秘种族倾尽全国之力的庞大的舰队到达了人类疆域的时候，机娘们忽然的集体的自爆了！这个种族对机娘的研究不足，因为机娘最关键的不是身体，而是苏凡！可是苏凡的新身体可是人类的飞船，他们根本无法控制！
本来这个神秘种族想要借助机娘一种就连苏凡和她们本身都不知道的能力来对付人类，至于这是什么本事作者也懒得编了，反正已经烂尾了...咳咳...这个疏忽使得这个神秘种族付出了代价，那就是被占据着绝对优势的人类舰队轰的渣都不剩，最终这个文明消失在了历史中。
战争过后，人类的舰队到达了那三个星球，并且对三个星球上的同族进行了救援，至于那些强制进化来的种族其实也算是人类，这些强制进化来的种族