在练兵方面，《纪效新书》特别强调按实战要求从难从严训练，反对只图好看的花架子。认为“设使平日所习所学的号令营艺，都是照临阵的一般，及至临阵，就以平日所习者用之，则于操一日，必有一日之效，一件熟，便得一件之利。”（《纪效或问》）并批评不按实战要求的训练方法是“虚套”，“就操一千年，便有何用，临时还是生的。”尖锐指出“各色器技营阵杀人的勾当，岂是好看的。”（《纪效或问》）“凡武艺，不是答应官府的公事，是你来当兵防身立功杀贼救命本身上贴骨的勾当。你武艺高，决杀了贼，贼如何又会杀你。你武艺不如他，也决杀了你。若不学武艺，是不要性命的呆子。书中规定：“凡比较武艺，务要俱照示学习实敌本事，真可对搏打者，不许仍学习花枪等法，徒支虚架，以图人前美观。”（《比较篇》）重视号令训练，规定：“各便宜简明号令，合行刊给，各于长夜，每队相聚一处，识字者自读，不识字者就听本队识字之人教涌解说，务要记熟。”要求将士“耳只听金鼓，眼只看旗帜”，“大家共作一个眼，共作一个耳，共作一个心。”（《号令篇》）重视平时养成训练，认为“操兵之道，不独执旗走阵于场肆而后谓之操，虽闲居坐睡嬉戏亦操也。”（《纪效或问》）他还认为，训练毕竟与实战有所差别，平日十分武艺，临时如用得五分，便可成功。“开大阵，对大敌，比场中较艺擒捕小贼不同。堂堂之阵，千百人列队而前，勇者不得先，怯者不得后，丛枪戳来，丛枪戳去，乱刀砍来，乱杀还他，只是一齐拥进，转手皆难，焉能容得左右动跳；一人回头，大众同疑，一人转移寸步，大众亦要夺心，焉能容得或迸或退。”（《纪效或问》）
《纪效新书》要求将帅不仅要有带兵制敌的文韬武略，而且要精通各种技艺，要作士卒的表率；不仅战时与士卒患难与共，而且平时也要处处与士卒同甘共苦。指出：“为将之道，所谓身先士卒者，非独临阵身先，件件苦处，要当身先。
所谓同滋味者，非独患难时同滋味，平处时亦要同滋味，而况技艺岂可独使士卒该习，主将不屑习乎？”（《纪效或问》）
《纪效新书》特别强调赏罚在治军中的作用，主张赏罚要公正，赏不避仇，罚不避亲，指出：“凡赏罚，军中要柄。
若该赏处，就是平时要害我的冤家，有功也是赏，有患难也是扶持看顾；若犯军令，就是我的亲子侄，也要依法施行，决不干预恩仇。”（《禁令篇》）戚继光言行一致，带头执法，后来以临阵回顾，斩其长子。书中还制定了许多具体的训练纪律，各项赏格罚条、连坐法等。制订了严格的民众纪律，如规定：“砍伐人树株，作践人田产，烧人屋房，**作盗，割取亡兵的死头，杀被掳的男子，污被掳的妇人，甚至妄杀平民，假称贼级，天理不容，王法不宥者，有犯，决以军法从事抵命。”（《禁令篇》）
《纪效新书》重视兵器在战争中的作用，认为：“器械不利，以卒予敌也；手无博杀之方，徒驱之以刑，是鱼肉乎吾士也。”（《长兵篇》）书中以大量篇幅记述了各种兵器的制造、形制、样式、作用、习法等。并对长短兵器的使用进行了较为深入的探讨，认为“长则谓之势险，短则谓之节短。”（《长兵篇》）主张长兵短用，短兵长用，即用长兵器要在较近的有效距离攻击；短兵则先用标枪袭敌，然后乘敌躲闪之机杀入。书中还记述了戚继光就地取材而发明的新兵器“狼筅”，即用节密枝坚的竹子削制而成的一种兵器，戚继光称其为“行伍之藩篱，一军之门户”（《牌筅篇》）。
《纪效新书》是明代著明兵书。它出于抗倭名将之手，所述内容具体实用，既是抗倭中练兵实战的经验总结，又反映了明代训练和作战的特点，尤其是反映了火器发展一定阶段上作战形式的变化。具有较高的军事学术价值。但是，《纪效新书》作为一部当时实用的兵书，随着军事技术的发展，许多条款早已不适用了，同时里面也夹杂着一些糟粕，如用所谓
“相法”选士，“忌凶死之形，重福气之相”；用阴阳五行八卦之说解释旗帜颜色；认为士卒是愚人等，这是我们在肯定它的价值的时候特别需要指出的。