黑龙江行政区划设置较晚。咸丰后因内地**大增，同治二年(1863)于呼兰河流域设理事同知厅。三年移住巴彦苏苏，管理呼兰所属境域赋课刑名及交涉事件，为黑龙江民政设制之始。光绪八年于北田林子（今绥化）设绥化厅。光绪三十年又于通肯海伦河垦区置海伦厅；呼兰厅移治呼兰城升府，绥化厅亦升府，巴彦改州,于扎赉特旗莫勒红岗子垦地置大赉厅;以及兰西、木兰、青冈、余庆等设县。次年又于齐齐哈尔置黑水厅,于郭尔罗斯后旗垦地置肇州厅，杜尔伯特蒙族垦地置安达厅，并设拜泉、汤原、大通三县。是年裁呼兰、通肯副都统，添设绥兰海分巡兵备道，驻绥化。至光绪三十三年裁将军，建行省；置巡抚，相继改设行政官制，于是行政区域体系日趋完善。光绪三十四年海伦厅升府，领青冈、拜泉二县。黑水厅升龙江府。同年，墨尔根以城改置嫩江府，又于大黑河置黑河府，黑龙江城改置瑷珲直隶厅，呼伦贝尔城改置呼伦直隶厅，满洲里设胪膑府。宣统元年(1909)又设呼伦兵备道，驻呼伦厅，辖呼伦厅与胪膑府；设瑷珲兵备道，驻瑷珲厅，辖瑷珲厅与黑河府。另光绪三十二年移绥化城之绥兰海道驻内兴安岭东，更名兴安兵备道，专办垦务、林矿等事宜。三十四年建署于托罗山北，为道治，领汤原、大通二县。宣统二年又于东布特哈设讷河直隶厅。
[注五]奉天。顺治元年(1644)，以盛京（今辽宁沈阳）为留都，置内大臣统辖东北全境。三年改内大臣为昂邦章京。康熙元年(1662)改汉称为镇守辽东等处地方将军。四年改镇守奉天等处地方将军。至乾隆十二年(1747)定名盛京将军，主要负责当地军政事务（见清将军），并兼管奉天府尹事务大臣，监督府尹。康熙后盛京将军辖境，东至兴京边二百八十里吉林乌拉界，西至山海关八百余里山海卫界，南至金州(今辽宁大连)南境七百三十余里海界，北至开原边二百六十余里。
将军下设副都统（初名梅勒章京）二员。雍正五年(1727)增为三员，分驻盛京、锦州、熊岳三城。同时还于重要城、堡、关门地方设城守尉、防守尉、协领、佐领、防御等官率兵驻扎。后因海防紧要，道光二十三年(1843)熊岳副都统移驻金州，更名金州副都统。光绪元年(1875)为守护永陵，新设兴京副都统。五年添设围场海龙总管，六年定围场总管加副都统衔。
另沿奉天与吉林、内蒙古柳条边设威远堡等十余处边门，亦派官兵驻守，分属盛京兵部及各地副都统，并统属于将军。同时，盛京将军还负责监督哲里木盟的科尔沁六旗。
清统一全国后，奉天地区仿顺天府事例，设民署民官管理汉族事务。在时间上可分两个时期：
封禁期。顺治十年至咸丰十年(1860)，除短时外,主要为“封禁”期，顺治十年设辽阳府（今辽阳），辖辽阳（附郭）、海城二县。十四年罢辽阳府，于盛京置奉天府，设府尹（专管盛京地方民人事务）。康熙三年增承德（附郭）、盖平（今盖县）、开原、铁岭四县，升辽阳县为州。于此稍前，康熙元年在辽西锦州地方置锦县，三年于广宁（今辽宁北镇）设广宁府，另置广宁县、宁远州，并隶广宁府。四年罢广宁府，改设锦州府，移治锦县。锦州府及所属州县，均受奉天府尹管辖。雍正四年奉天府境域扩大，于吉林乌拉置永吉州，宁古塔（今黑龙江省宁安）置泰宁县，伯都讷（今吉林扶余）置长宁县。此时奉天府辖境北至长宁县松花江八百七十里蒙古界,东北至永吉州穆稜河二千零四十余里宁古塔界。西北至义县大宁堡四百五十余里界。七年罢泰宁县。乾隆元年罢长宁县，并入永吉州。十二年永吉州改吉林厅,隶吉林将军。至此奉天府辖境缩小，仅及东北开原以南辽沈和半岛地区。至咸丰十年奉天府尹辖奉天、锦州二府，辽阳等四州，以及五厅八县。这些府、厅、州、县主要分布在辽河两岸和滨海地区。
弛禁开放期。咸丰十年后，根据中英《天津条约》规定：首开辽河下游牛庄为商埠，后因辽河淤积，十一年改为营口，遂使营口成为东北第一个向外国开放的通商口岸。此后清政府鉴于形势，废除“封禁”，采取“移民实边”政策。中日甲午战争后，光绪三十一年东北全部开禁。又兼东清（后改中东）铁路兴建，于是关内齐鲁、燕、晋一带农民大量移居东北。东北民政管理体制和区划体系逐步完备。为巩固海防，加强边疆治理，同治五年(1866)改山海关监督为奉锦山海关兵备道，并加按察使衔，辖沿海金州厅、岫岩州、复州、海城、盖平等地。同年设营口海防同知，以加强海关管理。光绪二年命盛京将军兼管奉天府尹,加兵部尚书右都御史衔,总督奉天旗民地方军务兼理粮饷关防。加奉天府尹二品衔，以右副都御史行巡抚事。各州县满汉兼用。三十三年裁盛京将军，改设奉天省，置巡抚。至宣统三年(1911)奉天省共领四道、八府、五直隶厅、三散厅、六州、三十二县。光绪末年，奉天（沈阳）、安东、大东沟、辽阳、凤城、新民、铁岭、通江子、法库门、大连等十处辟为商埠。随着东清南满铁路支线(1903)、京奉(1907)、安奉(1910