1931年5月27日，广州中央执监委员非常大会成立，通过国民政府组织大纲，推举包括唐生智在内的十七人为政府委员，28日唐生智联合陈济棠、李宗仁等成立广州国民政府。6月2日广州非常会议常委会成立军事委员会，唐生智为常委，兼战地委员会主席。9月6日唐生智自韶关赴湘南，以湖南宣抚使名义进军湘南，12日到郴州，直逼衡阳，14日粤桂军进攻衡州，被第四路军陶广部击退，16日粤军自湘南后退，18日唐生智、李扬敬自湘南回抵韶关，适逢“九一八”事变发生，国难当头，宁粤双方为一致对外举行和谈。10月18日唐生智、张发奎等作为广州代表自香港赴上海，与胡汉民、张静江、陈铭枢等会谈，广州方面终于与南京携手言和，12月3日被上海“国民党四大”选为第四届候补中央执行委员，15日蒋介石又一次因政治原因辞职下野，17日唐生智等由上海进南京，29日被中央政治会议特任为军事参议院院长。1932年1月1日，唐生智被任为国民政府军事委员会委员兼军事参议院院长，并无实权。6月23日，孙科、唐生智自上海赴广东，调停陈济棠、陈策之争。1933年4月29日任全国航空建设委员会委员，11月25日任军事长官惩戒委员会（主任委员朱培德）委员。1934年12月5日中央政治会议决议，特任唐生智为训练总监，留居南京。
1935年4月2日唐生智被国民政府任命为陆军上将，叙第一级。6月任军事委员会执行部主任，专负筹划抗日准备工作，主张“抗日持久”，主持起草了上海、南京抗战计划，负责领导构筑江浙各线工事。从这时起，唐生智从思想上开始走上抗日的正确道路。11月22日选选为国民党第五届候补中央执行委员，12月2日选为中央政治委员会委员。12月28日改任军事委员会第一厅主任兼任训练总监部总监，位置虽尊，仍无兵权。
1936年6月1日“两广事变”爆发，11日何应钦、唐生智等联名电陈济棠等令前队停止待命，26日再电劝陈济棠、李宗仁、白崇禧退兵。7月9日给予国民革命军誓师十周年纪念勋章，13日任国防会议会员。8月3日电劝李宗仁、白崇禧离桂北上就职，他身患重病，不能起床，拖延成严重的胃病。11月12日给与一等宝鼎勋章。12月12日夜，蒋介石被张学良、杨虎城扣于西安，13日中央常务会议及政治会议加推唐生智等六人为军事委员会常务委员，14日程潜、唐生智、朱培德等电促张学良“猛醒”，24日西安事变和平解决。所以说，唐生智在反对国内内战的关键时刻，还是做出了正确的选择。