不过宪宗与商辂没有像与其他辅臣那样善始善终，成化十三年六月，在诸大臣请罢西厂风波过后，商辂上奏请求致仕。
宪宗破天荒没有像之前对重臣请求致仕那样一概挽留，而是批准了商辂的致仕，说道：“卿历练老成，朕方倚任，但自陈衰朽，力求退休，特兹俞允，以遂优闲。升少保，仍赐敕给驿还乡。”
商辂上章辞免少保之职，宪宗又下诏说道：“卿辅导有年，今乞休致，特有此擢，不允所辞。”
商辂没有像他的几个前任那样卒在任上，倒也未必不是福气。商辂谢政后，学士刘吉路过商辂家，见其子孙林立，叹道：“吉与公同事历年，未尝见公笔下妄杀一人，宜天之报公厚。”商辂说道：“正不敢使朝廷妄杀一人耳。”