1988年——《龙猫》《萤火虫之墓》
“龙猫”是大自然的精灵，只有心地纯洁的小孩子才能够看到它——宫崎骏依照家乡传说创造的这个萌物在全世界都家喻户晓，“龙猫”也成为吉卜力工作室的徽号及吉祥物，并在之后每一部吉卜力影片的片头出现。《龙猫》之中没有“恶”的存在，有的只是纯真情感和大自然的神秘，作为宫崎骏转型期的代表作，虽依旧有其一贯的魔幻现实主义风格，但视角却开始了从“人类”到“人”的转变。
同为吉卜力的作品，高畑勋《萤火虫之墓》的主角也是小孩，但却是以“死亡”为主题，以“死”来反映战争给人类带来的痛苦和灾难。高畑勋和宫崎骏有着共同的动画创作理念，都反对战争、环境破坏等人类问题，也都向往自由，所不同的是宫崎骏作品想象力天马行空，高畑勋作品风格更贴近生活，重视表现人与人直接的情感。
1989年——《蝙蝠侠》《魔女宅急便》
风靡全球的漫画《蝙蝠侠》被搬上荧屏。美国哥谭市民风彪悍、犯罪份子日益猖獗，一名身着蝙蝠外套的暗夜侠客神出鬼没，令坏蛋们闻风丧胆，他被人称为“蝙蝠侠”。自1939年以漫画形式诞生以来，根据《蝙蝠侠》原著漫画改编的影视作品已经全球闻名，而这部首部曲当年的全球票房战绩为4.11亿美元，全球热卖的成功奠定了“蝙蝠侠”电影系列的随即诞生。
《魔女宅急便》改编自角野荣子的同名宫崎骏第一部文学改编作品。年满13岁的小魔女琪琪只身闯荡繁华的现代社会，没有坏蛋也没有纷争，观众只是随着琪琪的成长去品味一段寻找自信的旅程。而监督宫崎骏表示“我从青年漫画家们四处求职的现状中得到灵感。这不是简单的赚钱糊口，而是关于你自己的生存之道：如何向世人展现自己的个性？在制作影片的过程中，我认为这才是人们所应关心的问题”。
《小美人鱼》作为迪士尼最后一部手工绘制的动画，带着迪士尼走出低谷重振雄风；高桥留美子《一磅的福音》漫画开载；clamp首次在商业杂志上发表作品《圣传》；《天空战记》《乱马1/2》《银河英雄传说》tv动画播映；郑渊洁的《舒克和贝塔》伴随了几代人的成长。
1990年——《幽游白书》《蜡笔小新》《樱桃小丸子》
动漫界最出名的“拖稿大王”富坚义博最具代表性的漫画作品《幽游白书》开载，富坚以挥洒自如的想像力和故事情节、复杂丰满的人物塑造而出名，其作品多不拘一格。《幽游白书》与《龙珠》《灌篮高手》成为当时《周刊少年jump》的三大代表漫画。富坚也因《幽游白书》的大受欢迎，在1994年时富坚的个人缴税金额高居日本第76位。
同为吉卜力的作品，高畑勋《萤火虫之墓》的主角也是小孩，但却是以“死亡”为主题，以“死”来反映战争给人类带来的痛苦和灾难。高畑勋和宫崎骏有着共同的动画创作理念，都反对战争、环境破坏等人类问题，也都向往自由，所不同的是宫崎骏作品想象力天马行空，高畑勋作品风格更贴近生活，重视表现人与人直接的情感。
日本动画如果按国民程度排名，《海螺小姐》牢牢占据第一，紧随其后的就该是《樱桃小丸子》和《蜡笔小新》。《樱桃小丸子》是全球知名度最高及最具影响力的动漫作品之一，其动画连续二十余年高居日本动画收视率前三位，到2013年时已超过1000集。
1991年——《美女与野兽》《岁月的童话》《三国志》
在世界电影史上的首部动画长片《白雪公主》大获成功之后，迪士尼决定将更多的经典故事改编成动画，《美女与野兽》是迪士尼的第30部经典动画，获得奥斯卡最佳原创配乐∏两项大奖。《美女与野兽》后来还改编成百老汇音乐剧，这也是迪士尼进军剧坛的第一部音乐剧。
《岁月的童话》是吉卜力工作室中最成人的作品，虽是很多人的最爱，也是部很容易被人忽略的佳作，高畑勋在执导时做了些处理，将背景拖后了十余年，由快三十岁的女主人公一点一点地回忆以前小学时代的事情，还加入了主人公在最后终于找到意中人的小插曲。剧中人物采用了先录声音再配以图像的方式进行制作，表情丰富至笑时脸上的皱纹都很逼真。
东映《三国志》是日本信浓企画制作的全集动画电影，由《英雄的黎明》《燃烧的长江》《辽阔的大地》三部分组成，从1987年开始绘制，历时四年有余，耗资14亿日元，在中国大陆实地考察，被誉为最忠实原著的三国卡通，荣获日本动画最高荣誉“动画金座奖”。
1992年——《东京巴比伦》
漫天的樱花花瓣如雪般飘洒而落，“你喜欢樱树吗？”
画风以华丽闻名的clamp，让那幕在樱树下讨论埋着的养分的画面变得深邃、写意。《东京巴比伦》被认为是“突破了少女漫画瓶颈的究极大作”，与clamp其他的作品比起来，其在选材与立意上确实有花心思，但沉重的社会话题并没能给读者带来多少的感悟，读者的注意力更多的是摆在了皇昂流与星史郎之间的那个莫名其妙的“赌约”上。
1993年——《灌篮高手