初期的白莲教曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州(今江西九江)。但因教义浅显、修行简便而得以传播。迄南宋后期，虽仍被一些地方官府和以正统自居的佛教僧侣视为“事魔****”，但已到处有人传习，甚至远播到蒙古统治下的北方。元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。庐山东林寺和淀山湖白莲堂是元代白莲教的两个中心。
白莲教以“普化在家清信之士”为号召，形成了一大批有家室的职业教徒，称白莲道人。因其“在家出家”，不剃发，不穿僧衣，又被称为不剃染道人或有发僧。元代由白莲道人组成的堂庵遍布南北各地，聚徒多者千百，少者数十，规模堪与佛寺道观相比。堂庵供奉阿弥陀佛、观音、大势至(合称弥陀三圣)等佛像，上为皇家祝福祈寿，下为地方主办佛事，也有一些修路筑桥之类的善举。堂庵多拥有田地资产，主持者往往父死子继，世代相传，堂庵的财产实际上是主持者世传的家产。有些头面道人勾通官府，交结豪强，成为地方一霸。
经过长期流传，元代白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立。一部分教派崇奉弥勒佛，宣扬“弥勒下生”这一本属弥勒净土法门的宗教谶言。有的教徒夜聚明散，集众滋事，间或武装反抗元廷统治。至大元年(1308)，朝廷忌白莲教势力过大，下令禁止。仁宗即位(1311)后，曾恢复合法地位。但十年后英宗即位，活动又遭限制。因此，许多地方的白莲教组织对官府抱敌对态度。加之其信徒以下层群众居多，故当元末社会矛盾激化时，一些白莲教组织成为率先反元的力量。红巾起义领导人韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王(即阿弥陀佛)出世和弥勒下生的谶言鼓动群众，产生很大影响。
明初严禁白莲教。洪武、永乐年间，川鄂赣鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，均被镇压。明中叶以后，民间宗教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。它们各不相属，教义颇多歧异，组织、仪轨和活动方式也不尽相同，但或多或少地带有白莲教的印记。统治者认为它们实际上仍是白莲教，民间也笼统地称为白莲教。
由于派系众多，信奉的神祇极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤等等；而最受崇奉的仍是弥勒佛。从正德年间开始，出现了对无生老母的崇拜，又有“真空家乡，无生老母”所谓八字真言eads;。据称，无生老母是上天无生无灭的古佛，她要度化尘世的儿女返归天界，免遭劫难，这个天界便是真空家乡。各教派撰有自己的经卷，称为宝卷，常对信徒宣讲。内容庞杂，但从中也可看到儒、释、道三家对它们的影响。
明代白莲教信徒众多，主要来自下层社会。各派内部实行家长制统治，尊卑有序，等级森严。首领的成分十分复杂，对明廷的态度也很不一致。有的借兴教欺骗信徒，聚敛钱财；有的凭撰写经卷攀附上层，取悦朝廷；有的在宫廷太监、官僚豪门中发展信徒；有的则与下层群众反对官府的斗争相结合，发动武装起义。如永乐十八年(1420)唐赛儿起义和天启二年(1622)徐鸿儒起义皆是。
而在明朝朱棣时期，白莲教则是成为了一个很混乱的佛教组织，唐赛儿的起义可见一斑。
其三，起义军队伍不断壮大，屡败官军，且唐赛儿对于朝廷的招安不理不睬，使朝廷和朱棣颜面扫地。
种种原因，使朱棣对唐赛儿分外仇恨，对起义军进行疯狂镇压。因为寡不敌众，腹背受敌，起义军只坚持了三个月就失败了，但唐赛儿却下落不明。
为了消除心中忿恨，为了防止死灰复燃，为了能够杀一儆百，朱棣下令严察唐赛儿的行踪，但搜捕工作没有任何进展。民间搜不到，朱棣决定调整工作重心，把搜捕唐赛儿的重点放到了佛门。
朱棣之所以这么做，究其原因：一者，搜捕人员为了推卸搜查不利的责任，有可能以唐赛儿入佛门来搪塞朱棣。二者，佛门弟子远离世俗，官府一般不介入，唐赛儿兵败后极有可能混入佛门避难；三者，唐赛儿起义时，曾自称“佛母”，朱棣以此认为唐赛儿与佛门有着某种关联。
《明史纪事本末》相关记载，朱棣因“唐赛儿久不获，虑削发为尼或处混女道士中，遂命法司，凡北京、山东境内尼及道站，逮之京诘之”。
于是，朱棣下令将北京、山东的尼姑、女道士统统逮捕，押送朝廷审讯。同年七月，朱棣又命段明为山东左参政，继续搜索唐赛儿。段明为了完成这一任务，不仅把山东、北京的尼姑逐一搜查，全部捕捉，甚至还逮拿了全国范围内的数万名出家妇女。
《明史》对朱棣这次大索天下，也有简单记载：永乐十八年二月，山东蒲台唐赛儿反，唐赛儿不获，溟逮天下出嫁尼姑万人。
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从这样的情况来看，大索天下的命令很有可能