一方面北洋军军从龟山动用重炮轰击武昌，继续对黎元洪施加压力。另一方面，袁世凯又通过各国列强加紧停战议和。英国公使朱尔典成了拥袁急先锋，他联络各国使团，出面斡旋停战，为袁世凯绞杀革命创造条件。29日，汉口英国领事向南北双方提出停战、清帝退位、举袁世凯为大总统三个议和条件。
就在英国提出议和条件的次日，日本当局突然发表东三省时局宣言：“……在中国内部事务上，日本严守中立，承认东北革命政府为交战团体，日本在东三省，以‘维持治安，保护侨民’为宗旨，凡于日本政府管内，稍有扰害治安之举动，无论何人籍属何国，日本政府断然严禁。如果有敢出是等举动者，立即按照日本法律一律予以重究，丝毫不贷。”
一石激起千层浪，针对东北人民政府派员接收、截留东北辖区境内海关税收之举动，各大列强纷起抗议，其中又以日本的反应最令观察家们好奇，据日本媒体报道，“……日本对东北方面的举动，深表遗憾和关注，已派专人表示抗议，希望能找到妥善的解决方案……”，但这事就此作罢，再也没有了下文，让这些观察家大跌眼镜。
接着，各大报纸又云，“东北人民政府大都督秦时竹在记者招待会上宣布：……鉴于德国、日本、俄国已承认我方为交战团体，同时表示恪守中立，我方决定承认上述国家的既往债权，对海关税收中用于偿还前述各国债务部分不予变更，其余关税收入，一律纳入政府财政，用于革命事业……”
中国国内各大报纸纷纷报导东北方面的“关税自主行为”，对革命政府的勇气表示钦佩云云。
多年来，有关“君子协定”和“关税风波”一直是辛亥革命的重要研究课题，有大量的观点和说法混杂其间，但由于一直找不到相关的政府档案记载，成了一桩无头公案。有人撰文指出，“……由于没有可靠的证据证实，基本可以认定为不存在什么协议，革命胜利后的种种只是后来达成的补充条款……”，也有人采访了当时东北人民政府的成员，请他们回忆相关事实，得到的回答也是漏洞百出、自相矛盾，“有人说，当时两方根本没有什么协议；有的说，两方本来确实准备达成协议，但由于条件没谈拢，协议一直没有签署；还有的用很肯定的语气说，协议肯定是达成了，但在具体的内容却又存在出入……”凡此种种，不一而足。特别是日方当事人三村领事在数年后因轮船失事而死，中方当事人秦时竹自己从来没有提起过一丁半点，使得这个谜团更加扑朔迷离。
时隔六十年之后，原任都督府秘书，负责担任与日本交涉翻译工作的程子玉出版了一本著名的口述作品――《你所不知道的历史――重大决策的台前幕后》，书中披露了有关情况，还历史以本来面目。已是垂垂老朽的程子玉回忆道“……辛亥革命时，与日本的交涉很重要，为保证革命顺利进行，秦主席（当时担任东北人民政府大都督）统一了政府的思想，指出要以必要的妥协来换取日本的中立，这就是协议一说的由来；……双方谈判后，我担任了好几次翻译，总的说来一直谈不拢，这事是秦主席亲自抓的，他很着急，但面上根本看不出来，还是很努力地谈，所以也没谈崩……最后几次，也就是双方快要形成合议时，翻译工作是由当时在政府里任内务部长的葛副总理亲自担任，我们当秘书的不知其详，也不知道事情究竟进展到了何种程度……直到我最后一次看到日本领事出来时脸上是笑眯眯的，当时我猜测可能达成了某种协议；……协议的文本和具体内容一直没有公布，政府档案里也没有相关记载，但革命胜利后采取的种种举措又很能验证确实有这么一个协议的存在；……我相信，即使中国没有，日本方面肯定也留下了相应的记载……”
根据他的回忆，有关历史学家反复寻找日本政府的档案，终于在一处不起眼的地方发现了有关这一事实的间接记载。但遗憾的是，二战中对日本本土的轰炸和日本投降前销毁档案的行为，使很多档案不是毁于战火就是不知去向，协议的详细内容也就不得而知。