《宇宙战舰大和号》的故事情节只是一条单线，但和之前的那些动画相比，它的剧情已是相当深刻复杂：2199年，地球遭到神秘异星人加米拉斯（ガミラス）人的攻击，无数燃烧着火焰的陨石——游星爆弹落到地表，把整个地球都笼罩在放射能的死亡阴影之中。地面上所有的生命、水，全都消失了（地球被炸得跟火星似的），人类躲到地表以下，恐惧着死亡的威胁；这时，遥远的伊斯甘达尔（イスカンダル）星女王丝塔西娅（スターシャ）从本星送来讯息，如果地球人能到她那里去的话，她就会把能瞬间让地球恢复原状的神器……不，超科技机器“宇宙清洗器d（コスモクリーナーd）”相送。同时还给了地球人能够到达她那个星球的“波动引擎”的制造图，因为当时地球人已经没有时间、也没有能力建造宇宙船了，所以就把二战时被炸沉在海底（因为海已经没了，所以战舰残骸其实是在陆地上）的战舰“大和”改造成能潜水能飞空能在宇宙中航行的超级宇宙战舰（那个东西在海底沉了两百五十多年怎么还没烂成废铁……），“宇宙战舰大和号”于焉诞生。
松本零士手绘的丝塔西娅。
在此说明一点：虽然名字都是“大和”，读音一样是yao，船也确实是那艘船，但就字面上来说，当年那艘战列舰和这艘宇宙战舰是不同的：日语是把前者写作“大和”，而把后者用片假名写作“ヤマト”，以示区别。而就中文来说，同样管前者叫“大和”，但把后者的名字写作“大和号”，是出于同样的道理，不能直接叫“宇宙战舰大和”。很多人看到大和号的样子之后都问“为什么要造得跟那艘战舰一样”，其实本来就是用那艘破船改造的……
给大和号和全体船员的时间，只有365天。人类只能再撑这么久了；在这短短的一年中，用瓦普跳跃也好，宇宙航行也好，他们要走14万8千光年（这个数字现在已经很着名了）去伊斯甘达尔，那是来回共29万6千光年的遥远旅途。除了舰长冲田十三老先生和其他几个人之外，包括主角古代进在内，船上基本上都是年轻的船员；而在他们面前阻挡着的，是壮丽而危险的宇宙环境，还有在狄斯拉（デスラー）总统指挥下、加米拉斯舰队的拼命阻击。当时每一话的最后，都会打出一行字幕：“离地球毁灭还有xxx天”，无时无刻不在提醒着这次任务的紧迫和紧张感。（明白《真幌的398天》最后的字幕是从哪来的了吧？安达充甚至在《h2》里都恶搞了一下这个。在漫画的那种地方都能恶搞，真强……）——于是，在经历了无数的艰难险阻之后，他们终于到达了伊斯甘达尔，取回宇宙清洗器d，拯救了地球。
在三十年后，当我们再度把眼光投到当年的《宇宙战舰大和号》上时，在心中依然会回荡着那种激情。当年的作画水平，现在来看确实是很粗糙，但那毕竟是三十年前；同为tv动画，看看和《大和号》同时代的作品，大和号的画面在当时几乎可称“惊艳”。而且，和当时那简单无比的动画情节比起来，大和号的剧情深度简直超越了那个时代。像《魔神z》的tv版，虽然开创了热血及巨大机器人的先河，但整个的情节架构，和永井豪的漫画比起来却远远不够完满。当时流行的情节就是这种：愚蠢而邪恶的敌人出现，哇啦哇啦叫一通之后被正义的主角一拳轰成废铁，然后下周再迎接新的敌人，接着再战……《魔神z》就是这样72话从头打到尾的，这也是当时动画的通行模式；至于敌人，如地狱博士百鬼帝国一类，更是只知道破坏和侵略的怪物。
但在《大和号》中，这些都从根本上被改变了。大和号的敌人，不再是什么想要征服地球的秘密结社或者只会一批批派飞碟到地球上来破坏的外星人，他们面对的加米拉斯帝国是一个真正庞大而恐怖的国家，而且加米拉斯星和伊斯甘达尔星是双重连星（光这一点设定就够出彩的了）；动画的情节也不再是保卫市街（借用一下这名词，嘿嘿）的战斗，而是为拯救地球而进行的一次史诗之旅。当然，战斗还是主线，但《宇宙战舰大和号》里的战斗，从一开始就是以二战里的战役为直接蓝本的，真不愧是请舛田利雄来当的监督……虽然受时代所限，所谓政治、战略、战术都还只是一些粗浅的概念，但总算已经有了；而且，《大和号》是第一部以严肃的态度来描绘战争场面的动画。贯穿全作的写实风格相当强烈，本来松本零士就是个中的高手：战斗的魄力和战争的残酷一起在《大和号》里出现，没有什么隐瞒。就是现在来看，这部动画也是足以让人看得下去的一部作品。再加上有如此豪华的阵容作保证，它的成功应该是理所当然的……
大和号五视图。舰底是“着名”的第三舰桥。
——然而，在当时，《大和号》初次播映的时候却遭遇了严重