袁世凯在得到杨度与萧震雷达成协议，并且在条件上稍微超出他给的底线之后也没有太过在意，只要能搞定萧震雷，这些都不是事，于是老袁立即下令让北洋第二镇和第四镇停止向江苏境内进发，驻扎在安徽境内，与萧震雷的苏军第三师和浙军第四师对峙。
萧震雷与袁世凯这边达成了一致，可同盟会内部却就临时政府内阁各部任职的问题发生了严重的分歧。
本来武昌方面和上海方面的革命同志之间的关系就不太协和，事情起因于黄兴，黄兴自己已经竭力希望弥补这个裂痕，可是天下事往往是有了裂痕，只会扩大，很难弥缝。南京组府时，推举黎元洪为副总统，也是黄兴的建议，其目的即在调和武汉，不过武昌首义的志士甚多，仅让黎元洪一个人做副总统，在武昌方面看来是不公平的。当时黎元洪下面的革命同志中，最重要的有一位孙武，他对策划起义，贡献很大，起义前一天，孙武试验炸弹，不幸爆发被炸受伤，举义后孙武是军务部长，南京临时政府成立前，孙武由武昌到了上海，因为他和黎元洪接近，所以对黄兴很不好，由于和黄兴不睦，言谈之间，自然对上海方面的革命同志也不好。陈英士对孙武的印象便非常不佳。临时政府筹组时，孙武希望做陆军部次长，可是陆军部总长是黄兴，黄既然不欢喜孙武，自不会拉他作次长，而且有萧震雷在前，孙武就更加没戏了。于是孙武便被摈弃，就因此使得武汉和宁沪之间更形貌合神离。
1月下旬，在上海的唐绍仪与南方革命党代表伍廷芳等人基本上达成了协议，萧震雷这边军队也基本上休整完毕，按照协议约定，他命浙军第二军第三师黄英杰部从山东半岛撤回，卷走了在山东半岛从那些旧官僚手中收刮来的钱粮，黄英杰部奉命在江苏北部重镇徐州、连云港、宿迁、淮安、盐城一带驻防，又留下江苏第二军第三师柳成龙部驻防在扬州、泰州、南通、镇江一带。同时他率浙军第四师董克强部、沪军三个师、赣军第一师、苏军第三军孙铭部、沈同武部、林述庆部、柏文蔚部回南京。
1月28日，萧震雷的北伐联军班师启程返回南京，在行军路上，林庆述、柏文蔚等人骑着战马追上来，林述庆对乘坐在越野吉普车的萧震雷喊道：“总司令，卑职不明白，这北伐战争打得好好的，我们都已经占领山东全境了，看着就可以北进中原、直捣黄龙了，为什么要半途而废呢？请总司令为卑职等解惑！”
萧震雷闻言皱了皱眉，示意司机靠边停下，吉普车停下之后，萧震雷从车上下来，此时林述庆等人也从战马上跳下了下来，萧震雷冷声道：“你们不呆在部队看着，跑过来就是为了问我这个问题？”
“是！”林述庆道：“总司令，不问清楚这个问题，我们心里总是不舒服！”
萧震雷大怒：“上级的命令一旦下达，你可以不理解，可以保留意见，但是必须执行，服从命令是军人的天职，你们懂不懂？”
随着萧震雷凌厉的目光扫过来，林述庆、柏文蔚等人的眼神不由躲闪起来，萧震雷又继续道：“你们问我为什么？我还想知道为什么呢？你们问我，我问谁去？你们同盟会在各省的代表、那些旧官僚在各省的代表、立宪人士在各省的代表齐聚在上海滩租界与袁世凯派来的代表唐绍仪进行和谈，现在双方和谈已经达成一致，南北罢兵停战，你们问我为什么撤兵，你以为我愿意啊？咱们历时两个月，将士们浴血奋战，无数兄弟战死在战场上，却因为那些老爷动动嘴皮子，那些兄弟就白死了！咱们就是不愿意又能怎么样？军人以服从命令为天职，理解要执行，不解理也要执行！我只能给你们这样的答案，如果你们想知道得更清楚，等回到南京，你们去问大总统好了！”