周二狗在马青翰、王紫微紧急部署防疫行动的同时，也在部署反细菌战。他命令由端木长烟的特战大队将病菌的传播源投放到鬼子群里。
端木长烟接受任务后，召集手下集思广益制定作战预案，对鬼子展开反击。
端木长烟请来王紫微做技术指导，把瘟疫病号的粪便作为菌种制成传播源，用浓度适宜的糖水培养成无异味的“药引子”，灌装到拳头大小的陶瓶里，密封制成瘟疫瓶，由特战队员每人携带8个，以3个特战营分别潜入南京、上海、杭州。
在南京、上海、杭州，有许多日本商人经营的商店，他们为鬼子高级军官提供来自日本本土的酱油酱料、芥末、紫菜、海带、鱼干等日式食品和调料。端木长烟就把这些商店作为第一批目标。
武穆军特战队士兵潜入这些日本商人的商铺，将瘟疫瓶的“营养液”掺入供应给鬼子的食品、调料。这些食品、调料经过日本商人的渠道摆上鬼子高级军官的餐桌。鬼子又有生吃食物的习惯，所以带有病菌的调料、食品顺利的进入鬼子高级军官的肠胃，霍乱、鼠疫迅速在鬼子高级军官中蔓延。
?俊六突然上吐下泻，经军医认定是染上霍乱，在军医和特效药的抢救下，?俊六经过几天的上吐下泻、高烧脱水，直瘦得皮包骨头，和天照大婶亲密接触了一番后终于逃回人间。同时，?俊六意识到武穆军又开始了反细菌战，马上部署各部队展开防疫工作，并且清查瘟疫的来源，清除武穆军的反细菌战人员。
对端木长烟来说这只是第一期作战计划，好戏才刚刚上演。
实话实说，日本人有很多优良的习惯，比如说卫生习惯。鬼子兵营内都有一个或几个厕所，但是掏粪、清洁厕所的脏活儿自然不能让大日本皇军去干，而是专门由支那苦力干这活儿，给支那大地提供肥料，也算是大日本皇军为支那人作出的一点贡献。
特战队士兵轻而易举就控制了给鬼子掏粪的大车，将“营养液”混进粪桶发酵，在预定好的同一天凌晨混入鬼子兵营。
特战队士兵将掏粪的大车赶进鬼子兵营，点燃车上炸药的延时音信后翻墙而去，鬼子兵营里顿时粪便横飞，臭不可闻。
霍乱、鼠疫在鬼子兵营里爆发性传播开来。
不要以为武穆军特战队会感染上瘟疫。做传播源的“营养液”都由密闭的瓶罐携带，严格的消毒措施和预防药品保障使特战队员安然无恙。
几个城市的鬼子同时爆发瘟疫，使?俊六猝不及防，连忙调动大批防疫部队参与救治。
端木长烟又指挥特战队趁机大肆劫掠鬼子防疫部队的药品，甚至化妆成鬼子防疫部队混进鬼子据点，端掉鬼子据点。
梁子盛在端木长烟的指令下，在江北也展开反细菌战，使江北鬼子苦不堪言，给陈毅的部队争取了站稳脚跟的时间，新四军不但没被削弱，反而趁机迅速壮大起来。
武穆军虽然家底雄厚，但是也经不起如此大的消耗，尤其是药品储备消耗一空。
周二狗只得拿出大批军火和国军交换药品，可是第三战区却以隔离疫情为由，断绝与武穆军的交通往来。周二狗只好向军委会求援，军委会的答复与第三战区如出一辙。
周二狗明白，这是军委会又在玩趁火打劫的游戏，趁机削弱武穆军，然后加以控制。可是面对上百万军民的生死存亡，周二狗决定召开参谋会，准备向军委会妥协，以换取军委会的支援。
参谋会上又是一番针锋相对的辩论：周二狗、赵大虎、曾琪、祖敬、周侉子、王长庚支持向军委会妥协；向青云、欧阳城、何来富、柳承海、王一郎等大多是少壮派军官则主张军委会趁火打劫要挟武穆军，更加不可信赖，投靠军委会只能被当炮灰，不如自力更生，咬牙度难关，抵制军委会的要挟。
其实大家都明白，武穆军不是撑不下去了，而是不忍太多的军民死于瘟疫，但是双方还是各执己见相持不下。周二狗一方位高权重，向青云一方则人心所向人数众多。最后，还是师记伦出来打圆场，决定再和军委会交涉三天，视交涉情况而定。
夏天的高温给瘟疫传播带来便利，也给王紫微培育绿油膏带来便利。王紫微将产出的大量绿油膏进行口服实验，效果还算不错，暂时缓解了武穆军药品奇缺的困境。
三天的时间，给武穆军带来重大转机，柳毛儿回来了。
原来，大战结束时，王紫微已经上报司令部药品储备不足，司令部安排西山自救会操办此事。师记伦除了向国军签订了一批物资交换合同外，还向广东海岸线活动的柳毛儿发报，求他从香港搞一批稀缺药品。
柳毛儿本来就按戴笠的指示从事通过香港走私药品的任务，手里有大批药品，接到师记伦电报，马上安排起运，却被戴笠派来的特派员制止。
正当柳毛儿疑惑时，师记伦再次给柳毛儿发报，告知武穆军的现状。柳毛儿立刻明白了事情的原委，虽然他现在是归军统戴笠管辖，但是从来没忘记武穆军的老弟兄们。于是柳毛儿孤注一掷，带领一批武穆军亲信，趁白崇禧视察张发奎部的机会，劫持了白崇禧的座机，将十几吨药品运回西山。
柳毛儿将药品空降在西山后，将飞机飞往上饶第三战区的机场降落，和十几名官兵被顾祝同部缴械。
周二狗马上调牛道嘉的装甲兵大队到宣城，武震的骑兵大队到广德，同