进攻叶尔羌失败的阿古柏仍然不甘心，他回到喀什之后，一面调整自己的战略重心，将目标锁定在由清军占领的几个小城之上，一面强迫占领地区域百姓皈依到******教之下，如果遇到不服从的人，阿古柏会毫不留情地将其杀害。
除此之外，阿古柏还将******教的法典《沙里阿特》为哲德沙尔汗国的最高法典，实行残酷的血腥统治。他还规定，所有的沙集延人是喀什地区的上等人，是这里的统治者，向喀什百姓收取沉重的税赋。
在阿古柏进入新疆不久之后，英俄又开始鼓动布哈拉汗国向周边地区进行侵入，以达到其接近距离威胁新疆的目的。但是很不幸的是布哈拉汗国大败，丢失塔什干，约7000名残部在玉努斯江率领下逃入新疆投奔同族阿古柏。
阿古柏因此实力更加强大。在修整了近两个月之后，阿古柏再次出兵叶尔羌与和阗两城。这次有了同族的帮助，阿古柏在获全胜。然而就在阿古柏为自己即将达到了目标而欣喜若狂的时候，一直就不甘心被阿古柏立成傀儡的布素鲁克在喀什由金相印支持之下，发动了兵变，岂图从阿古柏的控制之下摆脱出来。
得到消息的阿古柏大怒，顿时率领两万多大军回攻喀什。布素鲁克率兵反击，但在阿古柏强大的攻势之下，布素鲁克仅仅坚定了四十一天，便以失败告终。布素鲁克被阿古柏逐回了浩罕。随后，阿古柏又扶持了布素鲁克的堂兄卡塔条勒即位。
咸丰二十二年，同样不甘心做阿古柏的傀儡的卡塔再次在喀什发动兵变。这次阿古柏没有像对待卡塔的堂兄布素鲁克那样，将其逐出，而是直接将卡塔毒死在喀什。喀什之后，阿古柏再次出兵向阿克苏进兵。
此时的阿古柏已经实力强大，而由于叶尔羌与和阗的失守，热西丁已经到了穷途末路，咸丰二十二年初，热西丁被阿古柏击败，阿古柏占据了阿克苏等许从城池。此时南疆除了库车之外，几乎都在阿古柏的统治之下。
接连不断的胜昨让阿古柏越发的骄纵起来。咸丰二十二年五月，阿古柏认为自己的威望已经不再需要重立傀儡来帮助自己在新疆站稳脚根了，于是他废除了哲德沙尔汗国，自己称汗，在喀什建立了洪福汗国。自称“毕特勒特“暨“洪福无量的人。
同时阿古柏在新疆建立洪福汗的时候，他也在相方设法与英俄两国接触。他知道无论自己在新疆的实力多么的强大，没有洋人的支持自己的洪福汗国迟早有一天会被大清的大军荡成平地，而他的“无量洪福“也就到头了。
而随着阿古柏在新疆的不断胜利，大刺激了英俄两国。他们开始频频与阿古柏接触。洪福汗国建立不久，英国印度总督便派出使节，承认洪福汗国的政权，并且与阿古柏签定了“英阿条约“，从阿古柏那里取得了一系的优惠待遇。
而作为回报，也为了让大清的新疆更加混乱，英国人向阿古柏再次提供了大量的新式武器装备，并且还向阿古柏的洪福汗国互相派遣大使。
而同样不甘落后的俄国也与英国人做出了相同的举动。阿古柏与俄国签定了“俄阿条约“以百分之二点五的关税为代价，换取了俄国人对洪福汗国的承认。
得到大批援助的阿古柏再次出动了大军，他首先将原陕甘起义叛军的白虎彦击败，并将其残部收编入自己的大军，其后，阿古柏向吐鲁番发动了进攻，岂图彻底占据整个南疆，切断大清与北疆以及河西走廊之间的联系。
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