秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在咸阳宫称颂秦始皇时，博士淳于越很不知趣，向秦始皇说：殷周之所以存在千年，是因为它把天下分封给子弟和功臣。现在天下如此之大，宗室子弟没有封地，和百姓一样，万一发生了田常、六卿之变，又有谁来相救呢？凡是不以古为师而天下能长久的，没有听说过。淳于越是以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不入的，使得秦始皇大为不满，把淳于越交给丞相李斯处理。李斯不赞同淳于越的看法，他向秦始皇阐述了自己的观点。他认为：由于时代的变化，五帝三代的治国办法也不同。三代时期的做法，也并不值得效法。那时候诸侯并列，互相争夺，现在天下统一，情况完全不同，不必效法古代。现在的一些儒生总讲古代如何如何好，这是以古非今，搅乱民心。对于造谣惑众，不利于统一天下的言行必须禁止，否则将会影响政局的稳定，有损于皇帝的权威。最后，他又把这一切都归罪为读的缘故，建议秦始皇下令焚。
按照李斯制定的法令，那是相当残苛的。凡是秦记以外的史，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的诗、、百家语都要烧掉，只准留下医药、卜筮、种树之。此后，如果有敢再谈论诗者“弃市”（指在闹市区执行死刑，并将尸体暴露街头，称为弃市）；“以古非今者族，（指一人有罪，父母兄弟妻子皆受刑，称为族）”；官吏如果知道而不检举者，与之同罪；令下后三十日仍不烧者，黥意为用刀刺刻额颊等处再潦上墨为“城旦”（一种刑罚，输边筑长城四年）。有想学习法令的，要以吏为师。
这次焚的原因，是由于讨论是否分封的问题而引起的，无论是主张分封还是反对分封的大臣，都是为了秦始皇长久统治打算卜他们并无根本利益上的对立。李斯借题发挥，最后竟造成焚的结局，也不是没有缘由的。
秦国自商鞅变法以来，一直是以法家理论作为治国的指导思想。秦始皇统一天下之后，也是以法家治国的。在他当皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央**政权，划定全国疆域，统一文字度量衡，修筑长城等，对文化思想方面很少注意。淳于越以儒家思想为秦始皇出谋划策，是不利于秦的中央集权统治的。因此，善于领会秦始皇意图的李斯，为了打击儒家势力，巩固统一政权，提出了上述焚的主张，得到了秦始皇的同意和批准。于是，秦始皇下令焚，先秦许多文献古籍都被烧掉了，使中国文化遭到了巨大的损失。
结科远不鬼艘学由阳孤术接
在焚的第二年，即秦始皇三十五年（公元前212年），两个术士暗地里诽谤秦始皇，并亡命而去。秦始皇得知此事，大怒，派御史调查，审理下来，有四百六十余人因此被坑杀。这就是历史上的“坑儒”事件。虽然后世称此事为“坑儒”，但其实被坑杀的是术士，与儒生无关。司马迁在《史记·儒林列传》中已有明言：“及至秦之季世，焚诗，坑术士。”可见，根本就没儒生什么事。但自东晋年间，梅颐献《古文尚》，附有孔安国所作的《尚序》，其中有云：“及秦始皇灭先代典籍，焚坑儒，天下学士，逃难解散。我先人用藏其家于屋壁。”这时，坑术士第一次被变性为坑儒。后来，随着《古文尚》被定为官，坑儒的说法于是沿袭下来，遂成定论。对于梅颐所献的《古文尚》及孔安国所作《尚序》，前人多有辨疑，到了清代，其伪的身份已成盖棺定论。伪造者将坑术士改为坑儒，其实也只是为了引出下句“我先人用藏其家于屋壁”，从而表示《古文尚》其来有自。考其最初用意，大概也只是欲售其伪，并无心向嬴政泼脏水。后世却据此将坑儒判为铁案，想必是大大出乎其意料之外的了。
（文献古籍在秦朝廷中都有存本，至于被烧毁，那应该感谢项羽的那把火，而不要一味的怪李斯。）
二世帮凶 腰斩灭族
由于秦始皇的赏识，李斯不仅官运亨通，他的子女也都跟着沾光。李斯的长子李由做三川郡守，掌握了一定的军政大权，其他子女也都与帝室结了婚姻关系。有一次，李由回到咸阳，李斯摆设家宴，百官都来赴宴祝酒。在这种热烈的酒席上，李斯想起了他的老师荀卿告诫他的“物忌太盛”这句话，感慨地说：“我是个平民百姓，今天却做了丞相，可以说是富贵到了极点。但是，物盛则衰，我还不知道将来会有什么样的结局呢,由此可见，李斯并没有完全陶醉于高官厚禄之中，他对现实的认识还是比较清醒的。
秦朝建立以后，由于秦始皇对广大人民实行残暴的统治，各地人民群众的反抗从来没有停止过。除了武装斗争形式外，广大人民还以歌谣的形式咒骂秦始皇，如说：“阿房阿房，亡始皇”等。人民群众的不满和反抗，使地主阶级也很担心。因此，秦始皇在统一后的十余年间，先后进行了五次远途巡行。其目的就是到各地耀武扬威，加强对全国的控制。