辛依和冲野洋子回到家的时候，已经是晚上了。辛依开始写完东方红魔乡、东方妖妖梦之后，开始写东方永夜抄的剧情梗概，这些梗概都是会写到游戏里的。
正当夏季要过去的时候，幻想乡又再一次发生异变。本来在这一晚里会出现满月，但是月亮似乎因为某些事故以无法完整出现。这情况对人类来说没有什么特别，但对妖怪来说则是生死攸关的问题。
在幻想乡的境界栖息的妖怪八云紫察觉到这次异变的发生，因为自己一个人不方便行动，所以就邀请了博丽神社的巫女博丽灵梦一同出发解决异变。
在魔法森林居住特罗伊德看见没有人要去解决异变之下，找来了同样住在魔法森林的人类雾雨魔理沙作为同伴出发。
红魔馆的主人——吸血鬼蕾米莉亚·斯卡蕾特，把家事交托给十六夜咲夜后就自行出发了。但最后咲夜还是跟上了蕾米莉亚一起行动。
白玉楼的主人－亡灵西行寺幽幽子则随便地与庭师－魂魄妖梦出外东西四走。
以一人一妖组成的四个组别，为了让满月能再次出现，于是在幻想乡中四处巡回。
这是蓬莱山辉夜和八意永琳来到了幻想乡之后，为了阻断月亮而做的。为了不让月都的人发现辉夜姬逃到了幻想乡，八意永琳把幻想乡的月亮给弄没了。
但是八意永琳却是不知道，幻想乡本来就是一个封闭的空间，夜里看到的所谓的月亮，并非真的天上的月都，而是模拟出来的假的。
辛依作为蓬莱山辉夜，将会以boss的身份出场，同时为了加大蓬莱山辉夜的戏份，辛依自然也是新增添了一些原本的二创剧情。