楚条约》作为引证，然而奕山手中并无可以对抗俄国军事威胁的武装力量，他不可能从内地得到任何支援，因为京师正被英法联军所威胁，其他地区则陷于起义军和帝国军的混战中，他自身的力量又薄弱得可怜，他的部下只装备着一百多年前中俄雅克萨战役时的铁炮和火绳枪，在俄国人先进枪炮的威胁下，他退缩了，提起笔在条约上签了字。事实上，从法律的眼光看来，俄国人只是想把已经夺取到手的土地通过条约合法化而已，并非是因为签定了条约所以才一口气吞下那么多土地的。然而，清政府一开始并没有批准这个条约，并对奕山等人予以处分，毕竟，割地这种严重且敏感的事情，不是万不得已，轻易做不了决断。不过，清帝国也无法改变既成的事实，俄国人继续向黑龙江左岸移民，还将瑷珲北岸的海兰泡改名为布拉戈维申斯维克（意为“报喜城”），建设成为黑龙江中游上关键性的军事要塞和工商业中心。沙皇亚历山大二世并不在意当时《瑷珲条约》的非法性，他性急地特颁嘉奖，晋封穆拉维约夫为阿穆尔斯基伯爵（俄称黑龙江为阿穆尔河）。1860年，英法联军在俄国公使的引领下攻到了北京近郊，俄国人转而又为中国和英法方面做调停，英法在达到目的后，撤出了远征军。俄国公使伊格纳季耶夫自称“调停有功”，还以帮助镇压太平军为诱饵，向清政府提出一份新的中俄条约草案和俄国单方面绘制的东部边界地图，逼迫清政府“一字不能更易”地接受，否则“兵端不难屡兴”。此时清政府已经别无选择，南方的太平天国叛军连获大捷，击破清军的关键性据点江南大营，席卷江南，进逼上海，其他地方的叛军也风起云涌，连年的兵祸已经使这个曾经强盛的帝国无力再抵挡强大沙俄从东北方向的攻击——那里原本就不是大清的战略重心。于是，中俄《北京条约》1860年11月14日正式签订了，条约不仅使原本非法的瑷珲条约合法化，更规定将乌苏里江以东地区四十余万平方公里的土地割让给俄国，或者说，将这一地区被俄国占据的现实合法化。四年后，俄国熊以军事威胁加外交恐吓的手段，*，通过《中俄勘分西北界约记》，割占了巴尔喀什湖以东以南，包括斋桑湖－特穆尔图淖尔在内的计约四十四万多平方公里的中国领土。英法联军费了一番力气攻到京师城下，不过是洗劫焚毁了圆明园，共同分掉了八百多万两银子的赔款，英国得到了小小的九龙司，法国得到了传教士租买田地的特权，而几乎没付出什么代价的俄国人却只借助了一下形势之利，便侵夺去清帝国一百四十四万多平方公里的土地，不禁让人怀疑起上帝与熊之间的关系来。
自然，内忧外患，国势衰微，是清帝国丧失广大国土的主要原因，然而，清朝治理东北边疆的方式，也值得商酌，毕竟，被俄国侵吞去的国土有一百万平方公里在东北。
说到清朝对东北的治理，最凸显的事物应该算是“柳条边”的设置。清朝视满族兴起的东北为“龙兴之地”的禁区，在封禁地区修浚边壕，沿壕植柳，谓之柳条边。又名盛京边墙、柳城、条子边。顺治康熙年间(1644～1722)先后修建柳条边于辽河流域和今吉林部分地区。禁止民人越过边墙打猎、放牧和采人参。辽河流域的柳条边，南起今辽宁凤城南，东北经新宾东折而西北至开原北的威远堡，又折而西南至山海关北接长城，周长一千九百余里，名为“老边”，也称“盛京边墙”。又自威远堡东北走向至今吉林市北法特，长六百九十里,名为“新边”。老边自威远堡至山海关的西段，归盛京将军管辖；自威远堡至凤城南的东段，归盛京兵部管辖并受盛京将军兼统。新边则归宁古塔将军（后改吉林将军）管辖。在交通要道处初设边门二十一，后减为二十。其中较著名的有九官台边门、威远堡边门、凤凰城边门等。每边门常驻官兵数十人，稽察行人出入。清朝设置柳条边的目的是保持满族传统习俗并垄断东北特产等经济利益，康熙中叶以后，从关内到关外偷采人参、垦荒种田的人越来越多，清廷禁令形同虚设。鸦片战争后废弃。即使如此，设置柳条边这样的封禁方式还是造成了很长一段时间内，东北地区人口的稀少，连带地拖累到经济和军事，使得俄国人有机可趁。反观俄国方面，不但派出武装力量不断地渗透、侵入东北，更有组织地鼓动内地人迁居远东，投入资本开发当地资源，建设资本主义经济，使得军队能够得到就近补充。为了保护，反倒造成了落后，在列强为了争夺几个大洋上的珊瑚礁都不惜刀枪相向的大征服时代，清政府以那种无效利用土地的方式治理地方如此广阔、物产如此丰饶的东北地区，必然要遭到惩罚。
中日战争后，中华帝国政府加强了东北的警备，向东北地区发起了有组织的大规模移民，每年移入的人口在五十万以上，大大超过了上个世纪里的人口自然迁移速度。驻军也大大增加，到光兴八年（西元1903年）初，东北三省已经部署有四个常备步兵师、两个骑兵旅和一个独立步兵旅，共十五万三千常备军，另外还有十五万以上的战斗预备部队，只需三到七天的动员时间便可以从当地集结出战，这些部队统一归属设在盛京的东北军区司令部管辖。
根据光绪二十一年颁布的《帝国政区法令》，东北编制为三大行省：黑
