云南省是护国讨袁的首义地区，护**的主力几乎全是滇军。当时护**分为三路：一军由蔡锷率领出四川；一军由李烈钧率领经贵州向湖南和两广发展；一军由唐继尧领导，在云南坐镇。
护国讨袁战争期间的军费全部出在云南。云南本是一个协饷省份，用现在的话来说，就是需要财政转移的困难户。不用兵时还要靠中央协饷，护国期间为了大敌当前，军事第一，全省出兵出饷，悉索敝赋。但是讨袁战争结束后，军饷问题并没有解决，加以蔡锷去了北方，滇军少了一个强有力的发言人，于是省外的滇军变成了孤军。
蔡锷留在四川的军队起先由罗佩金统率，后来便由顾品珍统率。四川的将领都反对滇军在四川驻防，因此护国之后五年间，川军一直对留川的滇军采取敌对态度和不断的攻击。滇军在川日久，也有回乡之心。 老实说，云南在护国倒袁时期，扩充军队太快。袁世凯死后，这些部队没有妥善地安置，一支留在四川，一支留在广东。人们或许以为唐继尧有野心，想霸占四川，其实这些军队在外，唐继尧也不一定能够控制，不过唐总希望他们在省外发展，不要回云南，因为回云南，云南在财力上养不起这么多的兵，同时有兵在手的将领们，说翻脸就很危险。所以，唐继尧实行了弱川强滇的政策，但是这个政策弄得四川人很愤怒。
遭到四川实力派熊克武的反对，于是唐继尧下令免去熊克武四川靖**总司令职，任命吕超、刘湘为四川靖**正、副司令，又命驻川滇军第一军军长顾品珍、第二军军长赵又新联合黔军进攻熊克武。吕超等推举顾品珍为“追击总司令”。顾率滇军金汉鼎、田钟谷、胡若愚三个旅，黔军两个旅，川军唐明德师追击熊部，将熊克武赶往川北。同年冬，熊克武联络川军各部分别向成都、重庆及川南进攻。1918年10月18日，泸州失守，军长赵又新仓惶跳墙而走，被追兵打死。赵军所部归顾统领。滇军退出成都。形势已发生变化，顾品珍遂以“士兵厌战”为由，班师回滇，部队在毕节、昭通一带集结。
滇军退出四川时，有900万元军饷未发，这是滇督唐继尧的责任，唐曾请求广州政府接济，但孙中山在广东一样是很拮据，所以无力为助。唐继尧于是和美国商人代表安迪生接洽，准许美商组织明兴公司，在云南采矿，交换条件是美商先垫借200万元，并赠唐继尧本人干股 200万元。这个消息传出后，云南省内外的人士一致反对，美商为此不敢投资，唐继尧筹款发饷的计划便无法实现。
当时云南内外对唐继尧有一种潜伏性的反感，因为唐宠信他的堂弟继虞，唐继虞原名继禹，绰号唐三瞎子，曾私运烟土到上海被通辑而改名。云南人叫他唐三，唐继尧对他言听计从，曾拟让予省长一职，因部下反对才改派秘书长周钟岳为省长，但唐三仍任靖国联军总参谋长、昆明卫戍司令等职，权倾一时，使滇军颇为不满。
从四川退下来的滇军军长顾品珍取道毕节进抵宣威，外间便传出顾要取昆明，夺帅印。唐也风闻军心不稳，乃派省长周钟岳到宣威，拟请顾品珍担任东防督办，划出云南迤东为顾的防地，并且答应迅速发饷以安军心。当周传达这个意见给顾后，顾立刻表示接受，同时发出通电声明自己没有政治野心，所谓进军昆明完全是谣言。
唐的安抚政策并没有收效，因为欠饷没有发下，军心仍然摇动，因此谣言还是沸腾起来。唐继尧为安抚顾，任命他为云南东防督办,但此时顾品珍已有反唐之心。
这时候，顾品珍的老上司蔡锷来了，而且一出手就是大手笔。
1918年10月29日，叶荃所属靖国联军第八军之一部在云南寻甸、宜良发生闹饷风潮，准备进攻昆明，唐继尧派兵前往镇压。虽然唐继尧的省军战胜了叶部，把被俘的叛军官就地枪决。然而因为唐的军队调出了昆明，城防空虚，使在宣威的顾军得以乘虚而入。
顾品珍率军向昆明疾进，抵达距昆明只有一百里的杨林，唐继尧不觉手忙脚乱，已无可靠的部队拒顾，只好再派周钟岳前往杨林欢迎顾品珍军入城。唐继尧宣布裁撤靖国联军总司令部，在富滇银行提出现款50万元，连同私人细软移往车站，准备出走。
2月8日，是旧历元旦，唐继尧怀着沉重的心情离开了昆明，由他的佽飞军大队长龙云的护送下，乘滇越铁路的火车前往迤南。
唐继尧先到了蒙自，再离开蒙自继续旅途，当天抵达越南边境老街，法军驻军列队在车站以军礼欢迎，唐继尧未下车，火车径开河内，越南的法国总督特派参谋长至车站迎迓。唐继尧等一行下榻河内大酒店，法国总督拟挽留唐继尧等在河内小作逗留，唐继尧辞谢，第二天即去海防，刚好赶上法国轮船，即搭船去香港。
唐继尧出亡赴香港的消息，是当时的一个大新闻，所以引起多方的瞩目，广州方面也非常重视，至于唐继尧本人的打算如何，更是他个人极大的考虑。唐继尧自从辛亥革命起，就是西南的实力派，他的影响力及于云南、贵州、四川。
民国5年护国讨袁成功后，使他的功业声名达于最高峰，他的一言一行都可以使时局受其影响。可是6年起，他在四川和贵州都受到顿挫，四川军人一直集中力量要把滇军驱逐出川，而在川在粤的滇军事实上也不完全服从他的命令，他虽然担任西南军