万历四十五年，浙党官员掌管京察，大肆打击陷害东林党人。
万历四十八年，移宫案爆发，东林党人杨涟、左光斗等因“护驾有功”，被重新启用。
天启三年，东林党官员主持京察时，又大力反击，驱逐齐楚浙党人士。
浙党是在沈一贯蒙箝下、排斥异己、遍置私人的过程形成和发展起来的。浙党逐步的形成、势力的扩张与沈一贯在朝廷的地位水涨船高，与万历一朝的国政大事息息相关，而且浙党对万历后期政局的影响是深远的。浙党是明末朋党最早形成的一个党派，浙党在沈一贯为内阁首辅的时期保有相当强的朝势力，左右着当时的朝政大事，使朝只有浙党之是非而没有公理之是非。
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在东林党崛起的道路，曾经遇到了以魏忠贤为首的阉党的强烈打击。
天启四年，给事傅木魁交结魏忠贤的外甥傅应星为兄弟，书诬告书汪言，并且连及左光斗、魏大。汪言被投进镇抚司监狱，并将被大行罗织罪名。执掌镇抚司的刘乔接受叶向高的教导，不给汪言定罪。魏忠贤大怒，将刘乔撤职除名，用私人许显纯来代替他。这时御史李应升内操的事进谏，给事霍守典因魏忠贤乞求祠堂匾额而进谏，御史刘廷佐以魏忠贤滥加荫封进谏，给事沈惟炳以设枷锁进谏，魏忠贤都假传圣旨给予斥责。于是副都御史杨涟非常愤怒，弹劾魏忠贤二十四大罪。奏疏呈后，魏忠贤害怕了，向韩火广请求调解。韩火广不答应，他便跑到熹宗面前哭诉，并辞掉东厂职务。而客氏从旁为他解释，王体乾等人也一起护着他。熹宗懵然不辨真相，便温语安慰他，而在第二天打回杨涟的奏疏，痛加斥责。杨涟既被斥责，魏大以及给事陈良训、许誉卿，抚宁侯朱国弼，南京兵部尚书陈道亨，侍郎岳元声等七十余人，纷纷奏魏忠贤的不法之事。叶向高和礼部尚书翁正春请将魏忠贤遣回私宅，以平息公众的指责。熹宗不许。
那时，魏忠贤很气愤，想将异己者全部杀掉。顾秉谦便偷偷地把魏忠贤所忌恨的人记录下来，交给他，让他逐个将他们贬斥。王体乾又倡议用廷杖，威胁廷臣。不久，工部郎万火景书指责魏忠贤，立即被杖死。魏忠贤又借御史林汝翥的事侮辱叶向高，叶向高因此辞职而去，而林汝翥也被杖打，廷臣都很恐惧。一时间被罢斥的有吏部尚书赵南星、左都御史高攀龙、吏部侍郎陈于廷以及杨涟、左光斗、魏大等前后数十人。其后又驱逐韩火广和兵部侍郎李邦华。
正直之士离开朝廷，如摇动枯树纷纷落下的叶子一样。魏忠贤于是假传圣旨用旧例转科道官员。以朱童蒙、郭允厚为太仆少卿，吕鹏云、孙杰为大理寺丞，恢复霍维华、郭兴治为给事，徐景濂、贾继春、杨维垣为御史，而起用徐兆魁、王绍徽、乔应甲、徐绍吉、阮大铖、陈尔翌、张养素、李应荐、李嵩、杨春懋等人作为他的爪牙。不久，又起用拟被遣戍的崔呈秀为御史。崔呈秀于是编造《天鉴录》、《同志录》等，王绍徽也编造《点将录》，都以邹元标、顾宪成、叶向高、刘一火景等为魁首，并将不依附于魏忠贤的人全部罗进去，将他们指为东林党人，献给魏忠贤，魏忠贤很高兴，于是这帮小人更加向魏忠贤献媚，连手攻击东林党。
当初，朝臣争论三案以及辛亥、癸亥这两年的京察和熊廷弼一案，魏忠贤本没有参预。其党徒想凭借魏忠贤的权力排挤那些正直之士，便相继归附魏忠贤，自称义子，并且说：“东林党将要害您老人家。”因此，魏忠贤也想自图快意。御史张讷、倪焕，给事李鲁生，工部主事曹钦程等，竞相打击报复好人，而御史梁梦环又重兴汪言一案，将他下到镇抚司拷打至死。许显纯编录囚犯供辞的书，词语连及赵南星、杨涟等二十余人，使他们或被撤职或被遣戍。又逮捕杨涟、左光斗、魏大、周朝瑞、袁化、顾大章等六人，将他们牵连进熊廷弼案，投进监狱，拷打至死。又杀熊廷弼，将他的亲家御史吴裕杖打至死，又将尚书李宗延、张问达，侍郎公鼐等五十余人撤职逐出，朝机构为之一空。而特召亓诗教、刘述祖等人为御史。
凡是与魏忠贤有私人关系都得越级升迁，于是魏忠贤的党羽遍布朝野。
当时，内外大权全归于魏忠贤，阉官除王体乾等人外，还有李朝庆、王朝辅、孙进、王国泰、梁栋等三十余人，做左右拥护。外廷臣有崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪焕主谋议，称为“五虎”；武臣则有田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元主杀戮，称为“五彪”。还有吏部尚书周应秋、太仆寺少卿曹钦程等人，称为“十狗”。又有“十孩儿”、“四十孙”等名号。而做崔呈秀这帮人门下的，又不可胜数。从内阁、六部到四方总督、巡抚，都遍布他的死党。他内心忌恨张皇后，这年秋，便诬告张皇后的父亲张国纪纵奴犯法，然后假传宫旨意，企图撼动张皇后，熹宗为他按奴法治罪，并责备张国纪。魏忠贤不满意，又派顺天府丞刘志选、御史梁梦环轮番揭发张国纪的罪状，并说皇后不是张国纪的女儿。正好王体乾危言劝阻，魏忠贤这