杨秀清将开科的全部事宜都委予卢贤拔，卢贤拔亦不负重托，一个礼拜就把场地、人事都安排布置妥当，又来向杨秀清请示考题。
杨秀清道：“提前泄了题，不是叫那些有门路的钻了空子。先写布告张贴出去，等把名字都报上来了，再议试题。”
卢贤拔应诺，忙回衙叫书手们书写布告，在城中街巷张贴。最终，文试有五百余人应名，武试有六百余人投考，较之癸好三年那次，都有了翻倍增加。
杨秀清早思想好了考题：文科从初试到终试，分别是核统账目，制作表册，推解疑案。武科则是通写三十六计，默书《行军纪要》，绘画时下战局图。
卢贤拔听了，嘴里咝着气道：“这比癸好三年那次改动的也忒大了些。”
赵杉也忍不住揶揄道：“又是做账又是解案，倒像是在招账房先生跟捕头捕快呢。”
杨秀清却自有一番说辞：“我要招取的是有实际之长的能官干吏，不是只会做诗词文章的老夫子。通世情会管账懂解案，就不用再雇请各种名目的师爷，也能省下几份薪俸。武科也是一样的道理。”
卢贤拔听了，拜服道：“殿下计虑深远。”
赵杉想到眼下的非常时局，也觉得当事事讲些实用，便不再多言。
杨秀清原意是只开武科，文科是受了赵杉的言语相激才加开的，所以开考的顺序自然是先武后文。
武科考场设在城北的原鼓楼遗址上。号房都是临时用砖石粗砌竹席盖顶的小隔间。
应试士子三天考期内，吃喝拉撒都在号房里解决。夏日炎炎，着实是艰苦难熬的身心考验。加上，考题又偏得太远，许多一心要在擂台上大展骑射拳脚功夫的孔武力士兴高而来丧气而归。
初试完了，就有一百五六十人被淘汰出局，在复试折戟的更多，勉强通过的仅有三十余人。授命担任临场主考的卢贤拔向杨秀清进言，婉言提醒说报名的大都是不识得许多字的赳赳武夫，单靠他们背记默书，太苛刻了些，建议加一场比试拳脚功夫的加试。杨秀清应了。
加试比过，又拔选出三十人，与先前复试晋级的三十余人一同参加末场的终试。
终试考绘画战局图，没人发空白考纸三张，以供草稿涂改。
考卷收上去，由专职的阅卷官先阅看评分取前五十名，再将这五十人的考卷呈予杨秀清做最终裁定，以定三甲。
阅卷官是照刷书衙所描绘的地图做裁判依据。到了杨秀清这里，他却自有一套评判规则。最终定的三甲不是山川河流省郡州县绘画最完整的，也非敌我攻守态势描述、要塞营垒标注最精确的。
赵杉在旁看着，心生诧异，向其问询因由。
杨秀清道：“这三人画的与刷书衙绘的有差异，却更贴近实际。”将手在三张考卷上一一指了，详细讲说给她。
赵杉听得一头雾水，默默地凝神思想了好半晌，叹道：“这三张卷子上画的确实比刷书衙所出的更精确些。”却不免更加惊讶，问他：“这些差错处，你是如何得知？”
杨秀清道：“这些地方我都去过，都是亲眼见的，自然晓得。”
赵杉笑着调侃：“去过就能把图记绘出来，你这脑子真是堪比gps…”见杨秀清狐疑的看着她，又赶忙敛容改口，“我是说，你不照原定依据裁判，怕不好服众。”
杨秀清大咧咧道：“此科是我开，当然由我做主取定名次，哪个不服？”招手唤立在门口的林升进殿，把那一摞考卷递给他，道：“拿去给卢贤拔，告诉他照我排定的顺序统记名次，招贴布告。”
林升时下的职衔东殿右二承宣，在回京的次日，杨秀便为其加官sān_jí，半是因为往赴归德时的得力护从，半是因为看中了他的勤谨。
文科在武科结束后两日后开试，地点与癸好三年的相同，还是设在原江宁府贡院。与武科的折戟沉沙不同，经过初试、复试，有二百人进入了终试。
杨秀清给出了推解疑案的题目，具体是哪些案子却未讲明。卢贤拔倒也会省事，从各郡县所呈报上来的已经查实的案卷中选了三件疑难曲折的，叫书手们将案件详情抄录为题。按照杨秀清叮嘱，又在卷子上特别注明两点：一详述推解过程，二为犯罪之人依律拟刑。
太平天国定都天京后，崇尚除旧布新，对所控制的郡县乡镇方方面面的管理都与清廷迥异，唯独处理案件纠纷惩戒罪犯，仍基本沿用《大清律》的相关条款。这所谓的推解疑案因而变相的成为了比试对《大清律》的熟记程度。
终试结束，照例先由卢贤拔等人阅看，取前五十名呈予杨秀清。杨秀清见都是大段大段的文字论述，也有心思细加看阅，只照卢贤拔他们预裁的名次，圈定了三甲。
癸好三年，初次开科时，洪秀全曾下诏说“进士是妖称，改称秀士。”
杨秀清却对“秀士”之称深觉厌恶，将文科三甲圈定后，即下诰谕，恢复进士称谓。
放榜这日中午，市民百姓倾家而出，蜂拥到街道两旁。原来，还有跨马游街的活动。一百名新科进士都穿着簇新红绸袍，骑在高头大马上，排做两队，在城中大街阔巷游行一遭。锣鼓开道，笙箫齐鸣，噼里啪啦的鞭炮声响了一个下午，如同过年一般热闹。
次日上午，文、武三甲齐集东府拜谒谢恩。杨秀清叫在偏殿备下丰盛宴席，以做款待。
赵杉因去西府看视萧有和，