为了挽回幕府军的损失以及，解除就都一带的尊王派的威胁，德川幕府第二天组织了一次大规模的反攻。幕府在这段时间内用尽了一切办法，集结了十五万大军，利用大清帝国支援过来的各种武器，将这十五万日本农夫小贩运上了战场。
由于得知了大清帝国正在向幕府派出援军，明治天皇在还没有得到美国政府的确切答复之前，不敢有下一步的动作，这给了幕府大军一个天大的机会。二十多万包围在京都附近的叛军被突然冲出来的幕府大军打了个措手不及，整个防线撤退了五十公里才算稳定住。
幕府大军大部都是一些没有经过训练的平民，根本不懂得打仗，在叛军撤退的时候没有快速地抓住机会反起追击，扩大战果，致使虽然京都附近的危机解除，便却没有对叛军的实力造成多大的影响。
咸丰二十八年三月十四日，大清帝国的庞大海军舰队抵达日本京都湾海域。一抵达日本，大清舰队总指挥余永航都发下了通告，希望明治天皇停止对幕府的攻击，大清帝国只且仅承认德川幕府为日本的唯一合法政府。若明治天皇再不停止这种行为，大清帝国将似其为对亚盟的挑衅，给予严惩。
此时美国国会正在一片热吵当中。美国国会议员分成了三大派。其中大部狂热的议会认为此时是美国占领日本的最佳时机，不应该向大清帝国妥协。而与其相对的一派则是一些由美国犹太人家族支持起来的议员，他们认为美国与大清有过多年的合作经历，在欧洲大战还没有结果之前，美国不应该将自己拖入与大清的战争泥潭之中。这派的人数虽然少了一些，但却是许多美国公民所认同的看法。
而另一派人数也不在少数的议员则认为，美国的重心不在太平洋，没有必要为了一个毫无意义的日本，而与大清帝国结下过节。现在美国最重的事情是关注欧洲战争的发展进程，抓住机会，进军欧洲。
就这样，吵闹了三天之后，美国国会最终还是以多数票数通过了对日本进行干涉。就在大清帝国海军到达日本的同一天，美国国会向大清政府发出了召会，认为日本的内战是日本本国的政治问题，大清帝国没有理由干涉。
同时，美国的太平洋舰队以及一部的大西洋舰队开始向日本海域出发。到大清帝国对明治政府进行有目的的海面封锁之时，大清帝国的海军部队已经与美国太平洋舰队有过多次的短距离对峙了。
有了美国政府的行支支持，明治天皇心里有了主心骨。他于三月底再次组织起一次大规模的进攻，将幕府大军再次赶回了城里。幕府苦心组建的十五万大军，等到撤回去的时候，仅仅只余下了不到一半，这其中大部分的士兵都是在战场之上，叛军还没有打过来，便抱头逃跑了，另外一些人，干脆就是带着部下投降了叛军。
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