清末新军改制后，虽然强调要向德国学习，也仿效德国模式建立了参谋制度、军事合议制度等，但由于袁世凯等人的操纵和蕴藏的野心。通常都把军队视为个人地私有财产，选拔参谋、下属的首要条件是看此人忠诚于长官个人否，至于能力则是第二位的，参谋体系只有在主将认可的范围内才能发挥作用，在这种体制下，参谋制度往往名存实亡，无法形成其应有的保障力。更何况，在视军权为个人财产和立身安命所在的体制中。如果让某人出任参谋，往往意味着对其兵权的剥夺，这是任何一个有抱负的军人所无法容忍地。
于是，出任参谋的人要么是上级派遣下来监视、防范下级的监军性人员，要么是被同僚、上级所排斥的边缘性人员，要么干脆就是上级已准备予以提拔、任用的贵胄子弟，是来走个过场，前来镀金的临时性人员。第一种参谋人员与主官之间猜疑心极重。相互间虽然表面上一团和气，但背地里的小动作却可能弄个不停；第二种参谋人员与主官之间无共同语言，几乎就是可有可无的角色，相互间除了冷嘲热讽和看热闹不会有其他；第三种参谋人员则是参而不谋，光顾着与主官进行个人关系维护了。参谋希望主官能提供一些镀金地方便，以便为将来升迁谋求资本，主官则希望借助参谋手眼通天的本事为自己在上司前美言几句，相互间只有彼此利用、彼此吹捧的关系而无忠心公事的做派。而且。在新军中，参谋官一般要比主官低两个级别的军衔，无论个人地位还是职位都与主官相差甚多，在遇有分歧地时候很难据理力争。
在辛亥战事趋于平定特别是秦时竹出任北疆巡阅使后，北疆系国防军的参谋制度就开始完整地建立和完善起来。熟谙后世军事体系的秦时竹虽然不可能在部队中设立政委角色，但提高、突出助手军官的作用却下了很大地功夫。国防军核心领导班子认为，要杜绝军阀现象、铲除军权为私人所有的弊端，必须贯彻四个务必：第一个是务必使部队后勤独立。使部队成为单纯的作战队伍而毋须为供应补给操心，更不给主官插手民政、干预地方事务的权限；第二个务必是指部队主要军官保持一致性、独立性和流动性，所谓一致性是指所有军官要无条件服从上级命令，在紧急状态下无条件服从部队长官或高军衔长官的命令，所谓独立性是指主官不能拥有任免本级助手的权力，比如师长不能任免副师长、参谋长等同级助手军官的权力，以此来保证领导团体之间在一致性基础上的相对独立和互相制约，所谓流动性则是强调军官在军队系统内地自由和有序流动。以此来打断一切小团体构建或私兵团体构建过程。只要保证士兵流动与军官流动不相互伴随就形不成兵为将有的军阀割据。
第三个务必是指务必使部队编成保持高度的可控性。国防军最为突出的一条纪律就是部队不能自行补充军械和人员，任何部队如果军械出现损坏和缺失。必须通过总装备部系统进行调补，哪怕在战场上就地缴获物资也不得擅自补充（当然，事急从权，可能有多少急事呢？），除了军械，人员更不能擅自补充，必须如实将人员缺口报与总参谋部，由后者从后备师中抽调已接受过基础训练的新兵进行补充，同时必须按照地域进行搭配，防止一个师出现全是湖南兵或者山西兵的状况，而且一般也不允许补充驻地籍士兵（如某师规定驻地为浙江，如果老兵退役后要补充新兵，一般不允许补充浙江籍士兵），对军械和人员的严格控制是对付军阀化的有效法宝。
第四个务必则是务必使军官体系职能划分保持合理性与科学性，科学与社会愈进步则军队所面临地课题也日益繁多，部队内部设立地机构也日益繁多，如果将各种职权都压在主官身上，一方面冲淡了他指挥打仗、训练筹划的中心主题，另一方面也造成了个人地高度集权，为了减轻主官的负担也为了削弱其附属权力，很有必要加以分权和限制。随着国防军四总部的建立，整个从上到下的管理体系开始完备起来，总参谋部负责军令，总政治部负责军法、军学与军政（人事），总后勤部负责部队军需和军衡（薪酬），总装备部负责军械，这四条线从上往下就形成了四个分子系统，在部队中必然也要有所反映，每个功能模块的领导不仅要对本级主官负责，也要对其上级对口模块领导负责，在这种术业有专攻的氛围中，部队主官更多地是作为协调者和统筹者发挥其价值，而不是眉毛胡子一把抓，冲淡了作战、训练指挥这个中心。比如国防军将士兵的文化基础补课和扫盲列为一项极为重要的工作，但如果部队主官将主要精力用来抓此事，不管成绩如何，起码不是一个合格的主官，他最应该做的，就是在本部参谋长和政治部主任之间进行协调，有效安排好训练和文化补习的时间和结构安排，至于如何开展，采用何种步骤和方式进行的主要执行者是政治部主任及其下属。
当然，各个助手机关虽然在职权划分上是相对独立的，在领导军衔上也基本一致的，但这并不意味着没有区别。以四总部为例，出于可以理解的原因，总参谋部和总政治部总是相对总后勤部和总装备部要重要一些，军衔条例也规定，总参谋长和政治部主任由上将担任，总后勤部部长和总装