刘肇自一举扫平了外戚窦氏集团的势力之后，开始亲理政事。他每天早起临朝，深夜批阅奏章，由每六天一次的大起，改成每日大起，从不荒怠政事，凡事亲历亲为。
他深感吏制对大汉王朝的重要性，因而自七月初到腊月底，他下了两次纳贤令。一条条雷厉风行的新政一一出台，很难想象，皆是出于一个十四岁的少年天子之手。
首先他决定封赏刘氏王族。
对于帮助除掉窦宪一族有功的刘庆、刘伉自不必说，赏赐给他们大量的铜钱，丝帛。刘伉本以为自己这次凶多吉少，却不料因祸得福，只感动得焚香祷告，祈祷汉室平安。
刘肇又封弟弟刘寿当济北王，刘开当了河间王，刘淑当了城阳王，刘万岁当了广宗王，并且将分封各王都留在了雒阳，陪皇伴驾。一样一来，兄弟和睦，情谊深厚，个个奉公守法，忠心耿耿。
唯一让刘肇心中难过的就是司空任隗在自己选妃前夕去逝。刘肇大哭了一场，让任屯厚葬，并在癸丑日，封大司农尹睦为太尉，录尚书事。
十月己亥，封宗正刘方为司空。下令韩棱彻查所有窦氏党羽，统统罢官免职。
韩棱也不手软，深查窦宪一党，以至于几个月都休息不好，甚至都没有时间洗澡。犹如在死灰上又狠狠浇了一桶冰雪水，自此，窦氏一党已成绝望。
不久，判决下发，太尉宋由被指控为窦氏党羽，刘肇下策书罢免宋由，宋由因怕被深究，自杀。
中郎将耿夔，由于与窦宪有关系，被免职，封地被剥夺。
已经在永元三年去世的耿秉，他的封地本来由他的儿子耿冲继承。但是由于和窦宪有关系，封国被撤销。
这时，已经看清形势的太傅邓彪，以年老多病为由请求辞去主管中枢机要的职务。刘肇下诏同意。当然，尽管官员减少了很多，大汉王朝却从来不缺乏才能之人，由于官员的举荐，又一批有德有能之人受到了重用。大汉王朝出现了中兴之象。
但是这些人中。只有一个人的处决让刘肇犹豫不定，那就是班固。
窦宪当政的时候，班固投靠了窦宪，成为了他的谋臣和笔臣，窦宪败亡之后，对于班固的才华，刘肇有扼腕之感。
班固虽然文学修养好，但是对于他的儿子，班固显然不会教育他们。因此班固的孩子总是仗着是班固之子而在洛阳城里为非作歹、寻衅滋事，干了很多违法之事。
很多人都曾向都尉府或洛阳令告发。但是他们却拿班固的这些孩子没有办法，毕竟班固的后面是窦大将军。
所以很多百姓都咒骂班固，官员们也都班固心怀不满。
班固不仅对教育自己的儿子毫无办法，也不约束自己的仆人。有一次，洛阳令种兢乘着自己的小车出行，结果在路上就遇到了班固的家奴。这位家奴喝的醉醺醺的，满身的酒气，就在街上耍起了酒疯，说什么都不让种兢的车通过。
种兢见到一个奴才敢挡他洛阳令的路，十分生气。便命令手下官吏喝令他离开。谁知这人不听，还破口大骂起来，种兢气不过，便命令手下人打他一顿。
这时那家奴才慌了神。借着酒醉大骂：“我是班固府上的，你们怎么敢打我？我要告诉班大人，让你们吃点苦头。
种兢一听这醉酒的奴仆是班固府上的，便气不打一处来，平时这班固的儿子为非作歹，他接到了多次的告发。却因为窦宪的原因，只得忍气吞声，如今一个小小的奴仆了翘起了尾马，看来这班固也是一个狐假虎威狗仗人势的家伙，真是不可理喻。
种兢正准备收拾他一顿之时，突然想起班固的后台是窦宪，便只好隐忍不发，把那个奴仆赶走了事，但是这件事，种兢却记在了心里，想寻机报复班固。
到了永元四年，窦宪被打倒，窦家的宾客也都被逮捕审问。种兢感觉报伊仇的机会来了，他便借机把班固关起来，进行审问。
班固是一名文学家，也是史学家，他的笔下描写无数古人冤死狱中，但是他从来没有想过自己也有这样的一天。就在种兢的种种拷问之下，或许是有感于周勃被狱吏侮辱的故事，班固死在狱中，时年六十一岁。
一代文学大师，一位品行很端正的大儒，竟然因为自己的儿子和奴仆为非作歹而招人嫉恨，最后死于狱中。真是让人唏嘘。
刘肇正在犹豫该怎样处置班固时，却得到了班固死于狱中的消息，不由大吃一惊。
他找来种兢和韩棱，当面询问原因。
韩棱对于班固的死也十分吃惊，他并没有让人处死班固，所以便把目光投向了种兢。
种兢已想好了说辞，跪拜上奏道：“陛下，班固自知罪大于天，在狱中郁郁而终！”
“这就是你的理由？”刘肇背着手在殿中来回走着，他的声音很慢，却字字都发出铮铮金石之音，千斤重锤般敲击着种兢的心。
“班固是一代大儒，朕问过，你对他竟施了刑，儒者可亲而不可劫也，可近而不可迫也。可杀而不可辱也。你对他动刑，比杀了他还要难过。壮士悲歌还要讲一个刚毅，活个气节，你做得太过了。”
韩棱目光一闪，冷笑道：“种大人，我听说你和班固是有些过节的，不是挟私报复吧！”
种兢的脸上出现的汗珠，他本来以抓捕窦宪之功，正在升迁之列，所以韩棱问他，还是带着一丝不服，争辩道：“他在我狱中，我拷问他与窦宪一党的关系，