9月27日，萧震雷召开了最高军事会议，在此次会议上确定了将远征军以作战地域的不同正式划分为两个部分的决议，分别为东方战区和西方战区，其中东方战区由蔡锷为战区司令长官，主持东方战区长官司令部的工作，统筹、协调和指挥东方战区的远征军部队；西方战区由蔡国栋为战区司令长官，主持将东欧战区和东南欧战区合并为西方战区，组建西方战区长官司令部，统筹和协调西方战区所有大小事务，对西方战区所有远征军部队拥有最高指挥权。
由于西方战区需要补充大量作战物资，军队刚刚经历过大战，急需休整，所以西方战场现在战事不具备大规模向德奥进攻的能力，只能维持目前的势态，萧震雷给蔡国栋的命令是停止全面进攻，有机会或有必要的时候也可以发起局部小规模战斗，但在没有主动发起全面进攻的能力之前，不宜扩大战争势态，目前西方战区的任务是让大部队休整和加强巡逻，同时以最快的速度完成西方战区长官司令官的组建，并使之尽快运作起来，减少防区的力量薄弱之处和盲点。
萧震雷给蔡国栋下达这个命令的目的有两个，一是让自身有时间恢复力量，不论是不对的进攻能力还是后勤补给，都需要时间；二是让德奥高层放心地将主要力量去对付英法，这样最大程度的让德奥与英法血拼，消耗这些老牌资本主义帝国的国力。
将西方两个战区济宁合并，这无疑有助于统一指挥，能够有效的节省后勤运输力量、能够让更加将力量集中，在统一指挥下，各军团之间的配合会更加密切，而英法等协约国对华国的这种重新调整指挥系统的情况也是非常赞赏和支持的。
蔡国栋在召集各军团主要军事长官开会时说：“大总统和最高军事委员会的命令已经下来了，目前我们当务之急的任务是以最快的速度将西方战区长官司令部组建起来，尽快让这个战区长官司令部投入运作，接管整个战区的指挥、军令发布执行、后勤运输补给等工作。在战区长官司令部组建完成之后。我们的任务暂时是做好防御工作，把后勤运输搞起来，在必要或可能的情况下可以进行小规模的战斗，但最好控制战斗的规模。在没有能力发动全面进攻之前，不能扩大势态。
我们首先来说一说战区长官司令部的组建，我拟定在司令部辖下成立指挥作战厅、司令部办公处、通讯处、军令执行处、督察处、军情处、军官管理处、保卫处、接待处、对外联络处、宪兵司令部、后勤运输管理部等部门。其中指挥作战厅辖下陆军指挥作战局、海军指挥作战局、空军指挥作战局和防空部队指挥作战局等等，关于司令部这些下属机关的负责人和工作人员，我们必须尽量用最少的人手把工作接手过来。有时候人手越少，工作效率反而越高，不会出现互相推诿的现象，人手越多，可能工作效率反而不行，之所以要尽量减少司令部辖下机关的工作人员，除了提高工作效率之外，在出了问题时也可以直接问责，谁的工作出了问题，就找谁。一目了然。
司令部下属直辖负责人和相关的工作人员主要从之前的东欧战区和东南欧战区两个司令部内抽调，新的战区长官司令部组建起来之后，之前的东欧战区司令部和东南欧战区司令部就正式撤销，没有被安排到新的长官司令部的工作人员和军官一律下派到各军团，由各军官再安排他们的工作，这个工作由军官管理处负责！至于新成立的长官司令部辖下各机关部门的主要负责人人选问题，两天之内会有结果，到时候会有通知下达，接到通知的人要赶过来开会，开会完毕之后接到任命的将领和军官回去之后负责把你们各自负责的部门的架子搭起来。人手方面和办公地点、用品分别找军官管理处和司令部办公处解决，诸位还有其他什么问题吗？”
与会人员听了蔡国栋的话之后都没有出声，有些人是没什么主意，另外一些人则是抱着上面怎么安排。他们就怎么执行的态度，再说关于这件事情，最高层已经下达了命令，即便有人反对也没有用。
无论怎么说，战区合并的事情已经成为定局，在这一过程中。肯定要精简机构和工作人员，能力不足和多余的军官、将领的职位都会动一动，大部分会直接下派到部队，如果职位不够，可能还会降级使用，这种情况也不是不可能。
直到蔡国栋第二次出声询问与会人员是否还有其他问题时，才有人站起来问道：“报告长官，我想问一下，对于海军和空军方面的军官调动、武器弹药装备物资运输和调配是否也归属在战区长官司令部辖下？”
蔡国栋道：“这是当然，既然是统一指挥，我们西方战区当然包括了远征西方的空军和海军，他们的军官调动、武器装备和弹药物资都由司令部辖下的军官管理处和后勤运输管理部负责，远征军海军舰队和空军部队的指挥也分别归属在司令部辖下的指挥作战厅下属的海军指挥作战局和空军指挥作战局”。
此时，在朝鲜汉城，蔡锷也在主持着同样的会议，与蔡国栋那边不同的是，蔡锷这边即将成立的东方战区长官司令部下面只有两个军团，即第三军团和第四军团，第三军团新上任的军团长是吴佩孚、副军团长朱熙，参谋长是何良辰；第四军团长是陈继祖，副军团长是罗山，参谋长是刘之洁。
相比蔡国栋的西方战区