无边无际的黑暗宇宙中，世界尚处于一片混沌，只有一颗巨蛋在混沌中不断漂流（自己搁那刷步数(^_?)☆）。
不知过了多久，这颗蛋中孵化出了一只麒麟（羊驼）状的生灵，宇宙规则赋予它独一无二的真名，它叫阿尔宙斯，全知全能，拥有改天换地的神奇能力。
虽然它出生了，可宇宙依旧是处于一片混沌中，当独处久了，它静极思动，开始动用自己的力量改变宇宙，创造世界。
新的世界由此诞生，阿尔宙斯也被后来的生命尊称为“创世神”。
创世之时产生的碎片混合天地间不同的能量，形成了17块石板（无一般系），借由这17块石板中的力量，世界开始诞生生命。
随后，阿尔宙斯为了稳定新生的世界，它又创造了三个神奇生命。
它们分别是负责掌管时间的帝牙卢卡，负责稳定空间秩序的帕路奇犽，以及最后掌管反物质的骑拉帝纳。
令阿尔宙斯没想到的是，掌管反物质的骑拉帝纳可能是受到了反物质的影响，它性格暴怒，在出生之后肆无忌惮对宇宙进行破坏。
为了维护世界稳定，阿尔宙斯出手将骑拉帝纳关在了被毁灭的世界中。
在此之后，阿尔宙斯再次创造生命，它们分别知识之神——由克希、情感之神——艾姆利多和意志之神——亚克诺姆。
三只传说生命投身进新生的世界中，给世界上所有的生命带来知识、情感与意志。
至此，创世结束。
世界开始自如运转，阿尔宙斯因消耗过大陷入沉睡中。
……
很久很久之后，新世界的地底岩浆中、深海的无底海沟里、高空的臭氧气层中都诞生了最古老的生命。
此时，它们尚处于新生阶段，都在沉眠中积累力量。
在新世界的陆地上，一种神奇生命大量出现，它们体内拥有后世所有种类宝可梦的基因，也可以说它们是一切生命的起源。
新世界还没有光这一概念，直到某一天，奈克洛兹玛从究极之洞中钻出，点亮恒星，给世界带来光亮。
渐渐地，被誉为万物起源的宝可梦大量消失，其他种类的宝可梦开始逐渐增多，人类这种奇怪的宝可梦开始进入演变中，化石盔、盖诺赛克特、太古盔甲等虫类宝可梦活跃在世界中。
又不知过了多久，有一个巨人拉动大陆版块，将世界上的整块大陆分成不同的区域，各个大洲开始在此时陆续出现。
随着时间推移，触手百合灭绝，恐龙时代来临，头盖龙、遁甲龙、圆盖海龟、始祖小鸟活跃在世界中，怪颚龙称霸整个世界。
在新世界漫长的演变过程中，无数种宝可梦不断生灭，成为历史，只有传说中的宝可梦得以永恒，冷眼旁观世界上的沧海桑田。
人类也在时间的推移中渐渐形成了完整的文明。
上古时代，盖欧卡、固拉多从沉睡中醒来，二者因理念之争大打出手，盖欧卡带着海水肆虐陆地，固拉多裹挟岩浆进入海域，填海造陆。
暴雨倾盆，岩浆涌入海水产生的有害气体直冲天际，惊醒了天空中沉睡的裂空座，为了维护大气层的稳定，裂空座出手将两只超古代宝可梦制服。
因在战斗中能量消耗过大，两只超古代宝可梦退出了原始回归状态，盖欧卡再次回到无底海沟积蓄力量，固拉多钻回地底岩浆中陷入沉睡。
它们伺机等待着下次扩张领地的机会!
虽然盖欧卡已经离开，但陆地上肆虐的洪水却没有被它带走，人类和宝可梦们齐心协力治理洪水。
东方地区，带领治水的功臣被推举成了王者，人类文明中开始出现国家这一概念。
当国度中暴君当政，有彩虹使者持虹色之羽推翻了暴君统治，建立新的王国。
这一事件，史称“玄鸟生商”！
屠龙的少年终成恶龙，延续了几百年的王国中再次诞生暴君。
国王帝辛被千年九尾所迷惑，为给九尾收集古代能量，弄得人间生灵涂炭。
炮烙之刑下，三只伊布惨死，凤王终于发怒，对人类彻底失望，将三只伊布复活后飞离了人类国度。
岐山，一根虹色之羽落下，少年曾听闻凤鸣。
新的彩虹使者再次出现，为推翻暴君的统治而努力，史称“凤鸣岐山”！
新的王朝建立，彩虹使者持虹色之羽跑入大商宗祠，恭迎凤王降临。
但他等来的却只有三圣兽，三圣兽告知新任彩虹使者，凤王已经不再信任人类，不会再接受人类的供奉。
由此为始，仙凡之隔，传说之名渐渐从人类历史中淡化。
……
西方，巨人创造的种族肆虐大地，一位名叫宙斯的青年，带着他的搭档捷拉奥拉打败所有巨人并将巨人们封印，还大地一片安宁。
宛如神迹的战斗场面震撼了愚昧的人们，青年被推举成神，带着同样有功的十一位参战者住在奥林匹斯山上，他们被人尊称为“奥林匹斯十二神”！
……
东方，有一位强大的地面系训练师统一分裂局势，建立人类历史上第一个大一统帝国。
他建造长城，将强大的野生宝可梦阻击在长城之外，为人类博得生存空间。
他又凭借自己对地面系能量超强的理解，创造出了新的宝可梦。
这两种新生的宝可梦被命名为天秤偶和泥偶小人，主要负责守护长城，保护人类。
……
西方，亚瑟王坚韧的意志感动了亚克