崇祯七年（1634年），张献忠在四川作乱，攻陷夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使之退走湖广。而后张献忠受朝廷招安。
崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再次造反，罗汝才率兵攻打夔州。秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉副塌天，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。
同年，杨嗣昌自请为督师入川剿贼。四川巡抚邵捷春领二万老弱残兵守重庆，所倚重的将领只有张令和秦良玉，但邵捷春不争山夺险，消极防守，让秦良玉在重庆附近三四十里处设防，派遣张令守黄泥洼。秦良玉乃向已经辞官的绵州知州陆逊之感叹，深刻指出这种布防的弊端，以与邵捷春一同战死为耻。不久，邵捷春移营至大昌，监军万元吉也屯兵巫山，与秦良玉相互呼应。
崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年（1644年），张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。
……
秦良玉最后虽然困守石砫，最终寿终而死，但是毫无疑问，张献忠在秦良玉活着的时候，始终不敢来石砫进攻或者是招降秦良玉，就可以知道秦良玉对于张献忠造成的恐惧有多大。
只不过有一个事情很有意思的，那就是后人认为秦良玉在万历朝鲜战争当中也有登场，然而在公元1599年才首次登场作战的秦良玉，永远也没有机会碰上那些桃山政权的日本人了。(www.2345xs.cc 2345小说网。)
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