聂士成率武卫军第五师，抢先攻克南京的将南京城外重要据点龙脖子攻克。此处地势高，可俯看南京城，压制天军炮火，而鄂军胡林翼则率军进围到了南京城的神策门与太平门之外。至此天京真正地只余下一座孤城南京了。由于杨洪内烘，太平军内部早已人心离散，对清军的进攻，都只进行消极抵抗，大军或一触即溃，或直接率军投降清军。
此时南京城内一片哀鸿，杨秀清派人将城内粮食物资全部收集起来，只定量发给天军和一些城民。百姓于城中饥肠辘辘，饿死无数，尸体充野，却无人填埋。于清军进攻之日饥饿难耐的南京城民聚集起来手执木棍等物，在城内闹事。杨秀清闻言大惊急命其弟杨辅清率部镇压，打死闹事百姓数千人。
至此杨秀清与天军各将更加离心离德，是夜南京太平军将领聚集商议欲立干王洪仁玕为众将首领领导南京天军。众将一拍即合，当夜便各领本部人马兵围天王府，悄无声息地杀了进去，将正与王娘乌山云雨的杨秀清抓获，并当场杀死，既而大开杀戒将杨氏一门满门都诛除了。
守将绍永宽与李容发前去延请镇守南京城内治安的干仁玕，并请其代众将定夺天军去留。洪仁玕到时天王府城一片死伤狼藉，悲愤欲死，却是无可奈何，只得听众将的建议，接手南京政务，成为新的天王。
洪仁玕本是天国里面最为不争权的一个，与石达开互为好友，在天军定都南京之时便提出了许多建设天国经济的建议，并参与了天国的各项律法的创立。他一心在于天国经济建设，曾提出过建立类似于今天的银行的建议，却没有得到当时的洪秀的同意而一直未能达成心愿。
洪杨内烘，洪秀全中伏身死，杨秀清为了拉拢人心，依旧任洪仁玕为干王，并对其提出的建议毫无保留的支持。只是当时天国危及，根本不容洪仁玕施展天京被清军围困了。于是他也只能随着杨秀清过一天算一天，心中志愿早已死去。
见杨秀清已死，众将都有归降之心，而无抵抗之意。洪仁玕便当夜与众将招开紧急会议，建议派人出城与清军商谈投降。众将轰然应诺，并由带头起事的绍永宽连夜出城与清军商谈。绍永宽到达清军太平门外的大营时，清将众将也在这里商谈第二天攻打南京城的度划，突然听说城内发贼派出人来和谈，一时相视莫名。
绍永宽唯唯诺诺地将洪仁玕与众将的意思说与胡林翼与聂士成、张宗禹等将听了。意思只求留得一条活命的机会，其他一切都随清军去发落。另外他还说起城中粮食短缺，百姓饿死无数，尸体无人收埋，开始有小规模病疫出现，希望清军念在全城百姓的面上，能考虑一下他们的投降请求。
清军虽有与天军一战的意思，但是毕竟南京城高大坚固，既使以新军武力也难以短时间攻克，这段时间内要饿死多少百姓？若天军狗急跳墙，据城死守，清军伤亡也不是一般的。于是胡林翼与聂士零级大神19181成、张宗禹各自商议决定接受城内天军的投降。
第二日绍永宽打开南京城门迎接清军入城，干王洪仁玕率领城内众将出城接受清军的收编。胡林翼一面派人接收城内天军，一面派人快马进京询问洪仁玕一众将领的处置事宜。由于这是咸丰没有想到的，并未直接像急于收降石达开与李秀成、陈玉诚一样下达旨意，所以胡林翼不敢擅自处置降将。
南京告破，为时六年之久的太平军起义自此终于告落。清军进城之时见到最多的便是欣喜若狂的南京城百姓与面黄肌瘦的天军士兵，他们都饿了不知道多少天了，盼清军进城如同后世百姓盼红军一样渴望。
城中断壁处，腐臭盈天。时而都能见到无人收埋的饿死的百姓尸体横于街道之上。百姓如同行尸走肉一般，双眼无神。清军将领见到这幕无不伤感，但战场之上，对战两军无所不用其极却是无可奈何的事情。胡林翼见得城更是悲愤欲泣，大叹造孽。
胡林翼一面令手下将天军城内的天军降军集中收编到一处，一面让人将粮食分发下去，先解决一下城中百姓的温饱，并派人前往两总各地收购粮草接济城内百姓，休构房屋，安置百姓。但是清军所余的粮草也不多了，无奈之下，胡林翼只得命各地方派来帮助攻城的地方团练与鄂军大部，湘军一部先遣散回原地，等候朝廷随时可能到达的封赏。
正当胡林翼无计可施，整日为粮食物资金忧心之时，却听府门外亲军报道，有苏州商人名胡雪岩的在外求见胡林翼。胡林翼不知道什么事情，连忙请进去。只见来人粗布长衫，戴着一顶瓜皮小帽，施施然见了一礼。微微笑道：“草民胡雪岩见过大人，草民此来正为大人所忧之事而来！”
胡林翼奇怪的望了一眼眼前的陌生人，不知道自己在哪里见过他，而他却说是为自己心中所忧的事情而来的，自己忧心粮草，难道此人带了粮草前来出售？奇怪归奇怪，他仍笑着伸手将胡雪岩请入府中道：“胡先生可知本官所忧何事？”
“哈哈，大人不用奇怪。雪岩前年受皇上恩惠，将新军后勤重交于草民，使草民得以身价倍增，如今南京缺粮，草不才，从苏州自购粮食三十万石，来为大人解忧。”胡雪岩笑道。原来自咸丰认准了胡雪岩是个财神之后，又认为其公忠之心可用。便将新军与两江军需物资的调用权力给了胡雪岩，令胡雪岩摇身一变成了