双方经过进一步磋商国民会议的地点和代表人数等问题，最后确定了谈判地点在上海。在代表人数问题上，拟定每省代表3人，每人一票，南方14省由暂驻广东广州的中华民国临时政府召集，北方8省代表由清政府召集。
此协议一经签订，立时遭到了清廷内良弼等人的强烈反对。他与载涛、载询、溥伟等失势的满族贵胄一起成立了宗社党，旨在维护爱新觉罗家皇位，要求撤回签订了‘丧权辱国’协议的唐绍仪，推翻已达成的协议，矛头直指袁世凯。
就在此时，南方广州召集的南方十三省代表经过三天紧张投票后，不顾北方强烈的反对，毅然选出了中华民国临时政府的临时大总统来。
一省一个代表、每个代表一票，在总共十三票中，中华民国临时政府大元帅黄兴获得四票、前敌总指挥赵声获得一票，同盟会总理孙文获得八票，最终正式当选中华民国临时政府临时大总统，准备明年改元民国元年。
袁世凯得知此消息，气得将京城书房内的摆设全都砸了个粉碎。