其实沙勿略也是有苦难言，他虽然是耶稣会创始人之一，但已经离开欧洲太久了。二十多年来，他最好的两个朋友……第一任会首罗耀拉已经去世十年，第二任会首莱内斯也于去年回归了天主的怀抱。现在掌权的第三任会首博瓦迪利亚，虽然同样对开拓东方领地野心勃勃，但更希望由自己的人来完成。好借此功劳，实现自己的教皇梦。
所以去年一上台，他便派了自己组织的传教团，前来代替沙勿略的工作。只是由于这些人到中国后，发现对这个庞大世界一无所知，暂时还离不开沙勿略的指引，所以才没有马上宣布会首的命令，而是向沙勿略套取相关的情报。
然后，他们通过沙勿略的几封书信，和对中国南方的一些认知，便自以为了解了大明的政治人情，认为取而代之的时机已经成熟。当他们借由沙勿略的努力，以进贡使团的身份进京后，就当仁不让的接过了主事权，命令沙勿略走皇帝路线，不要被沈默牵着鼻子走。
身为最自律的清教徒，沙勿略无法抗拒会首的命令，只能按照他们说的去做，结果捅了马蜂窝，险些把多年的努力付诸流水。在面临失败的巨大压力下，那些新来的神父不敢再狂妄专行，只得请沙勿略重新做主。
沙勿略重新掌权后，只做了一件事，就是不管付出多大代价，都要取得沈大人的谅解……沈默其实并不怪罪沙勿略，传教士不是白求恩，不可能毫不为己、专门利人，他们来大明的一切行为背后，根本目地就是传教。但沈默为他们大开方便之门，却不是为了让天主的光辉照耀中国，而是要借这些精通科学和哲学的外国人，来为大明的士大夫开启一扇认识世界的窗户。
所以他必须打消他们想走捷径的念头，把他们牢牢地固定在自己划定的轨迹上。在这片东方大地上，双方实力过于悬殊，沈默甚至不需要亲自出手，就能达到自己的目地。对于这位年轻大人的想法，饱览世情的沙勿略自然不会不知，起先他并不甘心被利用，但通过同伴进行试探，已经遭到了毫不留情的打击。
了解到对方的态度后，沙勿略明白了，要想在这里传教，就只能被对方利用，而且还得把差事做好。只有在这个前提下，才能获得传教的自由。但光自己明白没有用，还得让同伴也明白才行。好在没用多久，他的同伴们就发现，仅取得皇帝的信任是没用的，这位年轻的皇帝，并不像与他同龄的腓力二世，或者伊丽莎白女王那样强势。相反，他只在乎自己过得好不好，而把一切政务都交给他的大臣们。所以取得这些大臣的认可，才是最重要的。
让他们沮丧的是，那些京城的官员们虽然彬彬有礼，纷纷邀请他们去做客，但也只是对新奇事物的好奇，更多的是问海外的风土人情，打听自鸣钟、西洋琴的来历，以及能否代购之类。通过交谈，他们发现京城高官对世界的了解，远不如上海那些年轻而富有朝气的官员，其对整个西方世界的认知，都透着妄自尊大，显得支离破碎且不着边际……而这正是传教团遭遇困境的根源，因为《大明会典》里只记载有西洋琐里国，并无大西洋国，所以京城官员普遍认为他们‘其人可疑，其国也真伪不可知’也。
富有学问的明朝知识分子尚且如此，更不消提普通的民众了，在老百姓心里，这些西洋人形容丑陋、体毛浓密、且带着浓重的味道。只肯远远围观，绝不肯靠得太近，更不会接受他们的礼物，完全一副拒人千里之外的样子。
这种观念层次上的错位，使他们终于明白，自己的传教事业将会异常艰辛。便想拿出杀手锏，通过提供免费早餐、向贫民派发衣食，来吸引下层百姓入会，却遭到了沙勿略的严厉禁止，因为这是本土邪教的惯用手段，只能让天主教蒙上邪教的标签，害得大家都被抓起来砍头。
终于体会到当初沙勿略感觉，神父们彻底没了初来时的傲气，诚心诚意的请他教导如何去做。虽然生他们的气，但沙勿略以大局为重，还是把自己的心得和盘托出。他对其他人讲道：“首先，为了减少传教阻力，在传教初期，要坚持奉行上层路线。皈依普通民众自然容易，但我们不能像在印度那样，一上来就打他们的主意。因为这个国家的官员，像监视私产一样，紧盯着他们的百姓，我们得到太多百姓的信仰，会被视为引起社会不稳的邪教，而遭到严厉的打击。”
见众人一脸失望，他话锋一转道：“但这并不代表宗教不能流传，事实上，这个国家的人们，自由信仰着佛教、道教、儒教、伊斯兰教等数种信仰，关键是要得到上层社会的认可。假如有一批知识分子，如进士、举人、秀才以及官吏等皈依天主，自然可以铲除误会，得到认可，其他人也就更容易皈依了。”
“所以我认为，一位知识分子的皈依，较一般教友更有价值，影响力也大。所以至少在很长一段时间内，我们的努力对象，不是大批民众，而是大明的知识分子。”沙勿略心中暗叹一声，最终还是上了沈大人的贼船。
为了更方便与中国的官员士大夫的交往，赢得他们的信任，沙勿略让其他人像自己一样，先从穿衣打扮做起。首先学着梳理须发、头戴儒巾。不再披散着头发，更不能不戴帽子，因为在中国人看来，这是蛮夷的典型特点！并开始改穿儒服，放弃部分西式的生活方式，转而学习中国礼节